Lorsque Mr Freeze séquestre Batgirl pour lui prélever des organes afin de ramener à la vie sa défunte épouse, c'est au tour de Batman et Robin de les retrouver avant que la chirurgie ne débute.
Le Sphinx et Catwoman ont volé la Batmobile. Adam West et Burt Ward mènent donc l'enquête sur leurs anciens collègues acteurs de la série Batman dans laquelle ils ont joué au milieu des années 1960, soit de 1966 à 1968.
The Joker escapes from Arkham Asylum, causing a nurse to be taken to intensive care after spraying some of his lethal gas in her face. Upon arriving in Gotham City, he kidnaps Councilman Johnson and his son shortly after brutally murdering the Councilman's wife. Determined not to let his archenemy murder anyone else, Batman hunts him through the city. After Councilman Johnson is found dead while his son remains in The Joker's captivity, Batman questions whether his crusade against evil does more bad than good. Batman tracks The Joker to a carnival, where he thwarts the villain's plot of bombing a ferris wheel. He then races to the location of The Joker and the councilman's son, but when the young boy kills The Joker with his own gun, Batman debates if his greatest nemesis' death is a step toward Gotham's peace, or rather a sign that things are getting worse.
Batman, Robin and Nightwing investigate a string of incidents where a mysterious assailant has been taking down numerous crime organizations all over Gotham City. In their findings, they discover that while the thugs were taken down and no cash was stolen in the crime scenes, The Riddler and The Scarecrow have been lethally drugged with a botanical neurotoxin found only in the Far East. Moreover, blood splatters in the crime scenes indicate that the assailant was reckless, not caring about sustaining gunshot wounds during the fights while drugging the villains. Batman concludes that the assailant is Batgirl, who is being manipulated by Poison Ivy; the gunshot wounds she sustained were her failed attempts at breaking the spell. Batman and Robin confront Poison Ivy, who attempts to kill Batman with a lethal dose of the neurotoxin. An injured Batgirl, however, briefly breaks Poison Ivy's spell on her to block the shot as the villainess makes her escape and Nightwing rushes to the scene with the antidote.
À Gotham City, les quatre plus grands criminels (le Joker, le Pingouin, le Sphinx et Catwoman) font peser une terrible menace. Les super-héros Batman et Robin vont faire face à ces méchants et devront même aller dans l’espace pour contrecarrer le plan diabolique de leurs ennemis.
La Ligue de justice d'Amérique est contrainte de faire appel aux services spécifiques de John Constantine et de ses camarades spécialistes de l'occultisme pour contrer une importante menace d'invasion.
Mister Freeze et Le Pingouin sont de retour à Gotham City. Après avoir réfrigéré la ville, le scientifique transforme Bane et Killer Croc en monstres géants dévastant tout sur leur passage. Afin de les combattre, Bruce Wayne élabore un robot géant de Batman et le combat commence. Dans sa quête pour ramener la paix, le super héros sera suivi dans son affrontement par Robin, Green Arrow, Nightwing et Flash.
Batman, Batgirl et Robin forment une alliance avec les Tortues Ninja pour affronter Shredder qui s'est apparemment joint à Ra's al Ghul et sa Ligue des Assassins, afin de pouvoir prendre le contrôle de la ville.
Alors qu'il combat Gorilla Grodd, Batman est pris dans sa machine temporelle et est envoyé au Japon féodal. Il y est chassé par des samouraïs au service du Joker. En s'échappant, il rencontre Catwoman, elle aussi prise dans le temps depuis deux ans, qui lui apprend que les criminels de Gotham sont tous là et sont devenus des Seigneurs féodaux après avoir abusé le daimyō. Batman et Catwoman doivent donc intervenir pour empêcher les vilains de ré-écrire l'histoire.
De nos jours, Lex Luthor et sa Légion du Destin tentent d'utiliser les rayons cryogéniques des satellites orbitaux pour étendre les calottes polaires de la Terre dans l'océan Arctique, provoquant une chute massive du niveau de la mer et créant de nouvelles îles. Superman et la Ligue de Justice affrontent la Légion, divisant leurs forces pour combattre la Légion et détruire les satellites. Dans la bataille spatiale qui a suivi, Robin a délibérément écrasé son vaisseau spatial dans la rangée de satellites. Refusant d'accepter la défaite, le Capitaine Cold surchargera le satellite restant, qui retombe sur Terre et ensevelit Luthor dans une calotte glaciaire peu avant l'explosion du satellite. La Ligue est triomphante et croit que Luthor est mort.
Alors que Bruce Wayne et Selina Kyle (et leurs alter égo, Batman et Catwoman) entament une relation amoureuse, un nouvel ennemi apparait; un ennemi qui a manipulé des criminels aussi puissants que Bane, Poison Ivy, L'Épouvantail, Gueule d'argile, Harley Quinn ou encore le Joker; un ennemi qui a découvert la véritable identité de Batman et tous ses secrets; un ennemi qui a un plan pour détruire le justicier, ses proches et ses alliés définitivement: Silence...
Dans l'océan Atlantique, le sous-marin USS California capte les menaces humaines qui s'approchent du sous-marin par le sonar. Le sous-marin est attaqué et tout l'équipage est tué par les ennemis. Au S.T.A.R. Labs Le quartier général de la Ligue de Justice, Cyborg, qui a récemment reçu des améliorations environnementales dans une opération qui a remplacé son poumon restant, reçoit des nouvelles du colonel Steve Trevor, le lien pour la Ligue de Justice depuis l'invasion de Darkseid.