En 1942 à Paris, sous l'occupation allemande, l'Alsacien Robert Klein fait des affaires, notamment en rachetant à vil prix des objets d'art à des Juifs en difficulté. Alors qu'il reconduit à la porte l'un d'eux à qui il vient d'acheter un petit tableau du maître néerlandais Adriaen van Ostade, il découvre parmi son courrier un exemplaire des Informations juives, journal habituellement distribué sur abonnement spécial.
Le 24 février 1944, la Gestapo arrête Max Jacob. Au moyen de multiples analepses, le film nous fait voyager dans les souvenirs du poète, traverser différentes époques et rencontrer de célèbres peintres, poètes ou écrivains amis de Max Jacob, jusque quarante ans en arrière quand celui-ci habitait le Bateau-Lavoir avec Pablo Picasso. C'est plus particulièrement avec Jean Cocteau et Sacha Guitry que Max Jacob partage confidences, enchantements et frasques du Paris de l'entre deux guerres. Puis il est conduit à Drancy.
Maurice Gutman, enfant de 12 ans, juif, se retrouve séparé de sa famille suite à un accident. Durant son séjour au sanatorium sa famille est emmenée dans le camp de Drancy, puis est déportée vers le camp d'Auschwitz. Il passe deux années à l'hôpital et, à sa sortie, il retrouve sa tante. Il comprend alors qu'elle est, de sa famille, la seule survivante du massacre nazi.
Sous l'occupation, M. Batignole est un boucher-charcutier parisien sans histoire dont la fille a été promise en mariage à Pierre-Jean Lamour, un auteur de pièces de théâtre, sans talent et collaborateur notoire. Un jour, Simon, un enfant juif, se présente à sa porte et demande l'asile car ses parents et son frère ont été arrêtés par la police française à la suite d'une dénonciation de Pierre-Jean : il pensait les retrouver dans leur ancien appartement, mais celui-ci a été, depuis, racheté par Edmond Batignole. Lequel accepte alors de l'héberger dans sa « chambre de bonne » et de le nourrir. Il ment à toute sa famille pour le garder en sécurité et décide de l'héberger dans sa cave. Un jour, il découvre que les cousines de Simon sont cachées chez une concierge, au nord de Paris. Puis, lorsqu'il va dans sa cave pour voir Simon, il l'aperçoit en train de manger avec elles ; son gendre, pensant qu'Edmond s'est enfermé dans la cave pour se suicider, ouvre la cave à coup de hache et découvre les enfants juifs. Celui-ci appelle alors la Gestapo et menace M. Batignole. Quand la police arrive, Pierre-Jean est mort et Edmond s'est échappé avec les enfants. À la suite de cela, ils s'en vont jusqu'à la frontière suisse en se faisant passer pour une famille.
En 1943, pendant l'Occupation, dans la Creuse, Fanny, 12 ans et ses deux petites sœurs Georgette et Erika, sont dans un refuge pour enfants juifs. Les adultes qui s'occupent des nombreux enfants, suite à une dénonciation, sont obligés d'envoyer leurs protégés chez Madame Forman, près de la frontière italienne. Fanny sympathise avec Élie, 15 ans, qui rêve d'entrer dans la Résistance. Peu de temps après, Mussolini est renversé en Italie et l'armée allemande envahit la zone d'occupation italienne. Madame Forman décide d'envoyer les enfants en Suisse romande où ils seront en sécurité. Elle forme deux groupes. Le premier groupe, sous la responsabilité d'Élie, part en train jusqu'à Sallanches. Le groupe comprend Fanny, ses sœurs, Victor, Maurice, Diane de 17 ans, Rachel, Marie et Jacques .
En France, durant la Seconde Guerre mondiale, Sabine Zlatin, une juive d'origine polonaise naturalisée française vit à Montpellier avec son mari Miron Zlatin. Elle est infirmière militaire, il est agronome. Mais dans la France sous occupation allemande, les juifs doivent se cacher pour ne pas être déportés dans les camps. Lorsque Sabine rencontre Léa Feldblum, une jeune femme juive dissimulant son identité, celle-ci lui fait rejoindre l'organisation de l'Œuvre de secours aux enfants (OSE). Sa mission sera dès lors de sauver les enfants enfermés dans les camp de transit, mais elle a de plus en plus de difficultés à trouver un foyer pour les enfants. Elle fonde alors à Izieu la colonie d’enfants réfugiés de l’Hérault, où pensionnent les orphelins jusqu'à une rafle organisée le 6 avril 1944 à l'initiative de Klaus Barbie.