Ce train, qui fut un des derniers convois de déportation, transportait initialement 750 déportés. Malgré les obstacles dans une France en cours de libération de l'occupation nazie et la durée inédite de son trajet (54 jours au lieu de 3 jours d'ordinaire) - du 3 juillet à Toulouse au 28 août 1944 à Dachau -, le train est parvenu jusqu'à sa destination finale.
Pendant l'insurrection vendéenne, Armelle de Courmont, une jeune aristocrate dont le père se bat dans les armées chouannes, noue une idylle avec un officier républicain. Elle va alors remplir la fonction ingrate d’intermédiaire entre l'armée républicaine et les troupes de Charette.
Durant la Seconde Guerre mondiale, Jean Ricouart, un jeune résistant, est arrêté à la suite d'une opération où il était chargé d'exécuter des collabos. Il est déporté en Allemagne, puis en Pologne mais survit. Deux ans plus tard, la guerre finie, il retourne dans son petit village natal afin d'y épouser son amour de jeunesse, Marie. Mais tout de suite après son mariage, Jean est arrêté et est condamné à 7 ans de prison pour complicité dans l'exécution des collabos. Le juge espère ainsi effacer toute trace de son passé collaborationniste en emprisonnant Jean, et se venger de la Résistance...
Le commissariat raconte l'histoire de Xavier Vallat interprété par Jacques Bonnaffé (Vénus Beauté, Lucie Aubrac), un antisémite militant qui rejoint le gouvernement Pétain au commissariat général des questions juives, en France dans les années 1940. Lucienne, jouée par Sophie Quinton (L'empreinte de l'ange) est secrétaire pour le ministère de Vallat. En août 1941, lors d'une violente rafle, Lucienne cache chez elle, Christian, un jeune homme qui ne la laisse pas insensible. Or Christian s'appelle en vérité Samuel Lipsky (Benjamin Bellecour) et il est juif.
La création, en 1941, du journal clandestin Défense de la France, grâce au travail de lycéens et étudiants regroupés autour de Philippe Viannay et Robert Salmon. À la Libération, il devient France-Soir.