La Ligue de justice d'Amérique est contrainte de faire appel aux services spécifiques de John Constantine et de ses camarades spécialistes de l'occultisme pour contrer une importante menace d'invasion.
L’agent secret de Q.I.A. (QuinPar Intelligence Agency - un centre à New York associé au Pentagone et comprenant des agents mutés de « Sign Gene ») Tom Clerc est sourd comme sa famille depuis plusieurs générations et descendant de Laurent Clerc, figure importante chez les membres de la communauté sourde. Il est vecteur de « SGx29 », une mutation de Sign Gene ultra-puissante, sauf qu’il en a perdu une partie importante de ses pouvoirs pendant le combat avec son propre frère ennemi Jux Clerc, également sourd. Ce dernier appartient à un organisme appelée « 1.8.8.0 » ayant pour mission d’exterminer les porteurs de Sign Gene.
Lorsque Supergirl, Wonder Woman et Batgirl se rendent compte qu’elles ne se rappellent plus de leur journée de lundi à Super Hero High, elles doivent retracer leurs pas pour découvrir qui a volé leurs souvenirs et pourquoi !
Des super-héroïnes font équipe pour tenter de remporter un tournoi sportif intergalactique. Mais leurs opposantes se montrent prêtes à tout pour gagner…
Alimenté par sa foi restaurée en l’humanité et inspiré par le sacrifice de Superman, Batman constate l'arrivée d'éclaireurs extraterrestres — appelés "Paradémons" et attirés par la peur de leurs victimes — et comprend que l'attaque majeure prophétisée par Lex Luthor (dans le film Batman v Superman : L'Aube de la justice) est imminente, or Superman est mort et ne peut plus protéger l'humanité. Conscient de ses propres limites, il contacte Diana Prince/Wonder Woman et tente de former avec elle une ligue de super-héros. Il part retrouver Arthur Curry, dit Aquaman, qui habite à Atlantis, tandis que Diana va approcher Victor Stone, footballeur devenu à moitié machine après un accident et capable d'influer sur les technologies, mais les deux hommes refusent de les aider. Barry Allen, jeune homme doté de super-vitesse, accepte avec enthousiasme l'offre de Bruce Wayne.
À la suite de sa participation à l'affrontement entre Iron Man et Captain America, Peter Parker, un jeune lycéen fréquentant le lycée de Midtown, continue à se servir de ses pouvoirs sous le masque de Spider-Man pour lutter contre la criminalité qui ronge la ville de New York, tout en essayant de trouver un équilibre entre sa vie de lycéen, son amour secret pour Liz, son ami Ned Leeds, et sa carrière de super-héros masqué. Mais avec la venue d'un nouveau super-vilain nommé le Vautour équipé d'un exosquelette créé à partir de technologie Chitauri (récupérée après la bataille de New York), Peter devra faire ses preuves en affrontant ce dernier pour prouver à Tony Stark qu'il peut être un atout pour l'équipe des Avengers.
Batman et Robin sont invités à une démonstration très secrète animée par le professeur Hugo Strange et son assistant, le Dr Harleen Quinzel, qui pourrait éventuellement changer à jamais le futur de Gotham. En cours de route, Batman s'arrête au pénitencier d'État de Gotham pour rendre visite à Catwoman (dont la tentative de suicide du premier film a échoué) pour lui remettre un livre de poésie d'Elizabeth Barrett Browning. C'est quelque chose qui la tiendra occupée pendant les 36 prochains mois de sa vie jusqu'à ce qu'elle soit définitivement libérée de prison. Au laboratoire, ils rencontrent le procureur et allié de Bruce Wayne dans la guerre contre le crime Harvey Dent, célèbre pour avoir arrêté un gang de contrefacteurs de pièces tout en conservant un quartier à deux faces en souvenir de l'affaire.
Max Steel, un jeune homme de 19 ans, passionné de sports extremes, est engagé par une agence secrète après avoir été exposé à des particules microscopiques appelées " nanobots " qui on dévéloppé chez lui des capacité surhumaines.
Le Soldat de l'Hiver (alias Bucky Barnes) a autrefois été reconditionné dans une base militaire soviétique sibérienne et hypnotisé à l'aide de certains mots. Quiconque prononce ces mots en russe plonge le Soldat de l'Hiver en transe et peut lui donner n'importe quel ordre sans qu'il puisse désobéir. C'est ainsi qu'en 1991, le Soldat de l'Hiver a provoqué l'arrêt brutal d'une voiture pour s'emparer dans son coffre d'une valise avec un étrange contenu.
Le convoi d'Ajax est attaqué par Deadpool. Il commence par massacrer les gardes à l'intérieur d'une voiture, avant de s'en prendre au reste du convoi. Après une longue escarmouche, où il est contraint de n'utiliser que les douze balles qu'il lui reste, Deadpool capture Ajax (dont le véritable nom est Francis, ce que Deadpool ne cesse de lui rappeler). Après l'intervention de Colossus et Negasonic venus empêcher Deadpool de causer plus de dégâts et le rallier à la cause des X-Men, Ajax parvient à s'échapper en retirant le sabre de son épaule. Il apprend par la même occasion la véritable identité de Deadpool : Wade Wilson.
Au Népal, un dénommé Kaecilius, maître des arts mystiques, s'introduit avec ses comparses dans la bibliothèque du sanctuaire de Kamar-Taj afin de s’emparer de deux pages du livre de Cagliostro, après avoir tué le bibliothécaire. L’Ancien tente d’arrêter son ex-élève mais échoue, son disciple parvenant à fuir.
Après son évasion de prison, Shredder s'allie avec le savant fou Baxter Stockman et deux hommes bêtes et costauds, Bebop et Rocksteady. Grâce à un puissant mutagène violet, ces deux derniers sont transformés en monstres ressemblant à un phacochère et un rhinocéros. De leur côté, les Tortues sont toujours aidées par April O'Neil, Vern Fenwick et un nouveau venu, le justicier hockeyeur masqué Casey Jones, pour contrecarrer ses plans. Cependant, ils doivent très vite faire face à une menace encore plus grande : Krang.
Batwoman intercepte un groupe de criminels à Gotham City comprenant l'Électrocuteur, Tusk, Firefly, Killer Moth et autres. Quand un combat s'ensuit, Batman arrive. Ils sont confrontés à l'apparent chef des criminels, un homme appelé l'Hérétique, qui fait exploser des explosifs installés dans les locaux. Batman met Batwoman à l'abri et périt apparemment dans l'explosion.
C'est bientôt la cérémonie de L'héroïne de l'année à Super Hero High et les filles sont plus motivées que jamais pour remporter le titre. Mais l'évènement est gâché par Eclipso qui désire créée l'arme suprême en s’appropriant des objets précieux en provenance de différentes planètes de l'univers. Accompagnée d'un mystérieux acolyte, Dark Opal, elle est prête à tout pour réussir son plan. Les filles vont devoir s'associer pour sauver non seulement leur école mais aussi le monde.