Batman aborde une phase décisive de sa guerre au crime. Avec l'aide du lieutenant de police Jim Gordon et du nouveau procureur Harvey Dent, il entreprend de démanteler les dernières organisations criminelles qui infestent les rues de la ville. L'association s'avère efficace, mais le trio se heurte bientôt à un nouveau génie du crime qui répand la terreur et le chaos dans Gotham : le Joker. On ne sait pas d'où il vient ni qui il est. Ce criminel possède une intelligence redoutable doublé d'un humour sordide et n'hésite pas à s'attaquer à la pègre locale dans le seul but de semer le chaos.
L'histoire se déroule en 1981, à Gotham City. Arthur Fleck travaille dans une agence de clowns. Méprisé et incompris par ceux qui lui font face, il mène une morne vie en marge de la société et habite dans un immeuble miteux avec sa mère Penny. Un soir, il se fait agresser dans le métro par trois hommes alcoolisés qui le brutalisent, le poussant à les tuer en retour. Son geste inspire à une partie de la population l'idée de s'en prendre eux aussi aux puissants ; Arthur bascule peu à peu dans la folie et finit par devenir le Joker, un dangereux tueur psychopathe victime d'hallucinations.
L'intrigue se passe dans un futur proche, où Batman n'est plus qu'un souvenir pour ceux qui ont connu sa croisade contre le crime et un mythe pour les plus jeunes.
En visitant la tombe de sa mère, Barry Allen mieux connu sous le nom de Flash, est alerté par le capitaine Cold, le capitaine Boomerang, Heat Wave, Mirror Master et Top au Flash Museum. En battant les vilains, il découvre qu'ils ont été embauchés par son ennemi juré, le Professeur Eobard Zoom Thawne, dans le cadre d'un plan visant à détruire Central City. Avec l'aide de la Justice League, Barry déjoue le complot de Thawne, mais les railleries de Thawne sur la mort de sa mère continuent de hanter Barry alors qu'il part.
Le Joker a capturé Jason Todd alias Robin l'allié de Batman, et le torture jusqu'à ce que Batman arrive pour sauver son apprenti. Le sauvetage échoue quand le bâtiment explose. Batman se remet difficilement de la mort du second Robin lorsque ce qui semble être une guerre des gangs éclate dans Gotham. Le baron actuel de la pègre, Black Mask, voit en effet ses activités attaquées par un nouvel arrivant, Red Hood. Ce dernier prend peu à peu le contrôle de la drogue dans la ville. Ses méthodes extrêmement violentes déclenchant un début d'escalade.
Huit ans ont passé depuis que Batman a disparu, passant du statut de héros à celui de fugitif. Prenant la responsabilité de la mort d'Harvey Dent, le « Chevalier Noir » a tout sacrifié pour le mieux. Pendant un certain temps, le mensonge a l'effet escompté : la criminalité de Gotham City est presque éliminée par le commissaire James Gordon avec l'unité anticrime de Harvey Dent. Mais l'arrivée à Gotham de Bane, un terroriste masqué, chamboule l'ordre établi et pousse Bruce à sortir de l'exil qu'il s'est imposé.
Plusieurs chefs de la pègre locale sont décédés à la suite d'attentats perpétrés par une silhouette fantomatique qui rôde à Gotham City. Alors que les autorités de la ville accusent Batman de ces meurtres, Bruce Wayne doit affronter son passé émotionnel quand son ex-fiancée, Andréa Beaumont, revient d'Europe.
Un ennemi de Batman, 40 ans après avoir disparu de la scène, refait surface. Bruce Wayne semble connaître la raison de cette longue disparition du Joker. Il est ainsi certain qu'il ne peut s'agir de la même personne. Lui et Terry McGinnis tentent de découvrir la véritable identité du vilain, et son plan. Au fur et à mesure de l'enquête, les destins de plusieurs autres personnages sont révélés, comme celui de Tim Drake, le troisième Robin.
Le jeune Bruce Wayne assiste impuissant au meurtre de ses parents. Profondément traumatisé, il grandit obnubilé par un désir de vengeance et voyage aux quatre coins du monde pour étudier la criminologie et les arts martiaux. La Ligue des ombres, une secte de guerriers ninja dirigée par Ra's al Ghul, se chargera de son entraînement physique. De retour chez lui à Gotham City, le jeune homme se charge de la gestion de Wayne Enterprises dont il est l'héritier. Opérant depuis le sous-sol du manoir familial avec l'aide de son majordome Alfred Pennyworth, Bruce Wayne se lance alors dans la lutte contre le crime sous le nom de Batman.
Emmet, une personne ordinaire vivant à Bricksburg, est pris par erreur pour le « Spécial » (ou l'« Élu »), c'est-à-dire celui qui peut sauver l'univers face à Lord Business, un tyran maléfique qui se cache sous l'identité du Président Business et qui veut détruire l'univers Lego avec le « Kragle », une machine permettant de coller toutes les figurines Lego. Malgré lui, Emmet va devoir se battre contre cette menace, avec l'aide d'un vieux mystique, Vitruvius, d'une jeune femme robuste, Cool Tag (Wyldstyle en version originale, Rebelle en version québécoise), et du fiancé de cette dernière, Batman.
Un soir à Gotham City, le Joker et Harley Quinn dérobent une statue chez un antiquaire. Celle-ci, sans réelle grande valeur, est en fait un objet fait de kryptonite (le point faible de Superman). Le Joker se rend ensuite à Métropolis afin de conclure un marché avec le milliardiare Lex Luthor : éliminer Superman en l'échange d'un milliard de dollars. Batman et Superman vont ainsi devoir mettre leur force en commun afin de vaincre leurs deux plus redoutables ennemis respectifs...
L'histoire commence quand le gang du Royal Flush tente de cambrioler une banque. La ligue arrive et à la suite d'une échauffourée, les met hors d'état de nuire. Chacun des membres rentre alors chez lui, y compris Batman. Or, une fois la Batmobile garée et que Batman soit monté au manoir, le Maître des Miroirs (Mirrors master en VO) sort du rétroviseur de la Batmobile et en profite pour pirater le bat-ordinateur, où Batman a stocké toutes les données relatives à la ligue, à savoir toutes les faiblesses et les points forts de ses coéquipiers. Dans le même temps, on apprend que Vandal Savage avait en fait tout planifié et qu'il en a profité pour convoquer chaque super-criminel, ennemi intime des membres de la ligue : Ma'alefa'ak pour Martian Manhunter, Bane pour Batman, Cheetah pour Wonder Woman, Metallo pour Superman, le Maître des Miroirs pour Flash et Star Sapphire pour Green Lantern. Ainsi, les membres de la ligue se retrouvent menacés par leurs ennemis jurés, baptisés la légion du destin par Vandal Savage. Batman, aidé par un nouveau venu, Cyborg, va alors tout tenter pour déjouer les pièges tendus par la légion du destin alors que c'est lui-même qui l'a créée.
Enfant, le milliardaire Bruce Wayne voit ses parents assassinés par un voleur des rues, qui en voulait au collier de perles de la mère de famille. L'orphelin se jura de venger leur mort en se lançant dans une bataille à vie contre le crime organisé. Pour cela, il crée un justicier masqué nommé Batman, et cache cette identité secrète derrière celle d'une image de playboy flambeur.