Six mois après la mort de Superman après avoir vaincu Doomsday, quatre nouvelles versions du héros apparaissent: Superboy, Steel, Cyborg, Superman et Eradicator. Chacun d'entre eux est différent dans sa personnalité et son style de combat du crime par rapport à Superman, laissant le monde entier se demander lequel est le vrai Superman. Lois Lane, encore sous le choc de la mort de Clark, décide de mener une enquête. Lex Luthor tient une conférence de presse présentant Superboy comme le véritable Superman, sponsorisé et financé par LexCorp. Lois assiste à la conférence avec Steel et se faufile dans l'un des laboratoires de LexCorp. Là, Lois apprend du scientifique Dabney Donovan que Superboy est un clone de Superman. Soudainement, la conférence est attaquée par l'éradicateur, qui cherche à "éradiquer" Luthor. Superboy et plus tard Steel tentent de l'arrêter, mais sont vaincus jusqu'à l'arrivée à temps de Cyborg Superman, qui se bat et chasse Eradicator. Beaucoup le voient comme le vrai Superman, provoquant la colère de Luthor. Lois écrit un exposé révélant que Superboy est un clone et demande si tous les Supermen sont des faux. Cela conduit à une rencontre entre elle et Cyborg Superman, lui disant qu'elle sait qu'il n'est pas le Superman qu'elle a connu et aimé.
Doomsday, monstre provenant de l'espace, atterrit sur Terre à bord d'une météorite. Écrasant la totalité de la Ligue des Justiciers avec une déconcertante facilité, Superman se voit devenir le seul être capable de venir à bout de la créature. Seul son courage et sa détermination viendront à bout de la créature extraterrestre, y compris le sacrifice si cela s'avère être la seule solution possible.
La Ligue de justice d'Amérique est contrainte de faire appel aux services spécifiques de John Constantine et de ses camarades spécialistes de l'occultisme pour contrer une importante menace d'invasion.
Alimenté par sa foi restaurée en l’humanité et inspiré par le sacrifice de Superman, Batman constate l'arrivée d'éclaireurs extraterrestres — appelés "Paradémons" et attirés par la peur de leurs victimes — et comprend que l'attaque majeure prophétisée par Lex Luthor (dans le film Batman v Superman : L'Aube de la justice) est imminente, or Superman est mort et ne peut plus protéger l'humanité. Conscient de ses propres limites, il contacte Diana Prince/Wonder Woman et tente de former avec elle une ligue de super-héros. Il part retrouver Arthur Curry, dit Aquaman, qui habite à Atlantis, tandis que Diana va approcher Victor Stone, footballeur devenu à moitié machine après un accident et capable d'influer sur les technologies, mais les deux hommes refusent de les aider. Barry Allen, jeune homme doté de super-vitesse, accepte avec enthousiasme l'offre de Bruce Wayne.
Enfant, Bruce Wayne fuit l'enterrement de ses parents (un flash-back montre leur assassinat par un inconnu), puis tombe dans la caverne où une nuée de chauve-souris lui inspire son identité de héros. Des années plus tard, alors que Superman affronte le général Zod (événements vus dans le film Man of Steel) à Métropolis, Bruce tente de sauver des gens dans un bâtiment de Wayne Enterprises sans y parvenir complètement. Héros en activité depuis près de 20 ans à Gotham City sous l'identité de Batman, Wayne est persuadé que l'être surpuissant sera un jour la perte de l'Humanité et qu'il convient de se préparer à l'éliminer.
Batman doit faire face au plus grand défi de sa vie : les vacances ! Le chevalier noir accepte à contre-coeur de laisser Batgirl et Nightwing l'emmener pour un repos longtemps repoussé loin de la lutte contre le crime, laissant Gotham City sous la protection de Superman et de la Ligue des Justiciers. Rien ne se déroule comme prévu lorsque les vacances de Batman sont écourtées par des dangers provenant de son passé et des envahisseurs du centre de la Terre. Superman et les autres membres de la Ligue des Justiciers réalisent très vite la quantité de travail qu'a Batman dans sa lutte quotidienne contre le crime à Gotham.
Le crime se fait rare depuis que la récente Ligue des Justiciers veille sur Metropolis. Cela rend le génie du crime Lex Luthor très en colère. Avec Black Manta, Sinestro et une bande de recrues sans pitié, Lex crée sa propre ligue et l'appelle la « Légion Maudite ».
Dans l'océan Atlantique, le sous-marin USS California capte les menaces humaines qui s'approchent du sous-marin par le sonar. Le sous-marin est attaqué et tout l'équipage est tué par les ennemis. Au S.T.A.R. Labs Le quartier général de la Ligue de Justice, Cyborg, qui a récemment reçu des améliorations environnementales dans une opération qui a remplacé son poumon restant, reçoit des nouvelles du colonel Steve Trevor, le lien pour la Ligue de Justice depuis l'invasion de Darkseid.
Dans un univers alternatif non spécifié, la Ligue de justice est une force brutale qui maintient l'ordre sur Terre. Les membres de cette ligue sont Batman (Dr Kirk Langstrom), Wonder Woman (Bekka) et Superman (Hernan Guerra, fils du général Zod). Le manque de responsabilité de la Ligue de justice est contesté par les gouvernements du monde suite à la mort suspecte de trois scientifiques de renom: Victor Fries, qui a été vidé de son sang dans l'Arctique; Ray Palmer, qui a été coupé en deux avec une arme tranchante; et Silas Stone, qui a été brûlé vif par l'énergie de la vision thermique avec son jeune fils Victor Stone. Quand la suspicion tombe sur la Ligue de justice, la présidente Amanda Waller demande qu'ils coopèrent avec l'enquête du gouvernement. Wonder Woman parle à Steve Trevor pour apprendre ce que le gouvernement sait pendant que Superman invite Lois Lane au Quartier Général de la Ligue de justice, où il lui parle de ses objectifs pour aider l'humanité et lui révèle à quel point il connaît peu Krypton ou son héritage.
Batman a rejoint la Ligue des Justiciers qui vient de se former afin de garder un œil sur Superman, une méfiance accentuée par le mauvais (mais bien intentionné) clone de Superman Bizarro et sa création de La Ligue Bizarro, mais une menace encore plus grande oblige les deux ligues à unir leurs forces.
Une série d'enlèvements étranges a lieu à Gotham City et les quelques preuves indiquent que le coupable serait Batman, le justicier est encore vu comme un mythe. Hal Jordan, sous son identité de Green Lantern, intervient lors de l'enlèvement d'une femme et découvre que le vrai coupable est un Paradémon. Batman arrive alors que Green Lantern est en difficulté et ensemble, ils parviennent à tenir tête au démon jusqu'à l'arrivée de la police, qui permet à la bête de fuir dans les égouts. Les deux héros voient alors le démon installer une boîte avant de se faire exploser. Le dispositif étant d'origine extraterrestre inconnue, Batman et Lantern décident de partir pour Metropolis et de demander l'avis de Superman. Au même moment, Flash (Barry Allen) confie une boîte similaire au Dr Silas Stone de S.T.A.R. Labs qui, fasciné, se consacre à l'étude de l'objet, délaissant le match de football de son fils Victor.
Emmet, une personne ordinaire vivant à Bricksburg, est pris par erreur pour le « Spécial » (ou l'« Élu »), c'est-à-dire celui qui peut sauver l'univers face à Lord Business, un tyran maléfique qui se cache sous l'identité du Président Business et qui veut détruire l'univers Lego avec le « Kragle », une machine permettant de coller toutes les figurines Lego. Malgré lui, Emmet va devoir se battre contre cette menace, avec l'aide d'un vieux mystique, Vitruvius, d'une jeune femme robuste, Cool Tag (Wyldstyle en version originale, Rebelle en version québécoise), et du fiancé de cette dernière, Batman.
De nos jours, Lex Luthor et sa Légion du Destin tentent d'utiliser les rayons cryogéniques des satellites orbitaux pour étendre les calottes polaires de la Terre dans l'océan Arctique, provoquant une chute massive du niveau de la mer et créant de nouvelles îles. Superman et la Ligue de Justice affrontent la Légion, divisant leurs forces pour combattre la Légion et détruire les satellites. Dans la bataille spatiale qui a suivi, Robin a délibérément écrasé son vaisseau spatial dans la rangée de satellites. Refusant d'accepter la défaite, le Capitaine Cold surchargera le satellite restant, qui retombe sur Terre et ensevelit Luthor dans une calotte glaciaire peu avant l'explosion du satellite. La Ligue est triomphante et croit que Luthor est mort.
Clark Kent, élevé dans une ferme du Kansas, s'interroge sans cesse sur sa différence. Il apprend qu'il est né sur Krypton, un monde lointain aujourd'hui disparu dont les ultimes représentants tentent de conquérir la Terre au mépris de la civilisation humaine. Clark va devoir prendre de difficiles décisions pour devenir le symbole d'espoir pour toute l'humanité…