En 1854, l'empire du Japon et l'Amérique signent un traité historique. L'empereur doit sceller ce pacte par la remise du grand Sabre de Bushido. Le commandant Yamato et son armée se révoltent et s'emparent du sabre qu'ils défendront jusqu'à la mort. Le Shogun envoie le Prince Ito pour récupérer l'épée volée, et laver l'honneur de l'empire.
Zatôichi retourne dans son village natal, avec sa femme pour y mener une vie paisible. Seulement voilà, Zatôichi sera bientôt forcé de reprendre le sabre…
Alors qu'une base militaire américaine est infectée par des créatures d'apparence humaine, peu de temps avant la guerre du Viêt Nam, une organisation gouvernementale secrète envoie Saya une demi vampire pour les éliminer. Elle prend l'identité d'une écolière et entre dans le collège de la base, afin de mener sa mission à bien.
Un père donne à son fils adoptif une épée que la famille se transmet de génération en génération. Son fils naturel est révolté de voir l'épée familiale entre les mains de son demi-frère. Tous deux maitres en arts martiaux, ils se disputent l'épée ancestrale.
Au Japon, au XVII siècle. Quatre samouraïs poursuivent le prince Kenshin qui s'est révolté contre son père. Arrêté et emprisonné, Kenshin saisit un sceptre. De nos jours, à New York, la journaliste April O'Neil, est venu offrir à ses amis Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo et Splinter le même sceptre qu'elle a trouvé chez un antiquaire. Alors qu'elle en lit l'inscription, elle disparaît et Kenshin apparaît à sa place. Les quatre tortues Ninja reviennent au XVII siècle pour délivrer April et aider la princesse Mitsu à résister à l'invasion des troupes du roi Norinaga. Elles seront aidées par un jeune pirate, Whit Whitley, l'ancêtre de Casey Jones…
Un agent secret, surnommé le Samourai Noir est chargé d’enquêter sur les activités d'un trafiquant de drogue, et décide d'éliminer le truand lorsque celui-ci fait enlever son amie.
Dans un monde dominé par les samouraïs, des êtres androïdes, les "méchas", sèment la terreur en commettant de terribles massacres. Afin de contrer ce bain de sang, un scientifique fou crée l'arme absolue : un cyborg ninja virtuellement indestructible. Sexy et invincible, elle massacrera tout ce qui tente de menacer l'Humanité. La boucherie peut commencer !