Durant la nuit de Noël, une mystérieuse étoile noire fait son apparition dans le ciel de la petite ville de Calvary. Chacun se demande si elle est annonciatrice du Jugement dernier. Tout porte à le croire : tremblements de terre et autres catastrophes naturelles commencent à ravager la planète...
Une comète doit très prochainement passer près de la Terre. Les calculs savants des scientifiques indiquent que l'astéroïde ne devrait pas entrer en collision avec la planète bleue. Elle ne fera que la frôler, causant quelques interférences magnétiques. Mais un astrophysicien, le Dr James Mayfield, chargé d'étudier ces perturbations, en vient à penser que la comète pourrait tout de même s'écraser sur la Terre. C'est alors qu'un fragment se détache et tombe sur l'Alaska...
Le Méga Shark revient mais il va devoir faire face à un crocodile géant : le Crocosaurus. Attaquant beaucoup d'humains, les deux monstres se battent en duel. L'amiral Calvin et l'agent Hutchinson décident alors d'envoyer le lieutenant Terry McKormick et le chasseur Nigel Putman mettre un terme aux attaques des deux monstres.