Le 29 septembre 1979, l'Agence d'exploration interstellaire lance une fusée japonaise, le JX-1 Hawk, dans l'espace lors d'un voyage de neuf mois pour étudier sur la planète Saturne. Une fois cette sortie terminée, l'équipage se voit confier une nouvelle mission spatiale après que les scientifiques ont découvert une étoile, nommée « Gorath » l'Union astronomique internationale, dont le mouvement devient incohérent. En analysant la trajectoire de Gorath à travers le système solaire, l'équipage du JX-1 Hawk découvre qu'elle est certes plus petite que la Terre, mais 6 000 fois plus dense. Il parvient à transmettre ses données vers la Terre avant qu'un énorme puits gravitationnel ne se forme et l'absorbe avec le vaisseau.
Majin est de retour pour aider les enfants d'un village dont les pères sont retenus prisonniers comme esclaves du Seigneur Arakawa. Ces derniers fabriquent de la poudre à canon près d'une montagne volcanique d'où s'échappe des vapeurs de soufre.
Des scientifiques mènent des expériences climatiques sur l'île de Solgell, ce qui a pour effet de déclencher une tempête et de transformer les mantes locales en monstres géants : les Kamacuras. Alors que celles-ci découvrent un œuf géant et s'apprêtent à tuer le bébé, Godzilla arrive et lui sauve la vie avant d'entreprendre son éducation...
Alors qu'ils survolent les mers pour repérer des bancs de poissons, les jeunes pilotes Tsukioka et Kobayashi rencontrent Godzilla et un autre monstre en train de se livrer une bataille féroce. Les deux créatures disparaissent dans l'océan, mais refont bientôt surface près d'Osaka, qui sera dès lors le cadre d'un combat à mort entre les deux monstres et les hommes.
Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés suite au réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.
Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés à la suite du réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.
À la fin du XX siècle, les monstres sont parqués sur l’île d’Ogasawara. Ils sont retenus sur l’île par des moyens prodigieux. Mais un jour, les barrières se dissipent et les monstres s’évadent. L’équipe du SY-3 est chargée d’enquêter. Ils se retrouvent face aux Kilaaks, des extraterrestres, auteurs du dysfonctionnement. Ils prévoient d’utiliser les monstres de l’île pour prendre le contrôle de la planète. Les monstres attaquent les capitales des plus grands pays simultanément. Un seul moyen de les arrêter, couper la liaison mentale entre les monstres et les Kilaaks.
Une station spatiale est infiltrée par des aliens et s'écrase ensuite sur une île du Pacifique. Un groupe de promoteurs immobilier décide de construire un hôtel sur l'île et découvre qu'elle est peuplée par des monstres géants créés par les aliens dans une tentative de conquête de la Terre.
Une légende datant de plusieurs siècles démontre que les méchants sont toujours punis. Les adversaires sont parfois personnifiés par des gigantesques monstres de l'age préhistorique qui font des ravages considérables lors de leurs combats, et provoquent des destructions semblables à celles d'un tremblement de terre. C'est l'histoire d'un riche et courageux orphelin recherchant le traître qui fomente une rébellion pour assassiner son père, et d'une jeune fille abandonnée à la recherche de sa famille. De nombreux obstacles, dressés par des bandes de truands à la solde des traites, surgissent en travers de leur route provoquant de terribles batailles.
Les extraterrestres de la troisième planète du trou noir ont réussi à rebâtir Mechagodzilla, pour envahir la Terre. Ils se sont associés au Dr Mafune un savant rejeté par la communauté scientifique et capable de contrôler un dinosaure géant marin : Titanosaurus. Pour contrer la menace, Interpol se lance à la poursuite des extraterrestres tandis que Godzilla affronte les deux monstres.
Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance.
Pour combattre les kaiju, des créatures extraterrestres sorties d'une brèche interdimensionnelle près de la faille géologique au fond de l'océan Pacifique en août 2013, un nouveau genre d’arme a été conçu : des robots géants, appelés les Jaeger (« chasseurs » en allemand), contrôlés en simultané par deux pilotes dont les esprits sont reliés par un pont neuronal.
Dix ans après la fermeture de la brèche, le monde se reconstruit et vit désormais en paix sans les Kaijûs. Jake, fils du célèbre Marshall Stacker Pentecost (mort en héros), vit de vols et de troc tout en fuyant le passé familial. Il va faire la connaissance de la jeune Amara Namani, qui a fabriqué son propre Jaeger (les robots géants qui ont permis d'affronter les monstres). Ils sont tous deux arrêtés pour vol de matériel de Jaeger et construction illégale de Jaeger, et afin d'éviter la prison, sont obligés d'accepter d'être embarqués sur une base militaire en Chine où Jake retrouve son ancien copilote de jaeger, Nate Lambert, afin de former les nouvelles recrues pilotes, qu'Amara rejoint. Sur place, tout le monde est en effervescence car les Jaegers sont sur le point d'être rendus obsolètes par le vote d'un programme de drones produits par Shao Corporation et développés par Liwen Shao et le Dr Newton Geiszler. Jake retrouve par ailleurs sa demi-sœur, Mako Mori, devenue Secrétaire Générale du Pan Pacific Defense Corps. Mais alors que le sommet pour le vote est sur le point de commencer à Sydney (QG du PPDC), un Jaeger illégal débarque et attaque la ville, tuant Mako Mori.