Le film s'ouvre sur le survol d'une grande forêt. Des oiseaux s'enfuient, effrayés par un bûcheron qui coupe un arbre à la tronçonneuse. Un écureuil volant se rue dans l'une des cavités creusées dans le tronc, qui se trouve être le nid où vient de mettre bas sa compagne. Le père transporte ses enfants un par un sur un autre arbre, mais l'un d'eux lui échappe et disparaît en contrebas. N'ayant pas le temps de se laisser aller à son désespoir, il continue de mettre sa progéniture en sûreté.
À Paris, en 1910, une chatte nommée Duchesse vit avec ses trois chatons, Marie, Toulouse et Berlioz, dans la demeure d'une ancienne chanteuse d'opéra, Adélaïde Bonnefamille. Cette riche vieille dame décide de faire son testament avec l'aide de son vieil ami avocat, Georges Hautecourt. Comme elle n'a pas de famille vivant, avec ses dernières volontés, elle lègue désormais toute sa fortune à ses chats et stipule que sa fortune leur appartiendra jusqu'à leur mort puis ira au majordome de la maison, Edgar. Ce dernier apprend la nouvelle par hasard grâce à un tube acoustique qui relie sa chambre à la pièce où se situent Madame Bonnefamille et son avocat. Pensant que les chats vont lui survivre, et très déçu de passer après eux dans le testament, Edgar décide alors de hâter la procédure en se débarrassant définitivement de toute la famille féline.
Haru est une jeune lycéenne de 17 ans pleine de doutes qui ne trouve pas sa place au milieu des autres. Sa vie bascule le jour où, sur le chemin du retour du lycée avec sa meilleure amie Hiromi, elle sauve la vie d'un chat qui manque d'être écrasé par un camion.
Le film s'inspire de trois histoires trouvées dans les livres de A. A. Milne : In Which Eeyore Loses a Tail and Pooh Finds One, In Which Piglet Meets a Heffalump (Winnie the Pooh) et In Which Rabbit Has a Busy Day and We Learn What Christopher Robin Does in the Mornings (The House at Pooh Corner).
Au début des années 1930, le chat d’un rabbin de la casbah d'Alger raconte sa vie et ses dialogues avec son maître. Le chat du rabbin Sfar voit son paisible quotidien bouleversé le jour où il acquiert subitement le don de parole après avoir dévoré le perroquet de la maison. Le rabbin refusant de le laisser fréquenter davantage sa fille Zlabya, que le chat aime profondément, tous deux se lancent dans une discussion théologique à l'issue de laquelle le chat se met dans l'idée de se convertir au judaïsme et de faire sa bar-mitsva. Une visite chez le rabbin du rabbin, un vieil homme aigri, donne lieu à une dispute tout aussi âpre. La vie du chat devient beaucoup moins tranquille. Peu après, le rabbin reçoit une lettre de l'administration coloniale française qui le convoque à une épreuve de dictée, condition sine qua non pour devenir rabbin officiel de son quartier. Malgré son entraînement en compagnie du chat, le rabbin est persuadé qu'il ne réussira pas le concours. Le chat transgresse un interdit en prononçant à voix haute « Adonaï », l'un des noms de Dieu, dans l'espoir de provoquer un miracle, mais il perd aussitôt la parole. Quelques jours après, le rabbin reçoit la visite du malka des lions, dont toutes les femmes raffolent. Le jour de l'arrivée du malka, le rabbin reçoit ses résultats, mais il refuse d'ouvrir le courrier, et, persuadé d'avoir échoué, va se distraire à la campagne en compagnie de son vieil ami l'imam Sfar ; en ouvrant finalement le courrier, tous deux s'aperçoivent que le rabbin a réussi l'épreuve.
Jules César lance une expédition pour conquérir la Bretagne : la population locale a du mal à se défendre, elle refuse en effet de combattre après cinq heures de l'après-midi et pendant le week-end ; l'île est donc soumise à la domination romaine, et seul un petit village résiste à l'envahisseur. Son chef, Zebigbos, décide alors d'envoyer son compatriote Jolitorax en Armorique, chez son cousin gaulois Astérix, dont on connaît les exploits contre les Romains. Justement Astérix mais surtout Obélix sont en proie à une grande nostalgie, car il n'y a plus de Romains avec lesquels combattre : ils sont tous partis faire la guerre en Bretagne. Une fois informés de la situation ils décident de partir pour l'île, en emportant avec eux une barrique de potion magique que leur a préparée leur druide Panoramix.
Henry est réveillé d'une façon cavalière car Junyer qui a mis une ribambelle de réveils. L'ours colérique tape Junyer et s'apprête à frapper Ma lorsqu'il se rend compte que c'est la fête des pères. Junyer renverse le petit déjeuner au lit sur Henry en trébuchant sur un patin à roulettes. Junyer, en voulant vérifier le fonctionnement de son rasoir (pour raser Henry), le casse et poursuit Henry à travers la maison avant de le découper en petits morceaux. Henry se retrouve propulsé dans un poêle après que Junyer ait malencontreusement mis de la poudre à canon à la place de tabac dans sa pipe. Devant le regard agacé du père, Junyer récite un poème avant que Ma ne fasse un numéro de danse. Henry, devant un numéro où Junyer et Ma se déguisent respectivement en Abraham Lincoln et en George Washington, est finalement maquillé en statue de la Liberté.
Yi, une jeune fille chinoise, trouve un jeune yéti magique, qu'elle nomme Everest, et l'aide à retrouver sa famille. Pendant leur quête, ils doivent surmonter leurs plus grandes peurs tout en voyageant à travers différentes dimensions, accompagnés de leurs amis, Jin et Peng.
Samson est un baleineau, très intéressé par le mythe de son ancêtre, la baleine Moby Dick. Alors que sa mère vient d'être enlevée par des pêcheurs, Samson, accompagné par Sally, part à la recherche de la légendaire baleine, qui, selon la légende, reviendra pour sauver l'ensemble des baleines.
Kenaï est un jeune homme turbulent. Désinvolte et aventurier, il attend impatiemment le jour de la cérémonie de la maturité où la chamane de son village lui remettra son totem, symbole d'une vertu qu'il devra accomplir et suivre toute sa vie. Mais alors qu'il l'imagine représenter un animal puissant, symbole de puissance ou de sagesse comme ses frères aînés Sitka et Denahi, il reçoit « l'ours de l'amour ».
Alex le lion, Marty le zèbre, Melman la girafe et Gloria l'hippopotame vivent au Zoo de Central Park, où ils assurent en journée la vedette auprès des visiteurs. Mais Marty, contrairement aux trois autres, rêve de la vie sauvage. Quand Marty parle à quatre manchots (Commandant, Rico, Kowalski et Soldat) qui veulent également s'enfuir du zoo pour la vie sauvage (L'Antarctique pour eux), Marty décide de réaliser son rêve. Plus tard, le soir, alors qu'il fête son anniversaire, Marty parle de son rêve à ses amis qui ne comprennent pas du tout ce choix, heureux de leur vie tranquille au zoo, et surtout d'accord sur le fait qu'il « ne faut mordre la main qui te nourrit ». Alex tente de convaincre Marty de changer d'avis, ce qui semble faire son effet quand Marty dit à Alex que ce rêve n'était qu'une blague.
Un fermier décide de tuer un cochon qu'il trouve trop petit, dès sa naissance. Face à l'insistance de sa fille, il décide finalement de l'épargner. Toutefois, le cochon est pris par l'oncle de la ferme Homer Zuckerman quelque temps plus tard, et apprend qu'il sera tué. Dans sa panique, il entend la voix de Charlotte, une araignée grise, qui promet de le sauver. Le cochon, Wilbur, se doute que l'attendent alors de grandes aventures.
Une jeune orpheline nommée Penny a été kidnappée et enfermée dans un bateau à aube abandonné du Bayou du Diable. Un jour, elle jette à la mer une bouteille contenant un message de détresse et qui est découverte par la SOS Société, une organisation internationale de souris qui a élu domicile dans les caves du bâtiment des Nations unies. Miss Bianca, une souris blanche déléguée de Hongrie, se porte volontaire au secours de Penny. Après un temps d'hésitation, le président de la SOS Société suggère de lui adjoindre un coéquipier. Ne sachant qui choisir entre les différents délégués masculins prêts à l'accompagner, Bianca choisit finalement à la surprise générale Bernard, le concierge balbutiant atteint de triskaïdékaphobie.
À Chostka en Russie, en 1885, les souris sont de plus en plus menacées par la race féline. La famille Souriskewitz décide de mettre un terme à son triste sort en émigrant aux États-Unis, terre pleine de promesses où, se murmure-t-il, il y a des miettes de pain sur toutes les armoires et on n'y rencontre pas de chat. Pendant le voyage en bateau, le fils de la famille, Fievel, est malencontreusement séparé des siens lors d’une tempête et disparaît en mer. Pensant que ce dernier s'est noyé, les autres membres de la famille arrivent à New York.
Le début du film prend place dans le palais de César, à Rome. Ce dernier a un nouveau plan pour dominer le village d'Astérix, le dernier village gaulois à encore lui résister: bâtir des immeubles non loin du village, dans la forêt, afin de forcer les villageois à s'adapter à la civilisation romaine. Le chantier est confié à Anglaigus, un jeune architecte talentueux. Alors que César cherche un nom pour la future cité, le sénateur Prospectus propose Le Domaine des dieux, un nom évoquant Rome sans vraiment l'être. César est d'accord avec ce nom.