En 1854, l'empire du Japon et l'Amérique signent un traité historique. L'empereur doit sceller ce pacte par la remise du grand Sabre de Bushido. Le commandant Yamato et son armée se révoltent et s'emparent du sabre qu'ils défendront jusqu'à la mort. Le Shogun envoie le Prince Ito pour récupérer l'épée volée, et laver l'honneur de l'empire.
Au milieu du 19ème Siècle, sur les cols enneigés de l'Île de Sado, le samouraï Magobei, après plusieurs années d'absence, rentre chez lui, malgré le traumatisme engendré par un massacre perpétré par son clan, quelques années plus tôt. Alors qu'il s'apprêtait à ranger son sabre, renonçant ainsi à son statut de samouraï, il apprend qu'une nouvelle tuerie se prépare. Il décide alors, cette fois, de s'opposer à son propre clan...
Se faisant passer pour un officier de l'armée impériale en portant une "crinière de lion rouge", un pauvre serviteur retourne dans son village après 10 ans d'absence pour mettre fin aux souffrances du village causées par des fonctionnaires et des hommes d'affaires corrompus.
Ogami Itto, toujours accompagné de son fils Daigoro, âgé de trois ans, dans une poussette, est engagé pour tuer un traître à son clan qui veut vendre les secrets d'une teinture et qui est protégé par les redoutables frères Hidari. Mais il doit aussi faire face à Sayaka, une ninja qui dirige un groupe de femmes assassins travaillant pour le clan Yagyu.
Ogami Itto est engagé pour tuer Oyuki, une femme assassin tatouée. Pendant ce temps, son fils Daigoro, âgé de trois ans, se perd. Après avoir passé des jours à chercher son père, il est retrouvé par Genbei, le fils en disgrâce de Yagyu Retsudo, l'ennemi juré d'Ogami Itto.
Ogami Itto, toujours accompagné de son fils Daigoro, âgé de trois ans, dans une poussette, rencontre un rōnin nommé Kanbei, contre qui il refuse de se battre en duel, avant de sauver une jeune fille destinée à la prostitution, ce qui lui vaut des ennuis avec le clan yakuza local dont il gagne finalement le respect. Itto est ensuite chargé par les yakuza d'assassiner un magistrat envers lequel ils ont une vengeance à accomplir et qui est protégé par deux habiles gardes du corps, une fine lame et un as de la gâchette, secondés par une nuée de sous-fifres. La poussette de Daigoro va révéler tous ses secrets à l'occasion du combat contre les hommes du magistrat.
Gonza a une vie de rêve : adulé de tous, aimé par les femmes, il a même gagné le droit de diriger une prestigieuse cérémonie pour son seigneur à la place de son rival. Cependant, un coup du destin met fin à sa chance...
The story of the Forty-seven Ronin has been depicted in many ways, with each version focusing the emphasis on different parts of the story—the rivalry of Lords Asano and Kira, Asano's assault on Kira, Asano's sentence of seppuku immediately afterward, and the revenge attack 21 months later against Kira by the Forty-seven Loyal Retainers. Oishi Kuranosuke, Asano's chamberlain and the head of the 47 samurai, is often the primary character, and his actions are often held up as the epitome of bushido, the honor code of the samurai.
Ogami Itto doit affronter cinq adversaires qui détiennent tous un indice sur la mission qu'il doit accomplir ainsi qu'un cinquième de ses gages. Après les avoir tous vaincus, Itto découvre qu'il doit tuer une jeune fille élevée comme un garçon pour succéder à un daimyō pendant que le véritable héritier est emprisonné. Pendant ce temps, Daigoro, le jeune fils d'Itto, est une nouvelle fois séparé de son père.
Ogami Itto, accompagné de son fils Daigoro, doit faire face une dernière fois à son ennemi juré, Yagyu Retsudo, qui lance contre lui les derniers membres de son clan : des pratiquants de la magie noire ; Kaori, une experte du couteau ; et Hyouei, son fils illégitime.
Un agent secret, surnommé le Samourai Noir est chargé d’enquêter sur les activités d'un trafiquant de drogue, et décide d'éliminer le truand lorsque celui-ci fait enlever son amie.