Une nuit de l'année 1897, alors que l'inventeur Mr Flaversham célèbre l'anniversaire de sa fille Olivia, une horrible créature proche de la chauve-souris interrompt la fête et kidnappe l'inventeur. Terrorisée, Olivia part chercher de l'aide auprès du célèbre détective Basil. Elle rencontre sur le chemin de Baker Street le Docteur David Q. Dawson, médecin militaire de retour d'Afghanistan. Après avoir entendu son récit, Basil ne semble pas très intéressé jusqu'au moment où il comprend que l'auteur de l'enlèvement ne peut être que Fidget, la chauve-souris, stupide mais fidèle serviteur, du professeur Ratigan. Ce dernier est un rat cruel et démoniaque, régnant sur les bas quartiers de Londres et qui n'a pour but que de renverser la Reine des Souris au Palais de Buckingham. Basil décide alors de mener l'enquête contre son ennemi de toujours pour sauver Mr Flaversham.
Sherlock Holmes enquête sur une affaire de chantage, mêlant le prince héritier de Bohême, une princesse scandinave et une talentueuse chanteuse d'opéra...
L'histoire débute sur une parodie de la nouvelle La Ligue des rouquins d'Arthur Conan Doyle. Les références aux nouvelles de Sherlock Holmes sont abondantes. Dr John Watson a rendu Sherlock Holmes célèbre par ses récits et pour rendre la chose encore plus crédible a engagé un cabotin alcoolique de belle prestance pour l'incarner, partageant avec lui l'appartement du 221B Baker Street. Mais le véritable génial enquêteur, c'est lui, Watson, guidant pas à pas le faux Holmes qui commet bévue sur bévue, plus préoccupé de whisky, de jeu et de jolies femmes que d'apprendre son rôle. Seuls Mrs Hudson et les gamins des rues connaissent la supercherie. Voilà qu'Holmes est chargé de résoudre une affaire mettant en cause la couronne : la fabrication de fausse monnaie. À sa tête : Moriarty. Watson, sur le point de mettre la main sur les malfrats, tombe dans la Tamise et semble s'y noyer. Le faux Holmes est désespéré et reprend les recherches à son compte, non sans difficultés, avec l'aide de Mrs Hudson et d'un gamin. Ô joie, Watson est vivant, Moriarty porté disparu, ses complices sont arrêtés, Watson attendri et Holmes, fier et sobre, rentrent chez eux, en vrais amis.