Le Capitaine Nemo et son sous-marin recueillent quelques survivants d'un navire coulé. Il décide de les emmener découvrir une cité sous-marine où ils pourraient passer le restant de leurs vies...
L'année 1886 est marquée par des événements mystérieux survenus en mer : une créature étrange et gigantesque, que les meilleurs scientifiques ne peuvent identifier, s'attaque aux navires en transperçant leur coque.
Commander Casey Abbott (Ronald Reagan), commander of the fictional submarine USS Starfish, is ordered to undertake a dangerous mission which sees him attempting to cut off the flow of supplies between China and Japan in the heavily mined waters off the Asiatic mainland. When a diver, who is Abbott's competitor for the affections of Nurse Lieutenant Helen Blair (Nancy Davis) back at home, gets into a dangerous situation, Abbott must struggle to keep his personal and professional lives separate in dealing with the crisis.
A small group of British sailors stationed on a Scottish island engaged in top-secret research on a new and dangerous torpedo are joined by a US Navy scientist, Lt. Brad Bradville (Gene Kelly), and his assistants. When several tests of the weapon fail, and men are killed, tensions within the group mount. Bradville must prove that the torpedo can work and win over the British, especially Lt. Rogert Wharton (John Justin), before the Admiralty pulls the plug on the project.
Le 6 août 1945, un B-29 américain lâche la première bombe atomique sur la ville d’Hiroshima. Face à cette nouvelle menace, les autorités militaires japonaises sous les traits de Ryokitsu Asakura confient une mission de la plus haute importance au « Capitaine Froussard », Shinichi Masami. A terre depuis plus de trois ans à cause de cette réputation, héritée de son refus d’appliquer les « suicide tactics » des kamikaze, Masami se voir confier le commandement d’un sous-marin ramené d’Allemagne par une équipe de scientifiques, le I-507. Sa mission ? Trouver le vaisseau qui achemine la seconde bombe atomique et l’empêcher de mener sa tâche à bien…
Pendant la Seconde Guerre mondiale, un navire de la Marine américaine est coulé par un sous-marin japonais, laissant 900 membres d'équipage échoués dans les eaux infestées de requins.
Des secousses sous-marines inquiétantes et violentes menacent la planète. A la demande du professeur Boren, les savants Doug Standish et Craig Mosby embarquent à bord d'un sous-marin ultra-moderne, l'«Hydronaute», pour poser des sismographes au fond des mers. Une équipe de spécialistes, trois hommes et une femme, les accompagne. Ils entament une longue et périlleuse expédition. Les savants doivent tout d'abord affronter un monstre marin, puis sortir l'«Hydronaute» d'un gouffre où il s'était enlisé.
Navy Lieutenant Greg Winters (Alan Hale) is found guilty by a court-martial for pausing briefly to prepare to rescue survivors of the Alatania, a torpedoed ship, rather than attacking immediately the submarine responsible. As a result, he is sidelined for the rest of World War I.
Captain Turner (John Bentley) and his crew patrol the Pacific for enemy ships. An expert on Japanese naval ships, Turner is assigned to gather reconnaissance information. As his crew grows restless for battle, the captain must convince the men their mission will ultimately lead to defeating the enemy.
L'US Navy retrouve le « Nautilus » en parfait état dans une faille de l'Océan Atlantique. Son commandant, le capitaine Nemo, est ramené à la vie après avoir été maintenu en animation suspendue grâce au gel marin. Le gouvernement américain remet en état le sous-marin et l'équipe de nouvelles technologies afin que le célèbre capitaine affronte un savant fou, le professeur Cunningham, qui menace Washington avec un missile en échange d'un milliard de dollars. Nemo pourra continuer sa quête de la cité d'Atlantis après cette mission.