Le 16 juillet 1988, Tokyo est détruite.
Trente-et-un ans plus tard, après la Troisième Guerre mondiale, en 2019, Neo-Tokyo est une mégalopole corrompue et sillonnée par des bandes de jeunes motards désœuvrés et drogués. Une nuit, l'un d'eux, Tetsuo, a un accident en essayant d'éviter ce qui semble être d'abord un jeune garçon mais qui a un visage de vieillard. Il est capturé par l'armée et fait l'objet de nombreux tests dans le cadre d'un projet militaire secret visant à repérer et à former des êtres possédant des prédispositions à des pouvoirs psychiques (télépathie, téléportation, télékinésie…).
Nous sommes en 2022. Après la destruction des forteresses SDF-1 et -2, le gouvernement mondial a créé d'autres forteresses et a constitué la Robotech Expeditionary Forces (REF). Le général Rick Hunter et l'amiral Lysa Hayes préparent une expédition vers la planète Tirol, monde d'origine des maîtres de la robotech, avec la nouvelle forteresse SDF-3. De leur côté, les Maîtres de Robotech recherchent activement l'ASS-1 car il contenait les secrets de la protoculture ; la planète Tirol, affaiblie, est attaquée par les Invids...
Dans le monde imaginaire de Windaria à une époque inconnue, les deux royaumes d’Isa et de Paro cohabitent en paix au pieds de l’arbre de vie géant, Windaria. Itha, un royaume maritime riche, est gouverné par l’impératrice Guinebia. Paro, au contraire, est un royaume qui souffre des maux de l’industrialisation, est gouverné par le roi Lanslot. Après une tentative avortée de prise de pouvoir par le Prado sur Itha, les deux royaumes sont sur le pied de guerre. Cela compromet la liaison secrète entre la princesse d'Itha et le prince de Paro qui avaient l'espoir secret d’unir les deux royaumes.