Il y a 35 000 ans, à l'âge de pierre, deux tribus voisines vivaient en paix… à un cheveu près. Pendant que la tribu des Cheveux Propres coulait des jours paisibles en gardant pour elle seule le secret de la formule du shampooing, la tribu des Cheveux Sales se lamentait.
Un météore s’écrase au Japon, déversant des centaines de créatures arachnides extraterrestres dans Tokyo. L’armée, impuissante face à un tel phénomène, tente de résister autant que possible à l’envahisseur. Mais alors que la panique s’installe, et que ces créatures semblent vouloir installer leur...
Godzilla est libéré accidentellement d'un iceberg par un sous-marin nucléaire et se dirige vers Tokyo. Une expédition découvre l'île de Faro où vit une tribu indigène vénérant le dieu Kong. Après de nombreuses péripéties, l'expédition ramène King Kong au Japon mais il réussit à s'échapper. Il se met à détruire Tokyo. Les militaires construisent un barrage de pylônes électriques à haute tension mais il résiste, car il absorbe l'électricité. Il est donc invulnérable. De son côté, Godzilla reste indestructible mais montre une vulnérabilité à l'électricité. Les autorités dépassées décident d'opposer les deux monstres. Ils capturent King Kong et l'amènent au mont Fuji où se trouve Godzilla. Les deux monstres s'affrontent. King Kong subit les attaques de Godzilla jusqu'à ce que, lors d'un orage, la foudre lui redonne la force de combattre. Il électrocute Godzilla qui tombe et disparaît sous les flots tandis que King Kong retourne vers son île, Faro. Finalement, Godzilla se relèvera des flots et se dirigera vers Tokyo.
Un an après la défaite de Godzilla face à Kiryu, le Japon répare Kiryu et s'apprête à reconstruire la ville détruite. Le grand-père d'un des hommes de maintenance du robot est visité par les shojibin, les petites fées qui parlent au nom de Mothra, de vieilles connaissances puisqu'il les a rencontrées il y a 43 ans. Elles rappellent que Kiryu est bâti sur le squelette du Godzilla original et que ses os devraient reposer en paix. Si les autorités s'entêtent à utiliser le robot, Mothra ne viendra pas les aider si Godzilla refait surface et pourrait même devenir ennemie de l'humanité.
Depuis les premières apparitions de monstres géants, la Terre s'est dotée d'une force armée spécialement entraînée pour lutter contre cette nouvelle menace, dont le fer de lance est une équipe de mutants. Un jour cependant, diverses créatures attaquent de façon simultanée les grandes capitales et l'armée se retrouve totalement dépassée. Un vaisseau spatial apparaît alors et fait disparaître tous les monstres. À son bord, des extraterrestres de la planète X qui viennent prévenir les terriens qu'une comète géante est sur le point de rentrer en collision avec la Terre. Godzilla, libéré de sa prison de glace, n'a d'autre choix que d'affronter les aliens, mais un ennemi plus fort que tous les autres apparaît sur Terre : Monster X, qui deviendra Keizer Ghidorah. Godzilla doit stopper le dragon tricéphale ainsi que le météore.
Charles Hatton détient une agence de voyage pas comme les autres : elle permet de faire un saut dans le temps et d'aller tuer un Allosaure il y a 65 millions d'années puis de revenir avec une vidéo. Malgré l'opposition d'une faible partie de la population qui voit un risque certain dans ces sauts, les chasseurs accompagnent les touristes du temps pour faire et refaire le scénario de l'Allosaure... Mais lors d'un saut, les fusils tombent en panne et l'un des clients, paniqué, tue un papillon. Le cours entier de l'évolution est alors changé, et le « nouveau présent » rattrape le présent, changeant progressivement la faune et la flore comme elles devraient être sans le papillon. Afin de corriger l'erreur temporelle, un chasseur et une scientifique tentent de revenir au moment du saut pour empêcher l'erreur de se produire.
Depuis des années, le Japon assiste impuissant aux attaques de Godzilla contre les sources d'énergie nucléaires. Les armes les plus dévastatrices ont été employées mais rien n'a jamais semblé pouvoir ébranler le grand monstre. Nombreux sont ceux qui ont perdu la vie en le combattant ou en tentant d'échapper aux destructions.
Des Futuriens débarquent sur Terre. Ils prétendent venir du futur où Godzilla a entièrement détruit le Japon, et proposent au gouvernement d'éliminer le monstre avec leur aide. Les Futuriens, accompagnés de quelques représentants japonais, décident de se rendre en 1944 sur une île du Pacifique où est censé vivre le dinosaure qui donnera naissance, après irradiation, à Godzilla. Mais une fois sur place, les Futuriens abandonnent trois Dorats, des petits monstres de leur époque. De retour dans le présent, tout le monde se rend compte que les Dorats ont à leur tour été irradiés et sont devenus King Ghidorah, un terrible monstre que les Futuriens contrôlent pour ravager le Japon. Godzilla, que tout le monde croyait éliminé, se réveille alors.
Dans les années 1930, le réalisateur Carl Denham envisage de tourner un film sur la mystérieuse « Skull Island » (l'île du Crâne) après être entré en possession d'une carte mentionnant son existence au large de Sumatra. Après avoir embauché à New York une jeune femme au chômage, Ann Darrow, Denham embarque avec son équipe sur le navire SS Venture commandé par le capitaine Englehorn, qui fait route vers l'Océan Indien. Durant le voyage, Ann tombe amoureuse du second de l'équipage, Jack Driscoll.
Le professeur écossais fraîchement anobli, Sir Oliver Lindenbrook, est persuadé que l'explorateur Arne Saknussem, disparu il y a deux siècles, est parvenu à atteindre le centre de la Terre. Il quitte Édimbourg avec un de ses étudiants, amoureux transi de sa nièce, pour entreprendre une extraordinaire descente en progressant jusqu’au centre de la Terre à partir du cratère d'un volcan d'Islande. Dans cet extraordinaire périple il est accompagné aussi par l'intrépide veuve d'un volcanologue assassiné et par un solide gaillard islandais et sa cane, Gerdrud. Le petit groupe est précédé par un personnage inquiétant, descendant de Saknussem.
Deux reporters, Ichiro Sakai et Junko Nakanishi, sont envoyés sur un site industriel dévasté par un violent cyclone. Ils y découvrent une étrange substance.
Jesse et Kate emménagent dans le manoir où habitaient les parents de Jesse il y a 30 ans. En l'explorant, il découvre que l'un de ses ancêtres aurait dérobé un crâne de cristal aux pouvoirs surnaturels dont l'immortalité. Lorsqu'il déterre le cercueil de son aïeul, celui-ci est toujours vivant ! Mais le crâne va déclencher la convoitise de créatures ancestrales et la maison devient le lieu de phénomènes étranges...
Le professeur Bon Œil fait manger à quatre dinosaures des céréales qui les rendent pacifiques et intelligents. Propulsés au XX siècle, nos amis devront faire face aux méchantes ambitions du professeur Mauvais Œil et de son cirque terrifiant. Avec l'aide de deux enfants, Louis et Cecilia, nos héros auront droit à une grande aventure.
Tumak, un troglodyte de la Tribu des Cavernes, est chassé dans un horrible désert après s'être querellé avec son père, Akoba, le chef de la tribu. Après avoir échappé à nombre de dangers, comme un iguane géant, un brontosaure et une araignée géante, il s'effondre sur une plage lointaine, où il est aperçu par « Loana la Belle » et d'autres femmes de la Tribu de la Mer qui l'accompagnent à la pêche. Elles sont sur le point de l'aider quand un archelon avance vers la plage. Les hommes de la Tribu de la Mer arrivent et il semble qu'ils repoussent la tortue géante avec leurs lances (bien qu'en réalité on a l'impression que la tortue s'est contentée de faire un tour hors de la mer où elle avait eu de toute façon dès le début l'intention de retourner.)
Une équipe de savants découvre le corps d'un homme préhistorique conservé intact dans les glaces du pôle Nord. Le docteur Diane Brady parvient miraculeusement à le ramener à la vie. Rebaptisé Charlie, l'homme de glace est placé dans un environnement spécial pour favoriser son étude. Un anthropologue, le docteur Stanley Shepard, entre progressivement en contact avec lui. Une étrange amitié se tisse entre lui et Charlie malgré toute la distance qui les sépare. Mais d'autres spécialistes insistent pour avoir accès à cet objet d'étude inespéré afin de pouvoir disséquer Charlie au nom de l'avancée de la science.