J. Jonah Jameson renvoie Peter Parker du Daily Bugle parce qu'il n'a pas pris de photos de Spider-Man, tandis que Robbie Robertson et Betty Brant s'envoient en l'air sur la photocopieuse à propos d'une affaire de harcèlement sexuel.
Min Lo Chan, un diplomate chinois et ancien ami de Jonah Jameson pendant la seconde guerre, doit prouver qu'il n'est pas un traître à sa nation et demande l'aide de son ancien ami pour prouver ses dires. Mais un industriel américain M. Zeider complote car l'homme pourrait compromettre ses projets en Asie. Il envoie ses hommes de main pour enlever sa fille Emily et faire pression sur le politicien. Peter n'aura d'autre choix que de prendre son identité secrète de Spider-Man pour les affronter. Une aventure qui le conduira jusqu'à Hong Kong...
L'histoire commence quand le gang du Royal Flush tente de cambrioler une banque. La ligue arrive et à la suite d'une échauffourée, les met hors d'état de nuire. Chacun des membres rentre alors chez lui, y compris Batman. Or, une fois la Batmobile garée et que Batman soit monté au manoir, le Maître des Miroirs (Mirrors master en VO) sort du rétroviseur de la Batmobile et en profite pour pirater le bat-ordinateur, où Batman a stocké toutes les données relatives à la ligue, à savoir toutes les faiblesses et les points forts de ses coéquipiers. Dans le même temps, on apprend que Vandal Savage avait en fait tout planifié et qu'il en a profité pour convoquer chaque super-criminel, ennemi intime des membres de la ligue : Ma'alefa'ak pour Martian Manhunter, Bane pour Batman, Cheetah pour Wonder Woman, Metallo pour Superman, le Maître des Miroirs pour Flash et Star Sapphire pour Green Lantern. Ainsi, les membres de la ligue se retrouvent menacés par leurs ennemis jurés, baptisés la légion du destin par Vandal Savage. Batman, aidé par un nouveau venu, Cyborg, va alors tout tenter pour déjouer les pièges tendus par la légion du destin alors que c'est lui-même qui l'a créée.
Doomsday, monstre provenant de l'espace, atterrit sur Terre à bord d'une météorite. Écrasant la totalité de la Ligue des Justiciers avec une déconcertante facilité, Superman se voit devenir le seul être capable de venir à bout de la créature. Seul son courage et sa détermination viendront à bout de la créature extraterrestre, y compris le sacrifice si cela s'avère être la seule solution possible.
Batman, Batgirl et Robin forment une alliance avec les Tortues Ninja pour affronter Shredder qui s'est apparemment joint à Ra's al Ghul et sa Ligue des Assassins, afin de pouvoir prendre le contrôle de la ville.
Lors d'une expédition archéologique au Siam conduite par John Malcolm, le sorcier Shazam transforme Billy Batson en Capitaine Marvel, afin qu'il enraye la malédiction du Scorpion frappant tour à tour les membres de cette expédition...
Captain America combat les forces du Scarabée, un individu qui commet des sabotages et des meurtres. Le criminel a volé une invention capable de détruire les immeubles en utilisant les ondes sonores.
Alors qu'il combat Gorilla Grodd, Batman est pris dans sa machine temporelle et est envoyé au Japon féodal. Il y est chassé par des samouraïs au service du Joker. En s'échappant, il rencontre Catwoman, elle aussi prise dans le temps depuis deux ans, qui lui apprend que les criminels de Gotham sont tous là et sont devenus des Seigneurs féodaux après avoir abusé le daimyō. Batman et Catwoman doivent donc intervenir pour empêcher les vilains de ré-écrire l'histoire.
Pour leur travail de journalistes, Clark Kent et Lois Lane se rendent à Silsby pour assister au forage du plus profond puits de pétrole au monde. Mais le foret atteint une zone souterraine inconnue où vivent des êtres de petite taille qui restent cachés, attendant la nuit pour sortir. Les habitants de Silsby, menés par Luke Benson, vont s'en prendre à ces créatures, pourtant inoffensives.
Le démon Balzaroth envoie son émissaire, la sorcière Morgan LeFay affronter le maître des sortilèges Lindmer en plein New York. Le vieil homme qui devient de plus en plus faible est à la recherche d'un nouveau héros. Son disciple Wong l'a trouvé en la personne du jeune docteur Stephen Strange. Après un premier affrontement triomphant pour Morgan, il devient de plus en plus urgent que Strange prenne la relève mais il ne veut rien avoir à faire avec le magicien. Morgan recherche Strange pour le tuer mais le médecin trouve refuge dans le manoir magique en attendant le combat. Lindmer l'initie à la magie et l'occultisme afin d'affronter Balzaroth.
Le scientifique Alec Holland et son assistante Alice Cable, viennent d'inventer une cellule végétale qui permet d'éradiquer la famine dans le monde. Mais un jour, Arcane, l'ennemi d'Holland, kidnappe Alice et verse les cellules végétales sur Holland. Celui-ci se transforme en une créature repoussante qui a soif de vengeance.
Après la mort de sa femme et de ses filles, Frank Castle veut tuer tous les mafieux de la ville, dont Gianni Franco. Mais le fils de celui-ci est enlevé par un gang japonais, et le Punisher se voit contraint de faire équipe avec lui pour libérer l'enfant à condition qu'il l'achève après.
Alors que Bruce Wayne et Selina Kyle (et leurs alter égo, Batman et Catwoman) entament une relation amoureuse, un nouvel ennemi apparait; un ennemi qui a manipulé des criminels aussi puissants que Bane, Poison Ivy, L'Épouvantail, Gueule d'argile, Harley Quinn ou encore le Joker; un ennemi qui a découvert la véritable identité de Batman et tous ses secrets; un ennemi qui a un plan pour détruire le justicier, ses proches et ses alliés définitivement: Silence...