Des super-héroïnes font équipe pour tenter de remporter un tournoi sportif intergalactique. Mais leurs opposantes se montrent prêtes à tout pour gagner…
C'est bientôt la cérémonie de L'héroïne de l'année à Super Hero High et les filles sont plus motivées que jamais pour remporter le titre. Mais l'évènement est gâché par Eclipso qui désire créée l'arme suprême en s’appropriant des objets précieux en provenance de différentes planètes de l'univers. Accompagnée d'un mystérieux acolyte, Dark Opal, elle est prête à tout pour réussir son plan. Les filles vont devoir s'associer pour sauver non seulement leur école mais aussi le monde.
Les soeurs de l’Océan, Siren et Mera, prennent par surprise les étudiantes du collège Super Hero pour leur voler une puissante relique : Le livre des légendes. Grâce à ce livre, Siren lève une armée. Wonder Woman, Batgirl et Supergirl devront aider Aquaman à défendre l’Atlantis et à stopper Siren !
Un homme, bien décidé à élucider le meurtre de sa femme, revient dans sa ville natale pour y enquêter. Il comprend ensuite que ce meurtre pourrait être l'œuvre d'un fantôme ventriloque, continuant à vivre à travers ses marionnettes.
Les jouets démoniaques sont de retour.Judith Grey (Tracy Scoggins) va demander de l'aide a Brick Bardo (Tim Thomerson) et sa petite amie Ginger (Melissa Behr) pour détruire les jouets une bonne fois pour toutes. Il est donc à Brick Bardo, le devoir de s’assurer que les jouets démoniaques ne puissent plus jamais convoquer les ténèbres et le mal.
Un soir d'orage, Judy une fillette avec son père et sa belle-mère tombent en panne et trouvent refuge dans un grand manoir occupé par un vieux couple étrange, les Hardwicke. Le vieil homme est un fabricant de jouets, de poupées et de pantins et la maison est pleine de ces figurines de porcelaine ou de bois. Pendant le repas, trois autres personnes viennent à leur tour s'abriter chez les Hardwicke : un homme au tempérament plutôt enfantin et deux filles punks, lesquelles font rapidement main basse sur tous les objets qui leur plaisent dans la maison. Mais ce soir-là, les poupées vont bientôt se révéler comme étant possédées, agressives, violentes : en un mot, vivantes.
Au Mexique, un esprit maléfique contenu dans un tombeau sacré s'échappe en s'appropriant le corps d'une poupée et sème la terreur dans une famille par le biais de leur adorable fillette.
De courageux jouets, tout droit sortis d'une valise oubliée dans un grenier, partent pour un voyage rempli de dangers et de surprises à la recherche de leur amie Madeleine, capturée par la Tête, chef de l'Empire du mal.
Les États-Unis sont gouvernés par Zartan sous les traits du président. Celui-ci organise un piège qui a pour but de mêler les Joes à un complot qui a abouti à l'assassinat du chef d'État pakistanais et la plongée du pays dans le chaos avec son arsenal nucléaire. Prenant cette attaque pour prétexte, Zartan donne l'ordre de tuer l'unité d'élite G.I. Joe. Duke trouve la mort dans cette attaque en tentant de protéger son ami Flint qui survit avec Marvin et Jay, deux autres membres de l'équipe et également amis de Duke. Lors d'un reportage, Zartan annonce avoir lui-même ordonné la mort des Joes et que le tueur du président Pakistanais n'est autre que Snake Eyes. Pendant ce temps le reste de l'unité qui a survécu devine que le seul homme assez puissant pour pouvoir commander une attaque comme celle qu'ils ont subie ne peut être que le président. Zartan a gardé le vrai président vivant et il décide de le forcer à révéler où se trouve Rex alias « Cobra Commander » ainsi que McCullen alias « Destro ». Pendant ce temps, le gouvernement capture Snake Eyes mais celui-ci s'avère être l'agent de Cobra, Stormshadow, venu pour faire sortir Cobra Commander ce qu'il parvient à faire. Ce qui reste des G.I. Joes devront tout risquer pour arrêter la révolution de Cobra, ils feront appel à l'homme qui a donné son nom à leur unité: le Général Joe Colton.
Alors que des soldats d'élite transportent une arme révolutionnaire mise au point par la société M.A.R.S. (Military Armaments Research Syndicate), leur convoi est attaqué par une force militaire inconnue menée par la Baronne. Grâce à l'intervention d'une unité de G.I. Joe, les soldats terroristes doivent s'enfuir sans pouvoir mettre la main sur l'arme. Du convoi de soldats, il ne reste que Ripcord et Duke.