Dans une maison close de Shinagawa où se retrouvent marchands, artisans et samouraïs, un jeune conteur de rakugo qui ne peut pas régler ses dettes est pris en otage par le patron des lieux.
Japon, fin de la période Edo. Le bandit Kunisada Chuji et sa suite, traqués par la police sont en fuite. Au cours de ce long périple, Chuji tombe malade et est trahi par certains de ses partisans.
Japon, automne 1573. Le Château d'Odani du clan Azai est assiégé par l'armée d'Oda Nobunaga. Trois soldats du camp assiégé connaissent des fortunes diverses. Sasa Hayatenosuke ne peut se résoudre à faillir à son devoir malgré les suppliques de Kano, la femme qu'il aime. Hayatenosuke promet de tout faire pour survivre à l'affrontement à venir et confie Kano à Tachibana Jurota un soldat un peu couard qui ne veut pas mourir au combat et tous deux s’enfuient du château la nuit précédent la bataille décisive. Le lendemain l'armée du clan Azai est défaite, Kagami Yakeiji est fait prisonnier mais parvient à tuer son geôlier et à s'enfuir. Sasa Hayatenosuke est quant à lui blessé au combat. Il est recueilli et soigné par Oryo, qui avec son père est à la tête d'une bande de pillards qui dépouille les soldats tués au combat.
Musashi continue de rechercher les combats, sous forme de défis lancés aux champions d'autres écoles rivales. Mais il se rend compte de la violence et de la haine qui sont ainsi engendrées...
Musashi renonce à combattre les jeunes samouraïs désireux de se mesurer à lui pour se faire un nom. Il accepte néanmoins un dernier combat mais avant se retire dans un endroit isolé afin d'y méditer. Il sait que ce combat sera le dernier, et qu'il atteindra l'illumination...
Les Chroniques Martiales du clan des Yagyû, un parchemin primordial pour garder la paix, ont été volé par le maître d'armes du clan Nabeshima poursuivi par Jûbei Yagyû. Tasaburo, ninja Kasumi de l'école Kage, s'interpose mais le maître d'armes est assassiné par Jûbei, et le parchemin est récupéré par la Pincesse Yû du clan Ryûzôji. Celle-ci pense ainsi avoir trouver un moyen de rétablir son clan dissout. Mais Tasaburo doit à tout prix récupérer le parchemin pour son clan qui ne souhaite que respecter la justice du pays...
Ce film raconte l'histoire vraie d'un groupe de samouraïs qui sont devenus rōnin (samouraïs sans chef) après que leur daimyō (seigneur féodal) Asano Naganori ait été contraint de commettre un seppuku (suicide rituel) pour avoir agressé un fonctionnaire de la cour, Kira Yoshinaka, qui l'avait insulté. Après avoir soigneusement préparé leur plan pendant plus d'un an, ils exécutent un assaut audacieux sur le domaine de leur ennemi juré et exigent leur vengeance, sachant qu'ils seraient eux-mêmes forcés de partager le sort de leur Seigneur pour expier leur crime.
Au Japon, Komaki, guerrier exemplaire et poète de grand talent, est doté d'un nez disproportionné, n'ayant d'égal que son grand coeur. Il est fou amoureux d'une jeune femme qui ne voit en lui qu'un ami. Ne désirant que son bonheur, il entreprend alors d'aider un autre à gagner son amour à travers la poésie.
La guerre entre les clans Toyotomi et Tokugawa fait rage. Le sabreur Mohei, dont la famille a été entièrement décimée, est recruté par les Toyotomi pour venir à bout du siège du château d'Osaka. Les talents de casse-cou de Mohei seront mis à rudes épreuves.
Neuf jeunes samouraïs décident de s'attaquer à la corruption dans leur clan. Leur candeur et leur naïveté interpelle un samouraï vagabond, expérimenté mais d'une nature terre-à-terre et cynique. Celui-ci va leur éviter une mort certaine en leur offrant son aide.
Zatoichi est un yakuza aveugle, il exerce la profession de masseur itinérant. Son voyage le mène à Iioka sur l'invitation du parrain Sukegoro. Ce dernier prépare une guerre contre le clan Sasagawa de son rival, le parrain Shigezo. Il espère que Zatoichi va se ranger à ses côtés, car il connait bien les formidables capacités de bretteur du masseur et sait que le clan adverse a engagé un redoutable rōnin du nom de Miki Hirate. Zatoichi cependant n'est pas très enclin à aider Sukegoro qui se montre quelque peu méprisant envers lui, d'autant qu'il fait la connaissance de Miki Hirate et noue avec lui une relation de respect et d'amitié. Les sens aiguisés de Zatoichi lui permettent de déceler que Hirate souffre de tuberculose.
Ichi, appelé pour masser le seigneur du fief Kuroda, est témoin de la folie du maître. Trois samouraïs, à la demande de l'intendant du han, essayent en vain de le faire taire. Ichi se retrouve pourchassé par les hommes de main du parrain Kanbei, commandités par l'intendant du fief pour que ce terrible secret ne puisse être ébruité. Aidé par Osetsu, jeune femme qui lui rappelle étrangement son prime amour Ochiyo, il gagne Lioka dans l'intention de se rendre sur la tombe d'Hiraté au temple de Sasagawa, tenant la promesse de venir lui rendre hommage un an après sa mort...