L’envoyé du gouverneur, représentant de la cour d’Espagne, escorté par des soldats, se rend dans la province Mexicaine la « plus pauvre » des colonies pour enquêter, se doutant que l’alcade de la région détourne une partie des fonds. Mais le groupe tombe dans une embuscade et tous les hommes sont massacrés. Les bandits font croire que l'attaque a été perpétrée par Zorro.
Gladys rend visite à son père Alvarro en prison. Bien décidée à le sortir de là, elle se lance à la recherche d'une pierre précieuse, une grande émeraude. Mais alors qu'elle récupère la carte permettant de retrouver la pierre, elle est attaquée par un aventurier sans scrupule et ses hommes, des mercenaires pas très futés. Mais Zorro s'interpose et la sauve. Voulant l'aider et stopper l'aventurier, il va jusqu'à se rendre en plein territoire des Comanches, lieu où se trouve la pierre.
Le territoire est sous dictature militaire. Les fermiers voient leurs biens saisis et les villageois sont utilisés comme esclaves. Zorro est le seul à oser s'opposer à l'armée et il a juré de restaurer l'ordre et de libérer les opprimés. Cependant, pour la plupart, Zorro est un mythe.
Le Docteur Kracken, un scientifique fou, cherche le secret de la vie éternelle. Il découvre un squelette animé parlant qui s'avère être la sorcière déjà aperçue dans le film précédent. Kracken l'aide à ranimer son monstrueux fils et cherche un moyen pour lui rendre son corps. Pour leurs expériences, ils envoient le monstre enlever de jeunes femmes.
Luis et son compagnon de voyage Pascual arrivent dans un village où se déroule l'exécution publique de Tomás García. Celui-ci est pendu pour meurtre. Alors que son corps est laissé exposé pour servir d'exemple, il est volé durant la nuit par sa mère. Sorcière, elle utilise la magie pour ressusciter son fils. Revenu sous une apparence monstrueuse et contrôlé par sa mère, le zombie s'attaque à tous ceux qui ont participé à sa mort. Les victimes sont retrouvées étranglées par un foulard ou une corde de pendaison.
Le Zorro écarlate doit affronter trois mystères : une diligence qui disparaît, la mort de propriétaires terriens et un peuple terrifié par le maléfique El Látigo.