L'histoire raconte l'histoire d'un groupe de samouraïs qui se sont retrouvés sans chef (devenus ronin) après que leur daimyo (seigneur féodal) ait été forcé de commettre un seppuku (suicide rituel) pour avoir agressé un fonctionnaire de la cour nommé Kira Yoshinaka, dont le titre était Kōzuke no suke. Les ronin ont vengé l'honneur de leur maître après avoir patiemment attendu et planifié pendant plus d'un an pour tuer Kira. À leur tour, les ronin ont eux-mêmes été contraints de commettre un seppuku pour avoir commis le crime de meurtre.
Japon, 1863. Hachirō Kiyokawa bien que roturier est un redoutable bretteur, violent et connu pour sa proximité avec les nationalistes qui souhaitent le retour au pouvoir de l'empereur Kōmei au détriment du shogun Tokugawa. Aussi lorsque Hachirō Kiyokawa est relaxé du meurtre d'un policier et que le ministre du shogun lui confie la tâche de lever une milice (le Rōshi gumi) pour combattre les troubles à Kyoto, la cité impériale, au nom du shogun, amis comme ennemis s'interrogent sur les motivations de ce samouraï retors...
Near the end of the nineteenth century, as the balance of power shifts from Shogunate towards the Emperor, Japan restlessly awaits the dawning of a new age. But not all are content...
Ogami Itto est l'ancien bourreau du shogun désormais tombé en disgrâce à l'instigation du clan Yagyu et devenu rōnin. Il parcourt le pays avec son fils Daigoro, âgé de trois ans, dans une poussette.
Une mère privée de sa famille, humiliée, violée puis emprisonnée donne naissance à une fille durant sa captivité, Yuki. Cette dernière sera élevée pour devenir un instrument de vengeance redoutable.
Les trois derniers jours de la vie de Ryôma Sakamoto, samouraï et homme politique, partisan de l'empereur qui fut mandaté pour négocier un accord entre les clans Chôshu et Satsuma, afin de faire progresser le Japon vers une politique d'ouverture et d'égalité. Kuroki met en scène ce drame historique avec une modernité étonnante.
Plein de remords après ses précédentes aventures, Zatoichi décide de retourner dans son village natal. Il y retrouve son ancien maître d'armes, Banno, qui - loin de l'image classique du sage sifu émérite - est un fourbe personnage même enclin à extirper de l'argent à ses propres élèves. Zatoichi de son côté s'adonne aux flèches de Cupidon et en pince pour la belle Yayoi pour laquelle il fait même l'impossible promesse de disposer les armes. Malheureusement condamné à errer encore plus d'une vingtaine d'épisodes cinématographiques à venir, il est obligé d'aller à l'encontre de ses bonnes intentions et de se battre contre le frère d'un ennemi assassiné au cours du précédent épisode...
Ichi arrive dans une ville où il est rapidement pris à partie par Tobei, un parrain local qui lui demande de l’aider à combattre le clan rival de Doyama. Ichi trouve sur son chemin un vieil homme mourant qui lui confie la jeune Mitsu, et lui fait promettre de la ramener chez son père. Mitsu appartient à une riche famille de commerçants d’Edo, et bientôt les deux clans yakuzas voient en sa capture le moyen de toucher une confortable rançon. Ichi va devoir se frayer son chemin entre les deux gangs et échapper aux griffes vengeresses d’Hisa, la veuve d’un samouraï qu’Ichi fut amené à tuer en combat.
Zatoichi nous revient plus guilleret que jamais, débutant le film par un tournoi de sumotori qu'il remportera avec beaucoup d'énergie. Mais, rassurez-vous, le pessimisme ambiant ne tardera pas à refaire vite surface. La tête de Ichi est mise à prix par un parrain local. Les yakuzas, alléchés par l'argent, n'hésitent pas à s'en prendre à lui et à périr sous sa lame. Cependant, obligé de tuer un jeune yakuza attiré par la prime, Ichi décide de se rendre au village du défunt afin de présenter ses excuses à la mère de celui-ci ainsi que pour trouver qui a mis sa tête à prix...
Des paysans décident de se révolter contre le seigneur local en kidnappant sa fille, ils souhaitent que leur ras-le-bol se fasse enfin entendre aux yeux de cet homme qui se complait dans sa riche situation sans se poser des questions. La famine n'est pas son problème. Mais un rōnin de passage fait irruption chez les révoltés, Sakon Shiba est simplement porté par sa curiosité. Il ne peut que se joindre à ces hommes méprisés mais faibles face à la force d'un Seigneur. Le rōnin parvient vite à ramener un autre rōnin, d'une condition pauvre au point qu'il préfère coucher en prison. Le trio se complète par le garde du corps du Seigneur, qui comprend que son statut d'homme de sabre l'empêche de se prélasser dans une vie stable et calme. Et pendant les trois hommes unissent leurs forces pour affirmer la parole des paysans, ces derniers restent passifs et effrayés, ils sont enfermés dans la peur de mourir.
Au 14ème siècle, Ashikaga Takauji prend Kyoto avec les forces du nord. Le général Moroano écoute paresseusement une histoire sur le Heike dont il peine à déceler le sens. Jiju-dono, sa dame de compagnie favorite, éveille sont intérêt lorsqu’elle mentionne qu’une femme aussi belle que celle du conte existe. Dès lors, il la veut.
Sayo, condamnée à la prison à vie, pour avoir tué l'assassin de son mari et de son fils, ne vit plus que pour une chose : donner naissance à l'instrument de sa vengeance. Elle décède malheureusement en couches en donnant le jour à une fille, Yuki, qui, suivant sa destinée, deviendra la redoutable Lady Snowblood, aux charmes aussi affûtés que le sabre !