Superman, le héros de Metropolis, doit affronter un cyborg organique assoiffé de pouvoir : Brainiac. En effet, ce dernier absorbe l'intelligence et la connaissance d'un peuple avant d'en exterminer la civilisation, en prenant soin de garder un échantillon d'une ville et ses habitants comme trophée. Avec l'aide de Supergirl, Superman va tout tenter pour détruire Brainiac et l’empêcher de détruire la Terre.
En visitant la tombe de sa mère, Barry Allen mieux connu sous le nom de Flash, est alerté par le capitaine Cold, le capitaine Boomerang, Heat Wave, Mirror Master et Top au Flash Museum. En battant les vilains, il découvre qu'ils ont été embauchés par son ennemi juré, le Professeur Eobard Zoom Thawne, dans le cadre d'un plan visant à détruire Central City. Avec l'aide de la Justice League, Barry déjoue le complot de Thawne, mais les railleries de Thawne sur la mort de sa mère continuent de hanter Barry alors qu'il part.
À Gotham City, une cérémonie est organisée en l'honneur de Bruce Wayne qui remporte le prix de l'homme de l'année. La fête tourne au chaos lorsque le Joker fait une entrée fracassante sur la scène accompagné de sa horde de psychopathes dont le Sphinx, le Pingouin, Double-Face et Catwoman. De ce fait, Batman passe à l'action pour tenter de coincer ses invités surprise mais l'un d'eux parvient à s'échapper.
On a cold winter night, a figure resembling Superman flies into Metropolis and causes panic by leveling a skyscraper. Meanwhile, at the Daily Planet building, Clark Kent and Lois Lane are arguing over her suspicions of Clark being Superman when the imposter is seen outside their window. With Lois distracted, Clark rushes out of the office and changes into Superman to confront the imposter.
L'intrigue se passe dans un futur proche, où Batman n'est plus qu'un souvenir pour ceux qui ont connu sa croisade contre le crime et un mythe pour les plus jeunes.
L'histoire commence quand le gang du Royal Flush tente de cambrioler une banque. La ligue arrive et à la suite d'une échauffourée, les met hors d'état de nuire. Chacun des membres rentre alors chez lui, y compris Batman. Or, une fois la Batmobile garée et que Batman soit monté au manoir, le Maître des Miroirs (Mirrors master en VO) sort du rétroviseur de la Batmobile et en profite pour pirater le bat-ordinateur, où Batman a stocké toutes les données relatives à la ligue, à savoir toutes les faiblesses et les points forts de ses coéquipiers. Dans le même temps, on apprend que Vandal Savage avait en fait tout planifié et qu'il en a profité pour convoquer chaque super-criminel, ennemi intime des membres de la ligue : Ma'alefa'ak pour Martian Manhunter, Bane pour Batman, Cheetah pour Wonder Woman, Metallo pour Superman, le Maître des Miroirs pour Flash et Star Sapphire pour Green Lantern. Ainsi, les membres de la ligue se retrouvent menacés par leurs ennemis jurés, baptisés la légion du destin par Vandal Savage. Batman, aidé par un nouveau venu, Cyborg, va alors tout tenter pour déjouer les pièges tendus par la légion du destin alors que c'est lui-même qui l'a créée.
Clark Kent and Lois Lane exit the Daily Planet building with Lois asking Clark why he always runs to the bathroom whenever a big story breaks. He explains to her that his bladder goes out of control whenever he gets nervous. Suddenly, a giant robot appears from out of nowhere and attacks Metropolis. Clark quickly disappears into a nearby phone booth and changes into Superman to combat the robotic threat. After a brief battle, Superman throws the robot into the air, only to see armies of dozens of robots flying in the sky.
Alimenté par la haine et la jalousie, Lex Luthor monte un complot élaboré ayant pour but de tuer l'homme d'acier. Luthor parvient à atteindre son objectif en empoisonnant Superman par rayonnement solaire, celui-ci meurt alors petit à petit. Avec les quelques semaines qui lui reste à vivre, il réalise les rêves de sa vie, en particulier révéler sa véritable identité à Lois Lane, jusqu'à ce que Luthor révèle son plan ultime pour contrôler le monde sans qu'il n'y ait de héros pour l’arrêter. Ses forces l'abandonnant, Superman s'engage dans une bataille mortelle contre Luthor, bataille pouvant mettre fin au plus grand protecteur de la Terre.
Dans un univers parallèle, Lex Luthor et le Joker (nommé "Jester") sont des héros. Après avoir dérobé un élément technologique dans un des repères secrets du Syndicat du Crime, une version maléfique de la Ligue des Justiciers d'Amérique, ils tentent de s'échapper mais Jester doit se sacrifier en emportant avec lui les doubles maléfiques de J'onn J'onzz et de Hawkgirl. Lex Luthor se retrouve alors seul pour affronter le reste du Syndicat du Crime mais parvient à se téléporter vers l'univers de la Ligue des Justiciers d'Amérique.
Lex Luthor vaincu, un nouveau défi attend nos deux héros. Batman trouve une jeune Kryptonienne qui s'écrase à bord de son vaisseau dans la baie de Gotham City. Superman et lui l'aideront à trouver sa place sur sa nouvelle planète d'adoption : la Terre. Mais c'est sans compter sur les efforts redoutables de Darkseid pour s'approprier ce jeune talent.
Superman fait la connaissance de Billy Batson, un jeune garçon courageux et généreux. D’apparence ordinaire, ce dernier va découvrir qu’il a été choisi par un sorcier pour être le « protecteur » du monde. Dès lors, en invoquant le nom du magicien Shazam, Billy devient le Captain Marvel, un super-héros à la force Herculéenne. Poursuivi par Black Adam, un être maléfique aux pouvoirs incommensurables, Captain Marvel et Superman devront s’allier pour lutter contre cette menace….
Lex Luthor est le nouveau président des États-Unis. Superman et Batman sont les deux seuls héros à s'opposer au bien-fondé d'une telle présidence. Alors qu'une météorite issue de Krypton fonce sur la Terre, un combat s'engage entre nos deux héros et les autres super-héros désormais aux ordres de Lex Luthor.
À la fin des années 1950, le maccarthisme a forcé la plupart des super-héros de la Société de Justice d'Amérique à prendre leur retraite. De leur côté, Superman et Wonder Woman travaillent pour le gouvernement alors que Batman continue malgré tout d’œuvrer dans l'illégalité. Mais les temps changent, et tandis que de nouveaux héros sont traqués comme les anciens (Flash, Green Arrow, …) et que d'autres sont encore incertains (Hal Jordan, Martian Manhunter), un danger millénaire menace l'humanité. L'Amérique va devoir faire face à ses démons…