Cinq ans ont passé depuis le départ de Superman à la recherche de survivants de Krypton. À son retour sur Terre, revenu à Metropolis, il découvre que Lois Lane est désormais mère de famille et que Lex Luthor, libéré de prison, a dérobé un cristal kryptonien et prépare un nouveau plan machiavélique pour détruire le monde…
Spider-Man : New Generation présente Miles Morales, un adolescent vivant à Brooklyn, et révèle les possibilités illimitées du Spider-Verse, un univers où plus d’un peut porter le masque…
À la suite des événements de Captain America : Civil War (2016) et avant ceux de Avengers: Infinity War (2018), Natasha Romanoff se retrouve seule et contrainte à affronter son passé.
Le jeune Bruce Wayne assiste impuissant au meurtre de ses parents. Profondément traumatisé, il grandit obnubilé par un désir de vengeance et voyage aux quatre coins du monde pour étudier la criminologie et les arts martiaux. La Ligue des ombres, une secte de guerriers ninja dirigée par Ra's al Ghul, se chargera de son entraînement physique. De retour chez lui à Gotham City, le jeune homme se charge de la gestion de Wayne Enterprises dont il est l'héritier. Opérant depuis le sous-sol du manoir familial avec l'aide de son majordome Alfred Pennyworth, Bruce Wayne se lance alors dans la lutte contre le crime sous le nom de Batman.
Wolverine est un super-héros disposant d'une férocité accrue, de griffes rétractiles et du pouvoir de régénération. Après avoir intégré le programme militaire Weapon X, Wolverine est transformé en arme vivante par une opération lui injectant de l’adamantium liquide (un alliage ultra-résistant) dans le corps. Il ne va avoir alors de de cesse de retrouver les responsables de la mort de Kayla, la femme qu’il a aimée.
Dans les comics, le chef d'HYDRA est le baron Wolfgang Von Strucker, rôle qui revient dans le film à Crâne rouge. Le réalisateur Joe Johnston avait d'abord envisagé que le groupe des Envahisseurs fasse une apparition dans la seconde moitié du film, ainsi que les membres des Vengeurs, mais a finalement renoncé à cette idée. L'équipe de soldats qui accompagne Captain America durant la seconde partie est celle des Howling Commandos qui, dans les comics, est commandée par Nick Fury durant le conflit mondial. L'un des membres britanniques du commando est nommé James Falsworth, qui était dans les comics le nom d'Union Jack, l'un des membres des Envahisseurs. Les Vengeurs n'apparaissent pas dans le film proprement dit, mais dans un teaser d'Avengers, qui suit le générique de fin. Le Tesseract est inspiré du Cube cosmique, un élément récurrent dans l'univers des comics Marvel.
Le jeune Billy Batson se voit doter de pouvoirs par un sorcier nommé Shazam. En disant le mot « SHAZAM », dont chaque lettre lui confère les capacités et pouvoirs de plusieurs héros et figures mythologiques (la sagesse de Salomon, la force d'Hercule, l'endurance d'Atlas, la puissance de Zeus, le courage d'Achille et la vitesse de Mercure), il devient le super-héros capable de protéger Fawcett City.
En 1944, dans un camp de concentration nazi en Pologne, le docteur Schmidt découvre les aptitudes d'un jeune enfant juif capturé, Erik Lensherr. Celui-ci a montré une capacité à contrôler les champs magnétiques, lui permettant de manipuler le métal, en déformant un portail pour libérer sa mère. Afin de le forcer à utiliser ses pouvoirs sur une pièce de monnaie, Schmidt tue la mère d'Erik sous ses yeux, provoquant la colère de l'enfant et la destruction de tous les objets métalliques de la pièce. Dans la même période, dans un manoir du comté de Westchester, le jeune télépathe Charles Xavier fait la rencontre de Raven dans sa cuisine ; loin de chasser la métamorphe qui s'est introduite par effraction en prenant l'apparence de sa mère, il lui propose de l'héberger et de l'aider.
Stanley Ipkiss est un banal employé de banque. Il voue une passion aux cartoons de Tex Avery. Un soir, il trouve un masque ancien doté de pouvoirs surnaturels révélant et exagérant la personnalité de son possesseur. Chaque fois qu'il le porte, il devient The Mask, personnage loufoque, sûr de lui et plein de ressources qui défraie la chronique.
En 490 av. J.-C., au cours de la bataille de Marathon, le roi perse Darius Ier est mortellement blessé par le général athénien Thémistocle sous les yeux de son fils Xerxès. De retour en Perse, le commandant de sa flotte la reine Artémise I le convainc de se venger des Grecs et en fait un dieu-roi. Dix ans plus tard, il envahit la Grèce. Alors que Léonidas et ses 300 Spartiates arrêtent Xerxès aux Thermopyles, les Athéniens, Thémistocle à leur tête, combattent sur mer au cap Artémision. Quelques jours plus tard les flottes s'affrontent lors de la grande bataille de Salamine qui se déroule peu avant celle de Platées. Les Grecs gagnent la bataille.
Double-Face affronte Batman à Gotham City tandis que le docteur Chase Meridian s'intéresse au profil psychologique du Chevalier Noir. Un nouveau personnage va alors faire son apparition, l'Homme-Mystère. Toutefois, Batman pourra bientôt compter sur un nouvel allié pour affronter les deux supers-vilains...
Reed Richards, un savant, son ami Benjamin Grimm, son ex Susan Storm (une spécialiste en génétique) et le frère pilote de cette dernière (Johnny Storm) partent dans l'espace, avec leur sponsor Victor Von Fatalis, afin d'étudier les effets d'un nuage cosmique que Richards suspecte d'être la cause de l'évolution des organismes vivants. Alors que Fatalis fait à Suzanne une demande en mariage, la perturbation arrive plus tôt que prévu. Grimm, à l'extérieur, est le plus exposé, tandis que Fatalis, qui tente de s'isoler et d'abandonner les autres, est moins touché.
Alors que deux mondes voisins sont sur le point d'être engloutis par un trou noir, deux familles envoient chacune leur bébé dans une capsule de sauvetage vers la Terre. Les capsules s'entrechoquent au moment de l'atterrissage et au lieu de finir au sein d'un manoir où le futur Metroman s'échoue, la capsule de Megamind atterrit dans une prison de haute sécurité où il est élevé par les détenus. Arrivé à l'âge scolaire, Megamind intègre une école où son futur rival fait déjà montre de ses pouvoirs et de son narcissisme. Ses tentatives pour s'intégrer échouent à cause de sa maladresse et du charisme de Metroman qui lui vaut toute l'admiration. Renvoyé en prison après avoir mis le feu accidentellement à l'école, Megamind décide de suivre une voie criminelle, ce qui lui vaut d'affronter régulièrement son rival de toujours et de toujours perdre.
Parvenant toujours à sauver Gotham City des attaques des super-vilains, Batman est devenu arrogant pour mieux cacher sa profonde solitude. Vexé, le Joker se laisse enfermer à l’asile d'Arkham. Mais Batman comme Barbara Gordon, la nouvelle commissaire de la ville, soupçonnent un plan caché. Le Joker cherche à rejoindre la zone fantôme pour s'allier avec les pires méchants. Batman en cherchant bien faire qui l'y envoie avec l'aide de Robin. Le Joker parvient à s'échapper de la zone fantôme à la tête d'une armée des pires méchants. Batman devra travailler en équipe pour sauver Gotham.