Alors qu'il revient en Californie sur l'appel de son père, Don Diego Vega constate que la dictature et l'injustice sont monnaies courantes dans le pays et il décide de prendre les armes sous le nom de « Zorro ».
1825, six mois après l'adoption de la nouvelle constitution, la jeune république mexicaine doit faire face à l'instabilité interne dû à des traîtres et des pilleurs. Le gouvernement a besoin de l'or de la mine de San Mendolito, la mine la plus riche du Mexique, pour asseoir son pouvoir face aux puissances étrangères.
Dans une vieille ville de Californie espagnole, au XIX siècle, un cavalier du nom de Zorro se bat contre le gouverneur pour défendre les pauvres et les opprimés. Zorro apparaît rapidement comme l'éclair avec un certain humour. Il sort toujours vainqueur de ses combats avec ses adversaires et laisse sa marque : un « Z » signé à la pointe de l'épée.
Au début du XIX siècle, de retour d'Espagne où il faisait ses études, Don Diego de la Vega découvre que Los Angeles est tyrannisée par le commandant de la garnison de cette petite ville de la Californie espagnole. Le jeune noble décide alors de combattre ces abus de pouvoir et prend les armes sous le nom de Zorro (renard en espagnol).
Don César est un jeune homme très doué tant à l'épée qu'au fouet. Alors qu'il est en Espagne pour parfaire son éducation, il tombe amoureux de la belle Dolores en même temps que Don Sebastian, officier de la Reine. L'archiduc d'Autriche, Paul, soutient Don César dans son approche amoureuse mais alors qu'il se moque de Don Sebastian, ce dernier le tue et maquille le meurtre en faisant accuser Don César.
Californie, 1840. Le vicomte de Texmelucan organise une fête pour recevoir son fils de retour de ses études d'escrime en Italie. Mais le jeune homme s'avère être un lâche fuyant à la moindre occasion. Alors qu'il fuyait un duel, il sauve une sorcière. Pour le remercier, celle-ci lui donne une pommade qui le rend invincible pendant une heure. Le jeune Tin aura seulement trois chances pour sauver son père des injustices du gouverneur Marcelo.
En 1821, l'armée mexicaine est sur le point de libérer Mexico du colonialisme espagnol. Vers Las Californias, le cruel gouverneur espagnol Don Rafael Montero est sur le point d'être renversé. Dans un dernier effort pour capturer son ennemi juré, l'épéiste masqué Zorro (Anthony Hopkins), Montero prépare l'exécution de trois innocents. Avec l'assistance de deux frères orphelins, Joaquin et Alejandro Murrieta, Zorro libère les prisonniers. Il récompense les frères Murrieta en leur donnant un médaillon lui appartenant et s'échappe sur son cheval, Tornado, après avoir marqué d'un Z le cou de Montero avec son épée.
Au XIX siècle, dans le Nuevo Aragon, Diego, un jeune noble apparemment inoffensif, s'oppose au colonel Huerta, tyran local, en devenant Zorro, un héros masqué encourageant les pauvres paysans à la révolte.
The De La Vega's are a wealthy and prestigious family known throughout the territory. When the youngest son of Don Alejandro de La Vega (Monteczuma), Diego(Rodolfo de Anda), returns from his 4 year stay in Spain, he finds him hometown oppressed by the corrupt military forces. The farmers are being run out of their homes and their land is being used as military camps and/or sold off to pay for military supplies and wages, along with taking the poor villagers and using them as slaves.
Le territoire est sous dictature militaire. Les fermiers voient leurs biens saisis et les villageois sont utilisés comme esclaves. Zorro est le seul à oser s'opposer à l'armée et il a juré de restaurer l'ordre et de libérer les opprimés. Cependant, pour la plupart, Zorro est un mythe.
Dans la Californie des années 1930, le scélérat J. A. Marsden vise à prendre le contrôle de la compagnie de chemin de fer California-Yucatan Railroad avec l'aide de son homme de main El Lobo. Les véritables propriétaires, Joyce et Phillip Andrews, s'y opposent naturellement. Leur associé, Don Manuel Vega appelle son neveu, James Vega, pour les aider car celui-ci est le petit-fils du Zorro original, Don Diego de la Vega. Il est cependant désappointé de découvrir que son neveu est inutile, trop intéressé par son apparence et ses vêtements.
Un homme retourne chez lui après s'être battu durant la Guerre Civile et découvre que la région est contrôlée par des politiciens corrompus qui terrorisent les citoyens. Il revêt le costume de son ancêtre, le célèbre Zorro, et décide de ramener la justice.
Le Capitaine Esteban règne en maître sur le pauvre peuple n'hésitant pas à utiliser la torture. Don Diego de la Vega, révolté, décide de faire revivre la légende de son père : El Zorro. Aidé de son serviteur muet Paco, il s'oppose au Capitaine mais alors qu'il fuyait les soldats, il se foule la cheville. Dépité et ne sachant plus quoi faire, l'arrivée de son frère jumeau Bunny lui permet de trouver une solution. Bunny, très efféminé, accepte de le remplacer sous quelques conditions, en commençant par la couleur du costume, qui sera dorénavant pourpre.
1889, Idaho.
Dan Hammond, propriétaire d'une compagnie de diligences et citoyen influent du conseil, est secrètement opposé à ce que l'Idaho devienne un État — car la protection du gouvernement détruirait l'organisation qu'il a construite — et organise des raids contre des citoyens et des colons tout en cachant son identité de chef des bandits. Le marshal de la ville est sans pouvoir pour agir hors de sa juridiction passé les limites de la ville. Randolph Meredith, le propriétaire du journal de la ville, sous l'identité du Black Whip, s'oppose aux bandits mais finit par se faire tuer après avoir empêché une autre attaque. La sœur de Meredith, Barbara, experte dans le maniement du fouet et du pistolet, endosse le costume et le masque noir de Randolph et devient "The Black Whip" à la place de son frère. Elle est aidée par Vic Gordon, un agent du gouvernement des États-Unis sous couverture se faisant passer pour un ingénieur géomètre des chemins de fer.
Barnett, le propriétaire d'un saloon, a découvert la présence d'or sur les terres de la réserve indienne. Souhaitant se les approprier, il engage une bande de malfrats et, avec l'aide de Tosco, un indien renégat, ils lancent une série d'attaques pour faire accuser les indiens. Leur but est de créer des tensions entre les colons blancs et les indiens pour pousser ceux-ci à fuir leurs terres. Mais Jerry Randall, le propriétaire d'un ranch, s'oppose à Barnett en utilisant l'identité masquée d'un héros de légende indienne, El Latigo.