Le crime se fait rare depuis que la récente Ligue des Justiciers veille sur Metropolis. Cela rend le génie du crime Lex Luthor très en colère. Avec Black Manta, Sinestro et une bande de recrues sans pitié, Lex crée sa propre ligue et l'appelle la « Légion Maudite ».
Dans un univers parallèle, Lex Luthor et le Joker (nommé "Jester") sont des héros. Après avoir dérobé un élément technologique dans un des repères secrets du Syndicat du Crime, une version maléfique de la Ligue des Justiciers d'Amérique, ils tentent de s'échapper mais Jester doit se sacrifier en emportant avec lui les doubles maléfiques de J'onn J'onzz et de Hawkgirl. Lex Luthor se retrouve alors seul pour affronter le reste du Syndicat du Crime mais parvient à se téléporter vers l'univers de la Ligue des Justiciers d'Amérique.
Dans un univers alternatif non spécifié, la Ligue de justice est une force brutale qui maintient l'ordre sur Terre. Les membres de cette ligue sont Batman (Dr Kirk Langstrom), Wonder Woman (Bekka) et Superman (Hernan Guerra, fils du général Zod). Le manque de responsabilité de la Ligue de justice est contesté par les gouvernements du monde suite à la mort suspecte de trois scientifiques de renom: Victor Fries, qui a été vidé de son sang dans l'Arctique; Ray Palmer, qui a été coupé en deux avec une arme tranchante; et Silas Stone, qui a été brûlé vif par l'énergie de la vision thermique avec son jeune fils Victor Stone. Quand la suspicion tombe sur la Ligue de justice, la présidente Amanda Waller demande qu'ils coopèrent avec l'enquête du gouvernement. Wonder Woman parle à Steve Trevor pour apprendre ce que le gouvernement sait pendant que Superman invite Lois Lane au Quartier Général de la Ligue de justice, où il lui parle de ses objectifs pour aider l'humanité et lui révèle à quel point il connaît peu Krypton ou son héritage.
L'histoire commence quand le gang du Royal Flush tente de cambrioler une banque. La ligue arrive et à la suite d'une échauffourée, les met hors d'état de nuire. Chacun des membres rentre alors chez lui, y compris Batman. Or, une fois la Batmobile garée et que Batman soit monté au manoir, le Maître des Miroirs (Mirrors master en VO) sort du rétroviseur de la Batmobile et en profite pour pirater le bat-ordinateur, où Batman a stocké toutes les données relatives à la ligue, à savoir toutes les faiblesses et les points forts de ses coéquipiers. Dans le même temps, on apprend que Vandal Savage avait en fait tout planifié et qu'il en a profité pour convoquer chaque super-criminel, ennemi intime des membres de la ligue : Ma'alefa'ak pour Martian Manhunter, Bane pour Batman, Cheetah pour Wonder Woman, Metallo pour Superman, le Maître des Miroirs pour Flash et Star Sapphire pour Green Lantern. Ainsi, les membres de la ligue se retrouvent menacés par leurs ennemis jurés, baptisés la légion du destin par Vandal Savage. Batman, aidé par un nouveau venu, Cyborg, va alors tout tenter pour déjouer les pièges tendus par la légion du destin alors que c'est lui-même qui l'a créée.
Une série d'enlèvements étranges a lieu à Gotham City et les quelques preuves indiquent que le coupable serait Batman, le justicier est encore vu comme un mythe. Hal Jordan, sous son identité de Green Lantern, intervient lors de l'enlèvement d'une femme et découvre que le vrai coupable est un Paradémon. Batman arrive alors que Green Lantern est en difficulté et ensemble, ils parviennent à tenir tête au démon jusqu'à l'arrivée de la police, qui permet à la bête de fuir dans les égouts. Les deux héros voient alors le démon installer une boîte avant de se faire exploser. Le dispositif étant d'origine extraterrestre inconnue, Batman et Lantern décident de partir pour Metropolis et de demander l'avis de Superman. Au même moment, Flash (Barry Allen) confie une boîte similaire au Dr Silas Stone de S.T.A.R. Labs qui, fasciné, se consacre à l'étude de l'objet, délaissant le match de football de son fils Victor.
En visitant la tombe de sa mère, Barry Allen mieux connu sous le nom de Flash, est alerté par le capitaine Cold, le capitaine Boomerang, Heat Wave, Mirror Master et Top au Flash Museum. En battant les vilains, il découvre qu'ils ont été embauchés par son ennemi juré, le Professeur Eobard Zoom Thawne, dans le cadre d'un plan visant à détruire Central City. Avec l'aide de la Justice League, Barry déjoue le complot de Thawne, mais les railleries de Thawne sur la mort de sa mère continuent de hanter Barry alors qu'il part.
Dans l'océan Atlantique, le sous-marin USS California capte les menaces humaines qui s'approchent du sous-marin par le sonar. Le sous-marin est attaqué et tout l'équipage est tué par les ennemis. Au S.T.A.R. Labs Le quartier général de la Ligue de Justice, Cyborg, qui a récemment reçu des améliorations environnementales dans une opération qui a remplacé son poumon restant, reçoit des nouvelles du colonel Steve Trevor, le lien pour la Ligue de Justice depuis l'invasion de Darkseid.
À la fin des années 1950, le maccarthisme a forcé la plupart des super-héros de la Société de Justice d'Amérique à prendre leur retraite. De leur côté, Superman et Wonder Woman travaillent pour le gouvernement alors que Batman continue malgré tout d’œuvrer dans l'illégalité. Mais les temps changent, et tandis que de nouveaux héros sont traqués comme les anciens (Flash, Green Arrow, …) et que d'autres sont encore incertains (Hal Jordan, Martian Manhunter), un danger millénaire menace l'humanité. L'Amérique va devoir faire face à ses démons…
Doomsday, monstre provenant de l'espace, atterrit sur Terre à bord d'une météorite. Écrasant la totalité de la Ligue des Justiciers avec une déconcertante facilité, Superman se voit devenir le seul être capable de venir à bout de la créature. Seul son courage et sa détermination viendront à bout de la créature extraterrestre, y compris le sacrifice si cela s'avère être la seule solution possible.
Six mois après la mort de Superman après avoir vaincu Doomsday, quatre nouvelles versions du héros apparaissent: Superboy, Steel, Cyborg, Superman et Eradicator. Chacun d'entre eux est différent dans sa personnalité et son style de combat du crime par rapport à Superman, laissant le monde entier se demander lequel est le vrai Superman. Lois Lane, encore sous le choc de la mort de Clark, décide de mener une enquête. Lex Luthor tient une conférence de presse présentant Superboy comme le véritable Superman, sponsorisé et financé par LexCorp. Lois assiste à la conférence avec Steel et se faufile dans l'un des laboratoires de LexCorp. Là, Lois apprend du scientifique Dabney Donovan que Superboy est un clone de Superman. Soudainement, la conférence est attaquée par l'éradicateur, qui cherche à "éradiquer" Luthor. Superboy et plus tard Steel tentent de l'arrêter, mais sont vaincus jusqu'à l'arrivée à temps de Cyborg Superman, qui se bat et chasse Eradicator. Beaucoup le voient comme le vrai Superman, provoquant la colère de Luthor. Lois écrit un exposé révélant que Superboy est un clone et demande si tous les Supermen sont des faux. Cela conduit à une rencontre entre elle et Cyborg Superman, lui disant qu'elle sait qu'il n'est pas le Superman qu'elle a connu et aimé.
À Gotham City, une cérémonie est organisée en l'honneur de Bruce Wayne qui remporte le prix de l'homme de l'année. La fête tourne au chaos lorsque le Joker fait une entrée fracassante sur la scène accompagné de sa horde de psychopathes dont le Sphinx, le Pingouin, Double-Face et Catwoman. De ce fait, Batman passe à l'action pour tenter de coincer ses invités surprise mais l'un d'eux parvient à s'échapper.
Batman doit faire face au plus grand défi de sa vie : les vacances ! Le chevalier noir accepte à contre-coeur de laisser Batgirl et Nightwing l'emmener pour un repos longtemps repoussé loin de la lutte contre le crime, laissant Gotham City sous la protection de Superman et de la Ligue des Justiciers. Rien ne se déroule comme prévu lorsque les vacances de Batman sont écourtées par des dangers provenant de son passé et des envahisseurs du centre de la Terre. Superman et les autres membres de la Ligue des Justiciers réalisent très vite la quantité de travail qu'a Batman dans sa lutte quotidienne contre le crime à Gotham.
Batman a rejoint la Ligue des Justiciers qui vient de se former afin de garder un œil sur Superman, une méfiance accentuée par le mauvais (mais bien intentionné) clone de Superman Bizarro et sa création de La Ligue Bizarro, mais une menace encore plus grande oblige les deux ligues à unir leurs forces.
De nos jours, Lex Luthor et sa Légion du Destin tentent d'utiliser les rayons cryogéniques des satellites orbitaux pour étendre les calottes polaires de la Terre dans l'océan Arctique, provoquant une chute massive du niveau de la mer et créant de nouvelles îles. Superman et la Ligue de Justice affrontent la Légion, divisant leurs forces pour combattre la Légion et détruire les satellites. Dans la bataille spatiale qui a suivi, Robin a délibérément écrasé son vaisseau spatial dans la rangée de satellites. Refusant d'accepter la défaite, le Capitaine Cold surchargera le satellite restant, qui retombe sur Terre et ensevelit Luthor dans une calotte glaciaire peu avant l'explosion du satellite. La Ligue est triomphante et croit que Luthor est mort.
C'est la fin de l'année scolaire à Looniversité du Pays Acme et les Tiny Toons partent en vacances d'été. Buster et Babs se livrent à une bataille de pistolet à eau qui dégénère lorsqu'ils provoquent des inondations dans toute la ville. Ayant trouvé refuge sur un radeau à la dérive, ils parcourent une rivière en compagnie du chien Byron et ne tardent pas à vivre de multiples aventures. Pendant ce temps, Plucky et la famille d'Hamton se rendent au parc d'attractions Happy World Land pour y passer de bons moments, mais le voyage en voiture s'avère plus tumultueux que prévu. L'été est également riche en rebondissements pour les protagonistes restés au Pays Acme : Shirley La Loon accepte d'aller au cinéma avec l'inénarrable Foulmouth, dont la grossiereté lui apporte des ennuis. Fifi la mouffette est en peine d'obtenir un autographe de son idole Johnny Pew. Quant à la terrible Elmyra, elle sème la panique dans une réserve zoologique naturelle, à la recherche d'un nouvel animal de compagnie.