Lex Luthor est le nouveau président des États-Unis. Superman et Batman sont les deux seuls héros à s'opposer au bien-fondé d'une telle présidence. Alors qu'une météorite issue de Krypton fonce sur la Terre, un combat s'engage entre nos deux héros et les autres super-héros désormais aux ordres de Lex Luthor.
Batman aborde une phase décisive de sa guerre au crime. Avec l'aide du lieutenant de police Jim Gordon et du nouveau procureur Harvey Dent, il entreprend de démanteler les dernières organisations criminelles qui infestent les rues de la ville. L'association s'avère efficace, mais le trio se heurte bientôt à un nouveau génie du crime qui répand la terreur et le chaos dans Gotham : le Joker. On ne sait pas d'où il vient ni qui il est. Ce criminel possède une intelligence redoutable doublé d'un humour sordide et n'hésite pas à s'attaquer à la pègre locale dans le seul but de semer le chaos.
Huit ans ont passé depuis que Batman a disparu, passant du statut de héros à celui de fugitif. Prenant la responsabilité de la mort d'Harvey Dent, le « Chevalier Noir » a tout sacrifié pour le mieux. Pendant un certain temps, le mensonge a l'effet escompté : la criminalité de Gotham City est presque éliminée par le commissaire James Gordon avec l'unité anticrime de Harvey Dent. Mais l'arrivée à Gotham de Bane, un terroriste masqué, chamboule l'ordre établi et pousse Bruce à sortir de l'exil qu'il s'est imposé.
Batwoman et son armée de Batgirls luttent contre le crime. Le super vilain masqué Rat Fink et ses acolytes enlèvent une Batgirl pour obliger Batwoman à commettre un vol qui leur permettra de dominer le monde...
Une fausse bande annonce sur une équipe de super-héros tant attendue au cinéma : Superman et Batman se réunissent, malgré leurs différences, pour s'affronter Lex Luthor et Double-Face.