Sur l'île de l'obélisque, un séisme fait s'écrouler une immense statue, ce qui révèle une grande caverne. Alors que les scientifiques l’explorent, ils découvrent un bébé reptile à l'intérieur. La créature est rapatriée au Japon où elle subit des tests divers. C’est alors que les parents du reptile capturé commencent à attaquer le Japon à la recherche de leur enfant.
Un génie du mal nommé le Dr. Huu a créé un robot (parfois nommé Mechani-Kong), afin de creuser pour un élément hautement radioactif appelé "élément X". Quand il échoue, il séquestre le vrai King Kong pour faire le travail à sa place. Peu après les deux monstres s’affrontent en plein Japon.
Des chasseurs de trésor trouvent une opale géante, mais il se trouve que l'opale n'est autre qu'un œuf géant de Barugon, un lézard géant. Quand l'œuf éclot, le monstre fait des ravages mais Gamera (qui s'échappe de sa prison spatiale) va attaquer la bête afin de protéger le Japon et ses habitants.
Prêt à tout pour retrouver son frère, Yata, disparu en mer, Ryota vole un yacht et embarque avec Ichino, un ami, peu intelligent. Le yacht appartient a Yoshimura, un cambrioleur. Il part également avec eux. Une fois arrivé près de l’île de Letchi dans les mers du sud, le bateau est attaqué par un crustacé géant, Ebirah. Ils se retrouvent donc coincés sur cette île. L’île est gouvernée par l’organisation du Bamboo rouge. Cette organisation exploite les indigènes. Ryota et ses amis rencontre une habitante de Infant Island et se reposent dans une grotte. Celle-ci leur apprend que Mothra peut venir les aider. Mais Mothra ne pourra pas combattre Ebirah et secourir les prisonniers. Ils décident alors de ressusciter Godzilla, bloqué par des rochers. Ils espèrent qu’il pourra battre Ebirah.
Un navire est attaqué par une pieuvre géante, puis sauvé par un monstre vert et gigantesque, qui pourtant, ne tardera pas à dévorer les survivants, avant de fondre sur Tokyo. Le Docteur Stewart, un américain, reconnaît là une espèce de monstre dont il sait qu'un autre spécimen est aussi en vie.
Majin est de retour pour aider les enfants d'un village dont les pères sont retenus prisonniers comme esclaves du Seigneur Arakawa. Ces derniers fabriquent de la poudre à canon près d'une montagne volcanique d'où s'échappe des vapeurs de soufre.
Une légende datant de plusieurs siècles démontre que les méchants sont toujours punis. Les adversaires sont parfois personnifiés par des gigantesques monstres de l'age préhistorique qui font des ravages considérables lors de leurs combats, et provoquent des destructions semblables à celles d'un tremblement de terre. C'est l'histoire d'un riche et courageux orphelin recherchant le traître qui fomente une rébellion pour assassiner son père, et d'une jeune fille abandonnée à la recherche de sa famille. De nombreux obstacles, dressés par des bandes de truands à la solde des traites, surgissent en travers de leur route provoquant de terribles batailles.
Durant la Seconde Guerre mondiale, le cœur de la créature de Frankenstein débarque au Japon. Il est amené dans un laboratoire d'Hiroshima où des scientifiques procèdent à sa transplantation dans un cadavre. Mais, alors que l'opération vient de s'achever, la bombe atomique s'abat sur la ville. Des années plus tard, le monstre est recueilli par un scientifique américain et son assistante japonaise. Sous l'effet des radiations, il commence à grandir jusqu'à atteindre la taille d'une maison. Aucune cage ne pouvant plus désormais le retenir, le monstre s'évade et se réfugie dans la forêt. En même temps, Baragon, un dinosaure mutant, sort de sa cachette souterraine et se livre à des raids destructeurs.
Des avions militaires russes chargés de bombes nucléaires s'écrasent au Pôle Nord. L'explosion atomique réveille Gamera, un monstre préhistorique ressemblant à une tortue qui se nourrit de chaleur et commence à attaquer les villes pour se recharger. L'armée tente désespérément de trouver une solution pour en venir à bout.
Deux astronautes partent en mission d'exploration sur une planète orbitant autour de Jupiter et récemment découverte. Arrivés sur place, ils rencontrent les habitants, les Ixiens, qui sont assiégés et contraints de vivre sous terre à cause de King Ghidorah. Les Ixiens proposent un marché aux Terriens : si ceux-ci acceptent de leur prêter Godzilla et Rodan pour chasser King Ghidorah, ils offriront à la Terre un vaccin capable de guérir toutes les maladies.
Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidorah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace.
Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance.
Les habitants de la cité engloutie de Mu, disparue voilà 12000 ans, ont décidé d'investir la surface de la Terre. Ils font enlever la fille du Professeur Shinguji qui avait construit à la fin de la deuxième guerre mondiale, un sous-marin capable d'atteindre les fantastiques profondeurs de leur monde. Un terrible combat pour sauver la race humaine commence à la surface du globe quand les habitants de Mu lancent une fulgurante attaque et sous les eaux, où un gigantesque serpent de mer protège l'entrée de leur royaume...