Cinq ans ont passé depuis le départ de Superman à la recherche de survivants de Krypton. À son retour sur Terre, revenu à Metropolis, il découvre que Lois Lane est désormais mère de famille et que Lex Luthor, libéré de prison, a dérobé un cristal kryptonien et prépare un nouveau plan machiavélique pour détruire le monde…
Agacé devant les succès et la popularité grandissante de Superman, Lex Luthor s'associe à Brainiac pour le vaincre. Utilisant un morceau de kryptonite qu'il s'est procuré dans l'espace, il crée un nouveau corps à Brainiac spécialement conçu pour vaincre l'Homme d'Acier. Mais lorsque Brainac trahit Luthor et révèle ses sombres plans de domination du monde, Superman est contraint de braver la mystérieuse Zone Fantôme pour trouver la force de survivre à ce combat mortel.
Lex Luthor vaincu, un nouveau défi attend nos deux héros. Batman trouve une jeune Kryptonienne qui s'écrase à bord de son vaisseau dans la baie de Gotham City. Superman et lui l'aideront à trouver sa place sur sa nouvelle planète d'adoption : la Terre. Mais c'est sans compter sur les efforts redoutables de Darkseid pour s'approprier ce jeune talent.
Lex Luthor est le nouveau président des États-Unis. Superman et Batman sont les deux seuls héros à s'opposer au bien-fondé d'une telle présidence. Alors qu'une météorite issue de Krypton fonce sur la Terre, un combat s'engage entre nos deux héros et les autres super-héros désormais aux ordres de Lex Luthor.
Superman fait la connaissance de Billy Batson, un jeune garçon courageux et généreux. D’apparence ordinaire, ce dernier va découvrir qu’il a été choisi par un sorcier pour être le « protecteur » du monde. Dès lors, en invoquant le nom du magicien Shazam, Billy devient le Captain Marvel, un super-héros à la force Herculéenne. Poursuivi par Black Adam, un être maléfique aux pouvoirs incommensurables, Captain Marvel et Superman devront s’allier pour lutter contre cette menace….
Une fausse bande annonce sur une équipe de super-héros tant attendue au cinéma : Superman et Batman se réunissent, malgré leurs différences, pour s'affronter Lex Luthor et Double-Face.