Ce film décrit les manipulations de prêtres et hauts-prêtres conservateurs à l'encontre du nouveau monarque Ramsès XIII, trop progressiste à leurs yeux, et qu'ils finiront par éliminer en jouant de la crédulité populaire.
Le film commence en 62 apr. J.-C. au moment de la répression par la légion romaine d'une révolte de tribus celtes. Un jeune garçon assiste au massacre de son peuple puis à la mort de sa mère, tous tués sur ordre du sénateur romain Corvus (Kiefer Sutherland). Après une ellipse, le récit reprend en 79 dans la province romaine de Bretagne. Un noble romain assiste avec ennui à un combat de gladiateurs, quand son intérêt est ranimé par l'entrée dans l'arène d'un jeune homme sans nom, que la foule surnomme le Celte (Kit Harington), et qui massacre ses ennemis avec une rapidité foudroyante. Le Romain achète le Celte et le fait amener jusqu'à sa ville de résidence, Pompéi. Sur la route, la colonne d'esclaves dont fait partie le Celte est dépassée par la voiture à cheval d'une jeune noble pompéienne, Cassia (Emily Browning), accompagnée de sa servante. La voiture tombe dans une ornière et l'un des chevaux, affolé, se blesse mortellement avec l'une des pièces de son harnarchement. Le Celte offre son aide et, avec l'autorisation de Cassia, achève le cheval pour lui éviter plus de souffrances, avant de reprendre sa place parmi les esclaves.
Ponce Pilate, le procurateur de Judée, revient à Rome pour se défendre devant ses accusateurs, Caligula, le nouvel empereur, et le Sénat tout entier. Pendant son procès, Ponce Pilate revoit les dernières années de sa vie, depuis son arrivée en terre palestinienne, jusqu'à l'exécution d'un prophète poursuivi par la haine des Pharisiens, Jésus de Nazareth.
Cette œuvre, longue de près de trois heures, décrit l'émergence du christianisme à Rome sous Néron, à travers une histoire d'amour entre un officier romain, Marcus Vinicius, neveu du mécène épicurien Pétrone, et Lygie, une jeune otage lygienne, devenue chrétienne, fille adoptive d'un général retraité, qu'il prendra comme épouse après avoir échappé au massacre des chrétiens dans les arènes impériales.
L'intrigue centrale du film repose sur l'amour d'un patricien romain, Marcus Vinicius, pour une jeune fille chrétienne (en provenance du territoire de l'actuelle Pologne) en toile de fond des persécutions contre les chrétiens sous le règne de Néron.
Quo vadis ? dépeint les persécutions que les chrétiens subissent sous Néron au I siècle, après le grand incendie de Rome, en racontant l'histoire de l'amour entre un patricien, Marcus Vinicius, et une jeune femme chrétienne, Lygie. Elle est sauvée de la mort dans l'arène et épouse Vinicius. Le titre évoque la question qu'aurait posée Saint Pierre fuyant Rome et rencontrant Jésus-Christ portant sa croix : « Quo vadis, Domine ? » (« Où vas-tu, Seigneur ? »). Les sources documentaires du film se retrouvent dans les actes de Pierre et dans le roman homonyme de Henryk Sienkiewicz.
Au cours d'une expédition sur les côtes ibériques, Kainus le carthaginois prend Rewak et sa sœur comme otages et les embarque sur l'un de ses bateaux qui se dirige vers Carthage…
Italie en 773 av. J.-C. : poursuivie par des cavaliers, une vestale confie ses jumeaux au hasard du fleuve ; une louve les recueille, le berger Faustulus les élève. Vingt ans plus tard, les frères Romulus et Rémus viennent à Albe la Longue pour la fête des Lupercales. Ils réussissent leur projet de vol de chevaux, mais Romulus enlève aussi la blonde Julia, la fille du roi des Sabins.
Sous le règne de l'empereur Tibère, le prophète galiléen Jean le Baptiste prêche contre le roi Hérode Antipas et son épouse, ex-femme de son demi-frère, la reine Hérodiade (Herodias, en anglais). Celle-ci souhaite la mort du prêcheur, mais Hérode craint de lui nuire en raison d'une prophétie affirmant que la mort de Jean le Baptiste entraînerait la sienne.
Hérode a emprisonné Jokaanan qui l'avait attaqué pour son mariage avec sa belle-sœur Hérodias. Cette dernière cherche un stratagème pour se venger du prophète, et songe à inclure sa fille Salomé dans sa vengeance. Salomé, de son côté, est amoureuse de Jokaanan.
Vers -1000, David, âgé de 70 ans, roi de la Terre d'Israël, doit passer le pouvoir à l’un de ses fils : le prince Adonias est un grand chef de guerre et le prince Salomon est un homme sage et pacifique. David fait un rêve où Dieu lui dit que son royaume sera plus prospère et heureux par la paix que par la guerre. Il désigne donc Salomon comme son successeur.
La souveraine Mila a été dépossédée de son royaume de Sulon par des usurpateurs. Samson, qui passait par là, en s'associant pour l'occasion avec son ancien adversaire Hercule, va chasser les méchants et restituer le trône à la reine.