Sacha et Pikachu s'apprêtent à vivre le plus grand combat Pokémon de tous les temps. Palkia et Dialga s'affrontent, créant de terribles dégâts et le mystérieux Darkrai rode.
Le crime se fait rare depuis que la récente Ligue des Justiciers veille sur Metropolis. Cela rend le génie du crime Lex Luthor très en colère. Avec Black Manta, Sinestro et une bande de recrues sans pitié, Lex crée sa propre ligue et l'appelle la « Légion Maudite ».
L'histoire reprend les personnages originaux du dessin animé avec une nouvelle intrigue, située entre les épisodes 63 et 64 de la saison 1 de la série télévisée.
Sept ans après la disparition de son célèbre père, Lara Croft, 21 ans, refuse de prendre la direction de l'entreprise familiale et gagne sa vie en tant que coursière à vélo à Londres.
L'histoire commence avec Red, un oiseau souvent colérique à cause de plusieurs raisons injustes envers lui, qui court comme un dératé pour effectuer une livraison chez une famille d'oiseaux, officiant en tant que clown pour anniversaire. Il leur apporte un gâteau, mais un accident se produit : Red brise accidentellement un œuf, dont le petit le prend pour son père, tout cela à cause des parents l'ayant volontairement prit de haut suite a son retard.
Lors d'une mission de minage illégale sur la planète Aegis VII, le vaisseau brise-surface USG Ishimura est contraint d'abandonner la colonie minière sur la planète, suite à un massacre perpétré par une forme de vie inconnue.
Sacha et son Pikachu arrive à Fula où se tient l'annuel Festival du Vent. Cette célébration honore le Pokémon légendaire Lugia qui avait fait don de ses vents à la ville après avoir vu les liens qui unissaient les Pokémon et leurs dresseurs. Mais les festivités tournent au cauchemar: les vents s'arrêtent soudainement de souffler et la Team Rocket diffuse accidentellement un nuage toxique sur la ville. Sacha doit alors s'allier de compagnons insolites afin de sauver les habitants: un menteur compulsif, la fille du maire, une vielle dame refusant tout contact avec les Pokémon, un scientifique timide et une athlète en manque de confiance. Alors que tous coopèrent pour sauver le festival, un Pokémon mystérieux, Zeraora, tâche de sauver les Pokémon de la forêt.
Après les événements survenus à Tall Oaks et Lanshiang, Chris Redfield du BSAA, rejoint huit soldats de l'armée mexicaine en tant qu'observateur dans la région de Querétaro pour appréhender un trafiquant d'armes biologiques, Glenn Arias, et sauver des otages dans un manoir lié à une opération de contrebande d'armes biologiques remplit de zombies infectés par une nouvelle souche virale. Là, il trouve Glenn Arias, mais ce dernier s'enfuit quand le manoir explose. Chris vient ensuite à la rencontre d'une amie et conseillère du BSAA, le Dr. Rebecca Chambers, qui commence à développer des médicaments pour combattre le virus rencontré dans le manoir. Le laboratoire est attaqué par l'une des complices d'Arias après la fin des recherches de Rebecca, que Chris sauve d'une infection. Après l'attaque, ils décident de rejoindre Leon S. Kennedy qui pourrait les aider à arrêter Arias. Concluant qu'Arias est impliqué dans une attaque terroriste à venir, ils se rendent à New York pour le trouver avant qu'elle ne puisse se dérouler.
Après les évènements de Resident Evil: Apocalypse et l'accident de Raccoon City, Alice (Milla Jovovich) erre dans le désert du Nevada, à la recherche de survivants. Ces derniers sont quasi inexistants, le monde étant envahi par le virus T.
Enrôlé et conditionné par une organisation criminelle internationale connue du seul nom de « l'Organisation », l'agent 47 est le meilleur tueur à gages parmi tous ceux qui ont été formés à ses côtés. D'importantes sommes d'argent lui sont versées pour qu'il accomplisse les meurtres les plus délicats. Qu'il s'agisse d'étrangler un terroriste dans une ruelle à l'aide de sa corde de piano légendaire, ou d'abattre un président dans la foule en pleine campagne électorale, l'agent 47 effectue son travail sans jamais laisser de traces, sans bavures.
L’intrigue met en scène Celebi, qui revient du futur pour tenter d’empêcher l'affrontement entre les légendaires Pokémon Raiku, Entei et Suicune. Pendant ce temps, Sasha, Pierre et Aurore se dirigent vers la ville de La Couronne pour assister à la compétition mondiale de cuisine. Ils rencontrent alors Zorua, un Pokémon à la recherche de sa maman lorsque la ville se fait attaquer…
Sacha, Ondine et Jacky arrivent sur l'île de Shamouti. Les habitants leur parlent d'une légende où trois oiseaux mythiques, Artikodin, Électhor et Sulfura, règnent sur leur île respective. Au même moment Gelardan, un collectionneur Pokémon, capture les oiseaux pour sa collection personnelle et modifie donc le climat naturel de la Terre pour faire apparaître le Gardien des Abysses, Lugia.
Davis Okoye est un primatologue qui préfère se tenir à l'écart des hommes. Il partage un lien inébranlable avec George, un gorille albinos extraordinairement intelligent, qu'il côtoie depuis la naissance de l'animal. Leur relation va cependant être perturbée par une expérience génétique ratée (CRISPR) qui transforme George en un monstre furieux. Deux autres prédateurs (un loup et un crocodile) ont également subi les modifications génétiques. Ces créatures vont alors tout ravager sur leur passage dans la ville de Chicago. Davis va alors faire équipe avec un ingénieur génétique pour administrer un antidote aux animaux. Il va tenter d'arrêter cette catastrophe mondiale en essayant de sauver George.
Sous un vieux manoir, est caché le Hive, laboratoire secret d'une grande compagnie de recherche biologique : Umbrella Corporation. Dans le Hive (« la Ruche » en anglais), les scientifiques de la compagnie Umbrella expérimentaient des armes biologiques, jusqu'au jour où une fiole contenant le virus T, renversée volontairement, contamina tous les employés du Hive, puis bientôt la majeure partie des habitants de Raccoon City, les transformant en zombies aux fonctions motrices primaires et soumis à leurs besoins primaires (nourriture...). Alice, une employée du service de sécurité de la compagnie, qui avait tenté de la trahir, fut capturée, puis emmenée dans un hôpital de Raccoon City, juste après avoir vu le dernier survivant du manoir, Matt, enlevé sous ses yeux.