Artiste timide et introvertie, Patience Phillips (Halle Berry) est employée chez une compagnie de cosmétiques Hedare Beauty, prête à commercialiser un nouveau produit de beauté nommé Beau-Line, capable d'inverser les effets du vieillissement. Cependant, tandis que Patience doit aller porter un dessin en retard au directeur de la compagnie George Hedare (Lambert Wilson), elle surprend une discussion entre le scientifique Dr. Ivan Slavicky (Peter Wingfield) et Laurel Hedare (Sharon Stone), la femme du directeur, parlant de dangereux effets secondaires qui pourraient survenir avec l'utilisation à long terme de ce produit de beauté. Patience est repérée ; elle tente de s'échapper mais en s'enfuyant, elle se fait piéger dans un conduit d'évacuation, que ses poursuivants mettent aussitôt en marche. Elle est alors propulsée au dehors, dans la rivière, se noie et meurt. Par la suite, Patience est mystérieusement ramenée à la vie par un mau égyptien, et développe des capacités similaires à celles d'un chat ainsi qu'un désir insatiable de vengeance envers ceux qui l'ont tuée.
The film starts with two men pursuing a grey cat in an attempt to shoot it dead. The cat supposedly jumps into the river and is presumed dead. As the two men leave in a car with a crime boss called Rough Cut, Catwoman is shown under the bridge with the grey cat, which has a yellow wristband round its neck, grabbing Catwoman's interest.
Lex Luthor est le nouveau président des États-Unis. Superman et Batman sont les deux seuls héros à s'opposer au bien-fondé d'une telle présidence. Alors qu'une météorite issue de Krypton fonce sur la Terre, un combat s'engage entre nos deux héros et les autres super-héros désormais aux ordres de Lex Luthor.
Dans un univers parallèle, Lex Luthor et le Joker (nommé "Jester") sont des héros. Après avoir dérobé un élément technologique dans un des repères secrets du Syndicat du Crime, une version maléfique de la Ligue des Justiciers d'Amérique, ils tentent de s'échapper mais Jester doit se sacrifier en emportant avec lui les doubles maléfiques de J'onn J'onzz et de Hawkgirl. Lex Luthor se retrouve alors seul pour affronter le reste du Syndicat du Crime mais parvient à se téléporter vers l'univers de la Ligue des Justiciers d'Amérique.
Lex Luthor vaincu, un nouveau défi attend nos deux héros. Batman trouve une jeune Kryptonienne qui s'écrase à bord de son vaisseau dans la baie de Gotham City. Superman et lui l'aideront à trouver sa place sur sa nouvelle planète d'adoption : la Terre. Mais c'est sans compter sur les efforts redoutables de Darkseid pour s'approprier ce jeune talent.
Le Joker a capturé Jason Todd alias Robin l'allié de Batman, et le torture jusqu'à ce que Batman arrive pour sauver son apprenti. Le sauvetage échoue quand le bâtiment explose. Batman se remet difficilement de la mort du second Robin lorsque ce qui semble être une guerre des gangs éclate dans Gotham. Le baron actuel de la pègre, Black Mask, voit en effet ses activités attaquées par un nouvel arrivant, Red Hood. Ce dernier prend peu à peu le contrôle de la drogue dans la ville. Ses méthodes extrêmement violentes déclenchant un début d'escalade.
Batman reçoit la visite de son ancien amour, Talia, la fille de Ra's al Ghul et chef de la Ligue des Assassins. Elle lui informe que son père vient de mourir à la suite d'un assaut armé contre leur repaire, commandité par Deathstroke, un ancien membre de la Ligue. Talia confie son fils Damian au Chevalier Noir pour qu'il le protège de Deathstroke. Batman décide de prendre le jeune homme sous son aile et un nouveau duo se forme pour protéger Gotham City des criminels qui la hantent. Or, le jeune garçon, ivre de colère, souhaite à tout prix retrouver Deathstroke afin de venger la mort de son grand-père et endosse le costume de Robin...
Plusieurs chefs de la pègre locale sont décédés à la suite d'attentats perpétrés par une silhouette fantomatique qui rôde à Gotham City. Alors que les autorités de la ville accusent Batman de ces meurtres, Bruce Wayne doit affronter son passé émotionnel quand son ex-fiancée, Andréa Beaumont, revient d'Europe.
À la fin des années 1950, le maccarthisme a forcé la plupart des super-héros de la Société de Justice d'Amérique à prendre leur retraite. De leur côté, Superman et Wonder Woman travaillent pour le gouvernement alors que Batman continue malgré tout d’œuvrer dans l'illégalité. Mais les temps changent, et tandis que de nouveaux héros sont traqués comme les anciens (Flash, Green Arrow, …) et que d'autres sont encore incertains (Hal Jordan, Martian Manhunter), un danger millénaire menace l'humanité. L'Amérique va devoir faire face à ses démons…
Bruce Wayne est devenu adulte et va devenir Batman à 25 ans dans un Gotham ravagé par le crime. Le film le suit dans sa première année. Jim Gordon débarque à Gotham comme inspecteur et s'occupe de l'affaire Batman. Ce dernier le sauvera plus d'une fois…
Une série d'enlèvements étranges a lieu à Gotham City et les quelques preuves indiquent que le coupable serait Batman, le justicier est encore vu comme un mythe. Hal Jordan, sous son identité de Green Lantern, intervient lors de l'enlèvement d'une femme et découvre que le vrai coupable est un Paradémon. Batman arrive alors que Green Lantern est en difficulté et ensemble, ils parviennent à tenir tête au démon jusqu'à l'arrivée de la police, qui permet à la bête de fuir dans les égouts. Les deux héros voient alors le démon installer une boîte avant de se faire exploser. Le dispositif étant d'origine extraterrestre inconnue, Batman et Lantern décident de partir pour Metropolis et de demander l'avis de Superman. Au même moment, Flash (Barry Allen) confie une boîte similaire au Dr Silas Stone de S.T.A.R. Labs qui, fasciné, se consacre à l'étude de l'objet, délaissant le match de football de son fils Victor.
Après que Le Sphinx soit arrêté par Batman et envoyé à l'Asile d’Arkham, Amanda Waller, directrice de L'ARGUS, une organisation fédérale semi-indépendante commandant la Task Force X, reforme l'unité, qui est cette fois composée de Deadshot, Harley Quinn, Captain Boomerang, Killer Frost, King Shark, Black Spider et KGBeast.
En visitant la tombe de sa mère, Barry Allen mieux connu sous le nom de Flash, est alerté par le capitaine Cold, le capitaine Boomerang, Heat Wave, Mirror Master et Top au Flash Museum. En battant les vilains, il découvre qu'ils ont été embauchés par son ennemi juré, le Professeur Eobard Zoom Thawne, dans le cadre d'un plan visant à détruire Central City. Avec l'aide de la Justice League, Barry déjoue le complot de Thawne, mais les railleries de Thawne sur la mort de sa mère continuent de hanter Barry alors qu'il part.
L'intrigue se passe dans un futur proche, où Batman n'est plus qu'un souvenir pour ceux qui ont connu sa croisade contre le crime et un mythe pour les plus jeunes.