Roi de Thessalie, Jason part à la recherche de la toison d'or. Après avoir affronté une tempête, le navire des Argonautes accoste sur une petite île gardée par un monstre sanguinaire. Pendant ce temps, tout le monde convoite le trône de Thessalie ...
Hercule, fils de Zeus, refuse de prendre le chemin de la sagesse et de la vertu que lui conseille son père. Il préfère s'aventurer sur les terres de Lydie, célèbre contrée habitée par les plus belles femmes du monde. En observant la princesse Omphale, fille de Néméa, et ses servantes sur une plage, Hercule assiste à la noyade de cette dernière et la sauve aussitôt. Tombé amoureux d’elle, il désire l’épouser mais elle est insensible à ses charmes car elle est secrètement amoureuse d'Inor, le fils du chef des montagnards rebelles.
Jupiter apparaît dans les cieux sur son char. Il est rejoint par Hermès, qui court sans cesse, Il fait ensuite apparaitre les huit Muses, qui chantent et dansent. Il s'énerve, car son tonnerre, qu'il brandit volontiers, ne marche plus. Celui-ci devient incontrôlable et finit par exploser.
Le bon roi des Mycènes est assassiné par son propre neveu qui convoite le pouvoir. Par la suite, Eurysthée récupère le maquis et avertit Hercule des événements qui ensanglantent son pays Pour pouvoir régner, le neveu du défunt roi fait épouser sa cousine Ate à l'un de ses complices...
Mégare, la femme de Hercule est tuée par le roi d’Ecalia. Hercule, furieux se rend seul aux portes de la cité pour se venger. Mais le roi est déjà mort et Déjanire, sa fille lui succède.
Tout semble paisible au royaume des Dieux. Zeus, satisfait du travail effectué par son fils, coule aujourd’hui des jours heureux… Bien entendu, cela ne dure pas et quatre Divinités lui volent ses sept éclairs magiques, rompant ainsi l’équilibre de l’univers. Blessé par une telle félonie, Zeus décide d’avoir recours une nouvelle fois à Hercule pour retrouver les précieuses reliques, rétablir l’ordre et repousser le mal.
Les femmes de Thèbes sont désespérées : Quand leurs maris vont-ils rentrer de la guerre contre la Béotie ? Bien qu'Alcmène semble plus optimiste que les autres habitants, elle est aussi plus chagrinée : elle prie Jupiter de mettre fin rapidement à la guerre. Mais le dieu dort profondément et n'entend pas d'abord l'appel à l'aide, il est réveillé par le bruit des patins de Mercure. Alors que Mercure rejette les gens, Jupiter prend soin d'Alcmène. Il aimerait apparaître dans sa divinité, estimant qu'il tient son épouse Junon sous sa coupe. Il prétend devoir aller à Thèbes pour soigner en cure un mal de dos alors qu'elle lui fait remarquer que les meilleurs médecins se trouvent à Sparte. Par ailleurs, il demande à Mercure de l'accompagner, ce qui le surprend.
Le film montre les douze travaux d'Hercule sous forme de personnages de papier découpé inspirés par le théâtre de marionnettes. Les personnages sont dessinés en noir et blanc dans des graphismes inspirés par la céramique grecque antique.
Le roi de Crète, Hypérion (Mickey Rourke), sert les desseins maléfiques de ses ancêtres les Titans, les ennemis de toujours des dieux de l'Olympe. Ses armées sèment la désolation en Grèce et sont à la recherche du légendaire Arc d’Épire, une arme au pouvoir considérable. Le possesseur de l'arme serait capable de libérer les Titans du Tartare où les dieux les ont emprisonnés jadis. Hypérion est déterminé à trouver l'arc et à libérer les Titans pour renverser les dieux de l'Olympe.
Dans la Grèce antique, Cadmus, roi de Crète, s'autoproclame dieu. Crios, le plus agile et intelligent des Titans, est délégué pour faire justice et, en contrepartie, doit obtenir la libération de ses frères emprisonnés dans les Enfers. Capturé par l'armée de Cadmus, Crios gagne sa clémence après avoir vaincu l'imposant noir Rator lors de leur combat que le roi et son épouse Hermione avaient organisé pour leur bon plaisir. Mais Crios refuse de mettre à mort Rator comme le roi le lui ordonne. De nouveau emprisonné, Crios tombe amoureux d'Antiope, fille de Cadmus, qu'il aperçoit depuis son cachot au moment où celle-ci est bannie par son père. Après avoir été délivré, et grâce au casque de Pluton qui rend invisible et qu'il a dérobé, Crios délivre Antiope en tuant sa terrible gardienne, la Gorgone Méduse. Alors qu'il est sur le point d'être capturé par les soldats de Cadmus, ses frères Titans, qui ont été libérés, viennent à son secours en semant la panique chez les soldats. Pour célébrer sa victoire à Thèbes, Cadmus va inaugurer des statues érigées à sa gloire et donner un spectacle dans l'arène en y faisant déchiqueter Rator par une roue hérissée de lames. Mais les Titans surgissent des statues à l'intérieur desquelles ils s'étaient glissés, livrent bataille aux soldats et délivrent Rator. Cependant, ils vont devoir encore affronter les gardes maléfiques du roi rendus invulnérables par le sang du dragon jusqu'à ce que Crios annihile leur pouvoir en les purifiant grâce à l'inondation des Enfers. Crios précipite Cadmus au plus profond des Enfers en le foudroyant avec le dernier éclair qui lui restait, sauve Antiope de la noyade et anéantit l'armée grâce à la révolte des Thébains qu'il a provoquée.
Après avoir affronté le lion de Némée qui terrorisait la région, Hercule s'embarque avec Jason à la recherche de la Toison d'or pour permettre à ce dernier de reconquérir le trône de Thessalie.