Dirigeant le programme anglais de conquête spatiale, le militaire Charles Prescott envoie son frère, le lieutenant Dan Prescott, dans l'espace à bord du premier avion supersonique jamais construit. Mais Dan souhaite beaucoup plus que de devenir le premier homme dans l'espace. Indiscipliné et cabochard, lorsqu'il traverse l'ionosphère, il repousse les limites en refusant de faire demi-tour comme l'a demandé son frère, s'éloignant un peu plus de la Terre. Le pilote pousse son avion expérimental aux limites jusqu'à atteindre une hauteur de 600.000 pieds. Il utilise même les propulseurs d'urgence pour aller encore plus loin. Mais, ayant perdu le contact radio avec sa hiérarchie, et seul dans l'immensité du cosmos, son avion est traversé par des rayons cosmiques mortels avant de s'écraser sur Terre. Dan est porté disparu, présumé mort.
En 2019, une succession de catastrophes naturelles laisse la planète endeuillée. Une vingtaine de pays parmi les plus riches et les plus avancés technologiquement décident de s'unir en construisant un dispositif satellitaire visant à réguler le climat. Celui-ci est baptisé Dutch Boy (Le doigt de gamin, en français), et les États-Unis en assurent le commandement. Son contrôle opérationnel a lieu via la station spatiale internationale, considérablement agrandie et dotée d'effectifs humains importants, permettant de juguler canicules et autres tempêtes. L'Humanité est ainsi protégée. Mais, à la veille du transfert du commandement à la communauté internationale, un village complètement gelé est découvert en plein milieu de l'Afghanistan, puis une explosion de gaz frappe Hong Kong après une brusque élévation des températures. Ceci laisse penser à une utilisation détournée du dispositif, ainsi transformé en une arme qui, si elle n'est pas stoppée, pourrait provoquer une tempête d'envergure mondiale : une géotempête.
Le vaisseau spatial de la famille Towani s'écrase sur la lune forestière d'Endor. Les parents, Catarine et Jeremitt, n'arrivent pas à localiser leurs enfants : Mace, un adolescent, et Cindel, une fillette de cinq ans. En les cherchant, ils se font capturer par le géant Gorax. Les enfants sont alors livrés à eux-mêmes.
Née en pleine mer, Jupiter Jones est une jeune immigrée russe vivant illégalement à Chicago. Elle enchaîne les coups durs et n'a d'autre perspective que de gagner sa vie en faisant des ménages avec sa mère et sa tante Nino. Alors qu'elle s'apprête à vendre ses ovules, sous une fausse identité empruntée à son amie Katherine Dunlevy, pour pouvoir s'offrir un télescope semblable à celui que possédait feu son père Maximilian, elle découvre que les praticiens sont en fait des extraterrestres qui veulent l'éliminer. Elle est sauvée in extremis par Caine Wise, un ancien chasseur militaire interplanétaire génétiquement modifié. Elle se retrouve ainsi impliquée dans une lutte de pouvoir au sein de la maison Abrasax, la plus puissante dynastie de tout l'Univers, qui est également la propriétaire de la planète Terre selon les lois universelles. La puissance de la dynastie Abrasax provient de l'élixir Premium Abrasax, un élixir capable de régénérer les cellules et de vivre durant des millénaires, et qui est produit en moissonnant de la biomasse humaine.
2005 : pour convaincre les Français de l'intérêt de la recherche spatiale et de ses budgets, un concours est organisé : un jeu de grattage avec des millions de tickets à gratter, dont les deux gagnants obtiendront leur billet pour l'espace. Ils doivent partir pour la station orbitale française (laquelle n'existe que pour le film et pas dans la réalité), avec deux spationautes professionnels et un scientifique.
Ce film fait suite au premier.
Depuis 20 ans les nations du monde ont travaillé ensemble sur un important programme de défense colossal fondé sur la technologie extraterrestre récupérée lors de la première invasion sous la supervision de David Levinson qui est désormais le directeur de la défense spatiale. Les forces armées de la Terre comptent maintenant des chasseurs équipés de canons lasers, des satellites de défense et des bases de défenses sur la Lune et sur Rhéa équipées des mêmes super lasers utilisés par les extraterrestres pour détruire les villes dans le premier opus.
En 2058, l'Humanité, proche de sa fin par manque de ressources, s'est réunie au sein de la Force Spatiale Globale Unie afin de lancer la colonisation spatiale. La famille Robinson, famille d'éminents scientifiques, est envoyée dans l'espace à bord du vaisseau Jupiter 2 pour procéder à la construction d'une porte hyperspatiale à proximité de la planète Alpha Prime afin de lancer la colonisation de celle-ci et sauver l'humanité. Mais le Dr Smith — agent du groupe insurrectionnel terroriste "Sédition Globale", qui veut faire échouer le projet — a réussi à pénétrer dans le vaisseau avant son départ et à saboter le robot responsable de la sécurité de la famille. Ce sabotage conduit le vaisseau à s'écarter de sa trajectoire et à foncer droit sur le Soleil. En ultime recours, l'équipage provoque un saut non contrôlé en hyperespace et se retrouve dans un espace et un temps inconnus, le saut ayant propulsé Jupiter 2 dans le futur et dans un système stellaire totalement inconnu et extrêmement dangereux.
L'intrigue commence au Japon en 1988. La Terre sort juste d'une frayeur causée par le passage d'une comète qui provoque encore de fortes perturbations électromagnétiques. Le pilote Koji Miyoshi revient au Japon et y retrouve ses amis et collègues, mais les retrouvailles tournent court car les médias annoncent l'apparition d'OVNIS un peu partout en Amérique et la destruction subite de la station spatiale internationale Terra gérée par l'ONU. Miyoshi part alors trouver son collègue Masato Takigawa et exige la complétion du Space Forces' Gohten Project, un projet des Nations unies visant à construire un vaisseau spatial capable de protéger la Terre, le Gohten. Il se heurte d'abord à des refus jusqu'au moment où les extraterrestres, qui s'avèrent originaires de la planète Yomi dans l'amas d'Hercule, tentent de kidnapper Takigawa, puis entrent en guerre ouverte contre les Terriens et commencent à semer le chaos sur la planète. Le Gohten est terminé puis décolle en urgence au milieu d'une bataille acharnée contre les extraterrestres dans le chantier de construction. Le Gohten met alors le cap sur la planète Vénus, que les Terriens suspectent d'être la base d'opération des extraterrestres dans le système solaire.
Le major Gordon Towers et le capitaine Dan Webber rentrent à la Station spatiale X-7 après avoir collecté des échantillons géologiques et de la glace dans des grottes de glace récemment découvertes sur la Lune. À son arrivée, Webber s'effondre et est conduit à l'infirmerie par le Dr Hoffman tandis que Towers retrouve sa petite amie, le docteur Faith Montaine, biochimiste civile.
Dans un futur très lointain et inconnu, le film raconte la vie quotidienne de la classe moyenne terrienne sur la station spatiale de ravitaillement OMEGA 76.
L'histoire se passe en l'an 5001 sur la planète Jillucia qui a été pratiquement détruite par les Gavanas. Ceux-ci sont gouvernés par Rockseia 12 et sa mère, Mother Dark. Le roi Kaiba de la planète Jillucia décide de combattre les Gavanas. En dernier recours, le chef des survivants Jilluciens s'en remet au Dieu Liabé en dispersant huit noix divines à travers l'univers qui, selon la légende, seront capables de découvrir les huit valeureux guerriers qui uniront leurs forces en vue de libérer Jillucia. Le premier d'entre eux sera Ayato.
Le Projet "Star Talk" est sur le point d'être annulé lorsqu'un signal provenant de l'Espace se fait enfin entendre. C'est à ce moment précis qu'un vaisseau spatial surgit et kidnappe le petit groupe de scientifiques en emportant le laboratoire entier dans une autre galaxie. Là, ils feront une série de découvertes concernant les extra-terrestres responsables de leur enlèvement, ainsi que le danger qu'encourt la Terre s'ils n'interviennent pas rapidement...
Dans un futur lointain, en orbite autour de la planète Dante, une nouvelle biologiste et un nouveau prisonnier arrivent dans une station psychiatrique des plus sécurisés, plus précisément dans l'unité Dante 01, où sont incarcérés les plus dangereux criminels des mondes environnants, qui servent de cobayes lors d'expériences sur le cerveau. Cependant, une résistance au système se met en place autour de César, un psychopathe. Mais Saint Georges, un survivant étrange et possédé par des démons qu'il apprendra à maîtriser, remet en cause son autorité. En apprenant à se servir de son pouvoir, il transformera la planète de feu qu'est Dante en planète bleue hospitalière.
Suite aux événements d'Alien vs. Predator, un vaisseau spatial Predator gravite autour de la Terre. Il transporte la dépouille du Predator Scar mort au combat, de nombreux tubes en verre contenant chacun un Facehugger et un équipage de trois Predators. Un Chestburster hybride, le Predalien jaillit du thorax du Predator mort. Ayant atteint sa taille adulte, le Predalien tue deux des Predators. Témoin de la mort du deuxième Predator, le troisième tire avec son canon d'épaule sur le Predalien. Il rate sa cible et endommage le vaisseau qui tombe immédiatement vers la Terre. Buddy Benson et son fils Sam (Liam James) qui chassent dans une forêt, assistent à l'écrasement du vaisseau à proximité, se rendent sur place et observent l'épave. Buddy décide rapidement de partir prévenir le shérif. Le dernier Predator, blessé, constate que plusieurs Facehuggers se sont échappés et sont en train de sortir du vaisseau. Il commence à activer sa bombe individuelle d'autodestruction sur sa manchette, mais le Predalien l'achève avant qu'il l'enclenche. Les bruits provenant du vaisseau font peur à Buddy et ils s'éloignent en courant. Sam trébuche et tombe, les Facehuggers les rattrapent, Buddy en abat un. Son bras gauche est éclaboussé par du sang acide du Facehugger, son avant-bras se détache. Un Facehugger s'agrippe au visage de Buddy, puis un autre à celui de Sam. Sur une planète lointaine, le Predator Wolf (Ian Whyte) reçoit le signal de détresse du vaisseau. Il consulte les enregistrements du « journal de bord ». Voyant la créature qui a tué ses congénères, il prend son équipement et décolle immédiatement pour se rendre sur place.