Au début des années 1930, le chat d’un rabbin de la casbah d'Alger raconte sa vie et ses dialogues avec son maître. Le chat du rabbin Sfar voit son paisible quotidien bouleversé le jour où il acquiert subitement le don de parole après avoir dévoré le perroquet de la maison. Le rabbin refusant de le laisser fréquenter davantage sa fille Zlabya, que le chat aime profondément, tous deux se lancent dans une discussion théologique à l'issue de laquelle le chat se met dans l'idée de se convertir au judaïsme et de faire sa bar-mitsva. Une visite chez le rabbin du rabbin, un vieil homme aigri, donne lieu à une dispute tout aussi âpre. La vie du chat devient beaucoup moins tranquille. Peu après, le rabbin reçoit une lettre de l'administration coloniale française qui le convoque à une épreuve de dictée, condition sine qua non pour devenir rabbin officiel de son quartier. Malgré son entraînement en compagnie du chat, le rabbin est persuadé qu'il ne réussira pas le concours. Le chat transgresse un interdit en prononçant à voix haute « Adonaï », l'un des noms de Dieu, dans l'espoir de provoquer un miracle, mais il perd aussitôt la parole. Quelques jours après, le rabbin reçoit la visite du malka des lions, dont toutes les femmes raffolent. Le jour de l'arrivée du malka, le rabbin reçoit ses résultats, mais il refuse d'ouvrir le courrier, et, persuadé d'avoir échoué, va se distraire à la campagne en compagnie de son vieil ami l'imam Sfar ; en ouvrant finalement le courrier, tous deux s'aperçoivent que le rabbin a réussi l'épreuve.
Pendant le générique de début, une voix off explique que toute chose dans le monde, peu importe sa taille (infiniment petite ou grande) est connectée. Ce film est la suite du premier opus : on retrouve les mêmes personnages plus tard. Mumble et Gloria ont désormais un fils, Erik, qui comme son père avant lui, ne parvient pas à s'adapter dans cette colonie de manchots, n'ayant quasiment aucun rythme et aucun sens de la musique ou de la danse. L'aventure à proprement parler commence lorsque Ramon, en mal d'amour, décide de rentrer chez lui, en Terre Adélie. Il est suivie par Erik, Atticus et Boadicea, trois enfants manchots. Découvrant leur disparition, Mumble part à leur recherche.
Le film s'inspire de trois histoires trouvées dans les livres de A. A. Milne : In Which Eeyore Loses a Tail and Pooh Finds One, In Which Piglet Meets a Heffalump (Winnie the Pooh) et In Which Rabbit Has a Busy Day and We Learn What Christopher Robin Does in the Mornings (The House at Pooh Corner).
Le Petit Chaperon Rouge, Loup et Mère-Grand Puckett sont employés par Nicky Flippers, qui a créé et dirige désormais une agence d'espionnage ultra moderne nommée « Ils vécurent Heureux » (VO : Happily Ever After Agency). Leur mission est de délivrer Hansel et Gretel qui ont été kidnappés par une méchante sorcière. La narration fait des clins d'œil à Mission impossible. Mais il se peut que les deux enfants ne soient pas si gentils que ça, et que la sorcière maléfique soit plus sympathique que prévu...
Belka est une chienne de cirque, tête d'affiche du spectacle quotidien. Après une cascade ratée, elle se retrouve en pleine ville et rencontre Strelka, une chienne de la rue. Après avoir été attrapées par la fourrière, elles se retrouvent dans un camp d'entraînement pour tenter de participer à la prochaine mission spatiale soviétique, la future mission Spoutnik 5.
Dans le parc national de Jasper, au Canada, une cascade sépare les territoires de deux meutes de loups : la meute de l'ouest et celle de l'est. Humphrey et Kate sont deux loups de la même meute, celle de l'ouest, mais sont de classe sociale différente : Kate est une « alpha », membre de la classe dominante d'une meute, car elle est la fille du chef de la meute, Winston, et de sa femme Ève. Elle prend son rôle très au sérieux. Quant à Humphrey, c'est un « oméga », membre de la classe sociale inférieure de la meute, et il passe ses journées à jouer avec ses amis ainsi qu'à préserver la paix. Malgré cette différence de statut, le jeune loup tombe amoureux de Kate.
Boog, le grizzly, se retrouvant tout seul pour sa virée entre « potes », rentre dans un cirque qui doit repartir bientôt pour la Russie. Il y rencontre le lama Alistair et l'ourse Ursa dont il tombe sous le charme.
Samy, une petite tortue, naît sur une plage californienne. Il a beaucoup de mal à atteindre la mer. Il se fait attraper par un oiseau mais va s'en sortir avec Shelly, une autre mignonne tortue et ils tombent amoureux. Puis un ami de Shelly lui dit de partir. Samy partira à sa recherche sur cinquante ans d'un incroyable voyage. C'est en chemin qu'il rencontrera Ray, un bébé tortue luth qui va l'aider à retrouver l'amour de sa vie.
Grilo, le Criquet heureux, chante avec ses amis et tous se préparent pour le Festival de l'été. Un jour, Grilo découvre de gigantesques insectes immobiles qui semblent fossilisés, en particulier un groupe de mantes religieuses. Les choses se gâtent à partir de là, et Grilo et ses amis ont affaire à Trambika, une mante religieuse géante, et à ses compagnes. Au cours de ses aventures, Grilo rencontre également Pétala, une chanteuse dont il tombe amoureux, ainsi qu'un groupe de rap formé de trois grenouilles qui cherchent l'occasion de devenir célèbres en réalisant enfin un premier album.
Torben ne désire qu'une chose dans la vie : être la plus belle des pommes, aussi rouge et ronde que celles que l'on trouve dans les grandes surfaces. Son destin est d'ailleurs tout tracé, il finira dans un supermarché ! Mais son rêve s'envole lorsqu'il se trouve contraint de cohabiter avec un charmant ver prénommé Sylvia bien décidé à devenir son ami...
Astérix et Obélix doivent remporter les Jeux olympiques pour permettre au jeune Gaulois Alafolix d'épouser la Princesse Irina et lutter contre le terrible Brutus, prêt à tous les stratagèmes pour lui aussi gagner les Jeux et se débarrasser de son père adoptif : Jules César.
Les petits écoliers (13 minutes, 2004): jour d'école chez les insectes. Trois élèves font l'école buissonnière et vont devoir affronter une plante carnivore et un insecte vorace.
Un jour, Horton l'éléphant croit entendre un appel au secours provenant d'un grain de poussière flottant dans les airs. Dès lors, il est convaincu qu'une certaine forme de vie peuple ce grain de poussière même s'il ne peut la voir. En effet, la cité de Zouville et ses microscopiques habitants, les Zous, sont en grand danger !
Dans le film précédent, Alex le lion, Marty le zèbre, Melman la girafe et Gloria l'hippopotame, assuraient des représentations très populaires au zoo de Central Park, vivant comme des vedettes hollywoodiennes. Attiré par la vie sauvage, Marty le zèbre tenta de s'échapper, ce qui conduisit les autorités à vouloir rendre ces animaux à la vie sauvage, au Kenya. Mais ils échouèrent sur l'île de Madagascar, faisant ainsi la connaissance de la faune indigène composée des sympathiques lémuriens et de leurs féroces prédateurs: les fossas.
Niko est un petit renne qui habite dans la Vallée des rennes en compagnie de sa mère. Il n'a jamais vu son père, qui fait partie de la légendaire Brigade du père Noël composée des rennes qui tirent le traîneau volant du père Noël. Niko s'entraîne sans cesse à voler, dans l'espoir de rejoindre un jour son père, mais ses efforts sont d'abord infructueux. Il décide finalement de partir à la recherche de son père, accompagné par son ami, un écureuil volant nommé Julius. Tous deux, grâce à l'aide de la belette Wilma, parviennent jusqu'à la région lointaine où s'élèvent les Montagnes du Père Noël. Mais ils ont alors affaire à une bande de loups dont le chef, Loucifer, ambitionne rien de moins que de remplacer le père Noël.