Yeelen retrace un parcours initiatique à une époque non définie. Un jeune homme, Nianankoro, va recevoir le savoir destiné à lui assurer la maîtrise des forces qui l'entourent, cette connaissance que les Bambaras se transmettent depuis toujours. Le père, Soma, ne supporte pas de voir son fils renier ce pourquoi il vit avec les autres sorciers du désert et décide de le traquer à mort.
Une grande ville africaine contemporaine ; une rencontre : celle de deux adolescents en révolte. Bâ est le petit-fils d'un des chefs traditionnels de la région. Batrou, elle, est la fille d'un des représentants du nouveau pouvoir, le gouverneur militaire Sangaré, auquel ils vont s'affronter ...
Balla Diarra gagne sa vie comme porteur. Balla Traoré, un jeune ingénieur pour lequel il a transporté des colis, le fait embaucher dans l'usine où il travaille. La place est stable mais les conditions de travail sont extrêmement dures. Le PDG, Makan Sissoko, se moque du sort de ses employés. L'ingénieur, révolté par l'attitude de son patron, décide d'organiser une réunion avec les ouvriers pour faire valoir leurs droits. Mais Sissoko le fait aussitôt enlever puis assassiner.