Une mère privée de sa famille, humiliée, violée puis emprisonnée donne naissance à une fille durant sa captivité, Yuki. Cette dernière sera élevée pour devenir un instrument de vengeance redoutable.
Ogami Itto doit affronter cinq adversaires qui détiennent tous un indice sur la mission qu'il doit accomplir ainsi qu'un cinquième de ses gages. Après les avoir tous vaincus, Itto découvre qu'il doit tuer une jeune fille élevée comme un garçon pour succéder à un daimyō pendant que le véritable héritier est emprisonné. Pendant ce temps, Daigoro, le jeune fils d'Itto, est une nouvelle fois séparé de son père.
Ogami Itto est l'ancien bourreau du shogun désormais tombé en disgrâce à l'instigation du clan Yagyu et devenu rōnin. Il parcourt le pays avec son fils Daigoro, âgé de trois ans, dans une poussette.
Ogami Itto, toujours accompagné de son fils Daigoro, âgé de trois ans, dans une poussette, est engagé pour tuer un traître à son clan qui veut vendre les secrets d'une teinture et qui est protégé par les redoutables frères Hidari. Mais il doit aussi faire face à Sayaka, une ninja qui dirige un groupe de femmes assassins travaillant pour le clan Yagyu.
Ogami Itto est engagé pour tuer Oyuki, une femme assassin tatouée. Pendant ce temps, son fils Daigoro, âgé de trois ans, se perd. Après avoir passé des jours à chercher son père, il est retrouvé par Genbei, le fils en disgrâce de Yagyu Retsudo, l'ennemi juré d'Ogami Itto.
Ogami Itto, toujours accompagné de son fils Daigoro, âgé de trois ans, dans une poussette, rencontre un rōnin nommé Kanbei, contre qui il refuse de se battre en duel, avant de sauver une jeune fille destinée à la prostitution, ce qui lui vaut des ennuis avec le clan yakuza local dont il gagne finalement le respect. Itto est ensuite chargé par les yakuza d'assassiner un magistrat envers lequel ils ont une vengeance à accomplir et qui est protégé par deux habiles gardes du corps, une fine lame et un as de la gâchette, secondés par une nuée de sous-fifres. La poussette de Daigoro va révéler tous ses secrets à l'occasion du combat contre les hommes du magistrat.
Au printemps 1871, en Arizona, un ambassadeur japonais accompagné de deux samourais, Kuroda et Namuro, se rend à Washington à bord d'un wagon privé pour remettre au Président des États-Unis, de la part de l'Empereur du Japon, un sabre de samouraï de grande valeur. Dans ce même train voyage une redoutable bande de hors-la-loi, commandée par Link et son second Gotch, qui projettent d'attaquer le wagon postal. Les bandits s'emparent de l'or mais Link et Gotch volent également le sabre, non sans avoir tué Namuro. Gotch, convoitant pour lui seul le chargement d'or, essaye de tuer Link par ses complices. Après le départ des bandits, Kuroda retrouve celui-ci gravement blessé. Il le soigne dans l'espoir qu'il l'aidera à retrouver la bande. Le samouraï est en effet chargé par son ambassadeur de retrouver le sabre sous 7 jours sans quoi il devra se faire hara-kiri. Les deux hommes décident de poursuivre à pied et sans armes à feu les bandits à travers le désert. Link essaye par tous les moyens de perdre Kuroda car celui-ci a juré de tuer Gotch pour venger son compagnon, alors que le hors-la-loi en a besoin pour retrouver le trésor volé. Peu à peu une sorte de respect mutuel commence à naître entre les deux hommes.
Une procession officielle tourne au carnage lorsque les gardes de l'escorte tentent de tuer un jeune garçon d'origine chinoise qui a eu le malheur de se trouver sur leur route. Sa famille, qui vole à son secours, est massacrée mais les agresseurs sont à leur tour décimés par un étrange bretteur manchot, Wang Kang (Jimmy Wang Yu), venu à la rescousse de ses compatriotes. L'enfant arrive à s'enfuir et est recueilli par Zatoichi qui finit par croiser la route de Wang. Mais ils sont poursuivis par les hommes du gouvernement et des yakuzas à leur solde, qui veulent faire disparaître les derniers témoins du drame tout en accusant Wang du massacre. Ce dernier se méfie de tout le monde, y compris de Zatoichi dont il ne comprend pas la langue.
Le Japon entre 1543 et 1562. Kansuke Yamamoto rêve d'un pays unifié et apaisé. Il entre au service du chef de clan Shingen Takeda et devint son général et conseiller, prêt à parvenir à son but par tous les moyens.
Izo Okada, un samouraï sans maître, au rang inférieur au rōnin, cherche désespérément une façon de sortir de ses problèmes financiers. Il s'allie alors au clan Tosa dirigé par le chef sans pitié qu'est Takechi, et s'imagine qu'il est revenu au monde. Mais Takechi fait d'Izo un assassin et une marionnette, et Izo ne s'en rendra compte qu'après avoir touché le fond.
Near the end of the nineteenth century, as the balance of power shifts from Shogunate towards the Emperor, Japan restlessly awaits the dawning of a new age. But not all are content...
Au milieu du 19ème Siècle, sur les cols enneigés de l'Île de Sado, le samouraï Magobei, après plusieurs années d'absence, rentre chez lui, malgré le traumatisme engendré par un massacre perpétré par son clan, quelques années plus tôt. Alors qu'il s'apprêtait à ranger son sabre, renonçant ainsi à son statut de samouraï, il apprend qu'une nouvelle tuerie se prépare. Il décide alors, cette fois, de s'opposer à son propre clan...
Se faisant passer pour un officier de l'armée impériale en portant une "crinière de lion rouge", un pauvre serviteur retourne dans son village après 10 ans d'absence pour mettre fin aux souffrances du village causées par des fonctionnaires et des hommes d'affaires corrompus.
Enfant, O'Kin est gravement blessée et défigurée par le Seigneur Daizen-dayu qui cherche à mettre la main sur un sabre légendaire détenu par la famille de la jeune file. Devenue adulte et épéiste de talent, O'Kin va recroiser la route de Daizen-dayu...