Alors que le Déluge est imminent, les animaux du monde se regroupent dans l'arche de Noé. Dave et son fils Finny sont des nestrians, des créatures colorées, qui parviennent à prendre place à bord de ce bateau. Au moment de la grande inondation, Finny et Leah (une Grymps, créature sombre et solitaire), sont éjectés et se retrouvent livrés à eux-mêmes. Alors qu'ils essayent de survivre et de trouver un moyen de regagner l'arche, Dave et Hazel, la mère de Leah, partent à la recherche de leurs enfants.
La légion romaine a été humiliée une fois de plus par les irréductibles Gaulois. C'en est trop pour le grand César qui charge l'infâme Tumulus, son plus fidèle conseiller, de capturer Panoramix et de l'envoyer par delà les mers, loin à l'ouest, pour qu'il tombe dans le vide. En effet, ils pensent alors la Terre plate. Pendant ce temps, Panoramix a des soucis : à cause d'une bagarre due au poisson pas frais d'Ordralfabétix, presque toute la potion magique qu'il avait préparée s'est répandue par terre. Il doit donc aller cueillir les plantes nécessaires pour en refaire, et charge Astérix et Obélix d'aller pêcher du poisson frais, autre ingrédient indispensable. Seulement Tumulus, déguisé en druide gaulois, et ses sbires le capturent, l'emmènent à bord d'une galère romaine et partent en direction du bout du monde. Astérix et Obélix les aperçoivent et se lancent à leur poursuite.
Sur une île, deux groupes d'otaries se font face et sont en perpétuelle guerre. D'un côté, les Capulet (représentés par des lions de mer de Steller) et de l'autre, les Montagu (représentés par des otaries de Californie). Après le début d'un nouvel affrontement, le Prince, un éléphant de mer régnant sur l'île, ordonne l'arrêt des combats. Celui-ci prévient que tout fauteur de trouble sera exilé sur l'île du requin.
Rowf, un labrador, et Snitter, un fox-terrier à poil lisse, vivent dans un laboratoire d'expérimentations scientifiques, l'ARSE, situé dans le Lake District, au nord-ouest de l'Angleterre. Une nuit, ils découvrent un moyen de s'évader du laboratoire afin d'échapper aux expériences cruelles qu'ils y subissent. Peu après, une rumeur se répand selon laquelle les deux animaux pourraient être porteurs du virus de la peste. Pris en chasse par des militaires et par les médias, les deux chiens, guidés par un renard surnommé « le rusé », tentent de s'échapper vers une vie meilleure.
Au pôle Nord, un petit renne nommé Rudolph voit le jour. Néanmoins, celui-ci a une particularité : il est affublé d'un nez rouge. Cet attribut entraîne la moquerie des autres jeunes rennes. Rudolph rêve de faire partie du traîneau du père Noël mais à cause de son nez rouge, il est refusé dans l'équipage. Il décide de quitter le pôle Nord. Au même moment, Stormella, la reine des Glaces, projette de faire échouer la distribution de cadeaux.
Ne voyant pas son papa revenir de voyage, Petit Pied, accompagné de ses fidèles amis, Céra, Becky, Pétri et pointu décident de partir tous ensemble à sa recherche mais seront confrontés a un dent tranchante a corne redoutable…
Sur la planète X, le peuple des souris est en danger : les chats gangsters, foulant aux pieds les anciens accords entre chats et souris, s'apprêtent à massacrer entièrement les souris. Au dernier moment, alors que les chefs des souris en sont venus à envisager de quitter la planète, un espion souris est envoyé en secret afin de découvrir les plans d'une machine qui pourrait sauver toutes les souris. Mais l'espion a fort à faire face aux chats gangsters et aux rats bandits qu'ils ont envoyés contre lui.
Au royaume des animaux, Renard le goupil a pour habitude de berner son prochain. Les doléances se multiplient auprès du roi Noble le lion, qui décide de le faire arrêter.
C'est le printemps. Les fleurs, les insectes et une famille de corbeaux dansent ensemble pour fêter l'arrivée du printemps. Après une brève tornade, les criquets, les grenouilles et les araignées se regroupent pour entamer la Danse des heures composée par Amilcare Ponchielli (cette mélodie sera utilisée aussi onze ans plus tard dans Fantasia).
C'est l'automne. Les écureuils entassent des noisettes et des graines, les corbeaux les leurs volent. Les castors construisent un barrage. Les canards migrent alors que les premières neiges commencent à tomber.
C’est l’hiver. Un loup hurle dans le vent, une famille d’ours se réveille durant sa longue nuit d’hibernation pour manger. Près d’une mare, une biche se joint à des oiseaux pour une danse. Les écureuils sortent des troncs des arbres, les moufettes et les ratons laveurs, les ours et les élans les rejoignent. Arrive ensuite la cérémonie du jour de la marmotte.
Une boutique de porcelaine ferme pour la nuit. Les objets se mettent alors à bouger. Un couple de danseur d'une horloge danse la valse mais ils sont perturbés par un satyre. Ce dernier prend la belle en otage et l'enferme dans une vitrine. Le héros et le satyre luttent se lançant des assiettes qu'ils réduisent en morceaux. Une fois le satyre vaincu, le calme revient.
La cour de la ferme s'agite et prend vie sur plusieurs airs de musique classique. Le coq fait ainsi une sérénade à une poule, rejoint par d'autres animaux. Tous s'associent à l'arrivée du fermier et de la fermière qui viennent leur donner à manger.