Au début de la dynastie Joseon, une baleine avale un navire et tout son trésor dont le Sceau officiel de l'Empereur apporté à Joseon par des envoyés de la Chine. Attirés par la forte récompense offerte à quiconque ramènera le sceau royal, les bandits montagnards dirigés par Jang Sa-Jung prennent la mer à la poursuite de la baleine. Mais ils affrontent rapidement l'équipage de pirates de la capitaine Yeo-Wol, et des aventures inattendues s'ensuivent.
Âgé de 12 ans, le jeune Henry Turner a finalement réussi à trouver la localisation sous-marine du navire de son père : le Hollandais volant. Une nuit, il se faufile hors de chez lui pour aller en mer. Une fois arrivé au dessus de l'endroit précis où le navire est positionné, il se laisse couler avec des rochers et atterrit sur le pont. Le bateau émerge du fond de l'océan et Henry se retrouve nez-à-nez avec son père, Will Turner, et lui annonce qu'il a trouvé un moyen de briser sa malédiction et de le libérer du navire : le trident de Poséidon, capable de contrôler les océans et d'annuler toutes les malédictions maritimes. Bien que touché, Will ne croit pas qu'une telle chose soit possible et ordonne à son fils de ne jamais revenir et de ne pas risquer sa vie. Henry est renvoyé sur la terre ferme mais jure de retrouver le capitaine Jack Sparrow pour qu'il l'aide à sauver son père.
Angélique ayant appris que son premier mari, Joffrey de Peyrac, est toujours en vie, elle part à sa recherche dans le Sud de la France, en compagnie de son fidèle alchimiste Savary. Ils pensent l'avoir trouvé sur une île où un lépreux évoque un pirate appelé le Rescator, avant de se suicider pour échapper aux hommes du duc de Vivonne. Angélique contraint ce dernier, qui veut la ramener au roi de France Louis XIV, de la conduire en bateau en Sardaigne, sous la menace de révéler que la sœur du duc, madame de Montespan, est en relation avec des cercles occultistes (voir Angélique et le Roy).
La quête éternelle du gland de Scrat a des conséquences sur le monde : en allant le chercher au centre de la Terre, il provoque la dislocation des plaques tectoniques et la dérive des continents. Manny et ses amis sont alors séparés d'Ellie et sa fille. Ils se retrouvent à errer dans l'océan sur un morceau de glace. Dans leur périple pour retourner chez eux, ils rencontreront des pirates déterminés à les empêcher de rentrer, parmi lesquels Kira, le futur amour de Diego.
Au XIX siècle, à la suite d'un terrible cyclone à la Jamaïque, des colons anglais décident d'envoyer leurs enfants par bateau en Angleterre. En cours de route, le bateau est attaqué par un navire pirate commandé par Chavez. Les enfants se retrouvent embarqués à l'insu des pirates sur leur bateau et devront vivre avec eux les différents péripéties de leurs aventures. Peu habitué à de tels passagers, le capitaine Chavez finit par s'humaniser à leur contact alors que l'équipage pense que les enfants leur portent malheur .
Au XVIII siècle, Brian Hawke, un officier de la marine britannique, reçoit mission de s'infiltrer dans un groupe de pirates opérant à Madagascar. Soupçonné, il échappe à la mort grâce à une belle pirate, Prudence Stevens.
Afin de venger la mort de son père, la fille d'un pirate assassiné par pendaison par les sbires d'un infâme gouverneur, s'associe avec un capitaine de pirate dont l'épouse a été également assassinée par le même homme.
Dans un orphelinat qui ressemble à un bagne, un jeune garçon rêve du pirate Black Mór, dont un professeur raconte la vie au lieu d'apprendre aux orphelins la morale et la religion. L'enfant a eu le temps de récupérer une étrange carte.
Accablée par la pression d'une royauté où elle se doit d'être parfaite, Mal décide de renouer avec ses mauvaises origines et retourne sur l'Île de l'Oubli où son ennemie jurée, Uma, la fille d'Ursula, a pris sa place en tant que reine auto-proclamée des rues sordides de la ville.
Installé à La Nouvelle-Orléans, le pirate français Jean Laffite contrôle toute la région, et tente de rester neutre dans le conflit qui oppose Américains et Britanniques. Mais son amour pour la fille du gouverneur Clairborne va l'obliger à prendre parti et à s'engager au côté du général américain Andrew Jackson...