A bord du navire qui l'emporte vers la région du Mont Fuji, Zatoïchi s'immisce dans une partie de dés. Avec sa ruse habituelle, il dépouille une bande de yakuzas. Sitôt débarqué, ces derniers vont tendre un piège au masseur roublard. L'affrontement tourne court mais blesse accidentellement la fillette d'une artiste ambulante. Embarrassé, Zatoïchi promet à la mère de gagner l'argent nécessaire à l'achat du coûteux remède qui pourra sauver l'enfant de la gangrène. Il est aidé en cela par Tadasu Jumonji, un samouraï errant pour lequel il s'est pris d'amitié au cours de la traversée : car celui-ci est amateur d'échecs, jeu qu'affectionne aussi le masseur. Leur mission accomplie, les deux hommes continuent de cheminer ensemble vers le Mont Fuji, prétextant la moindre halte pour tâter de l'échiquier.
Au cours de ses nombreux périples, Zatoichi croise la route d'un prêtre aveugle, qui va remettre en question la philosophie même du bretteur aveugle et lui reprocher d'avoir donné "le mauvais exemple" à un jeune garçon en ripostant aux railleries d'un groupe de yakuzas par la violence. Les tentatives de rachat se soldent malheureusement par un échec, renvoyant péniblement le masseur à sa malédiction de ne vivre que pour combattre…
Le seigneur de guerre Oda Nobunaga vainc rapidement ses ennemis dans sa quête de pacifier et d'unifier le pays sous son autorité. Il existe cependant une région que lui-même craint : la province d'Iga où vivent les ninja de l'école Iga-ryū, connus pour posséder des armes de guerre extraordinaires, ne pas penser comme des humains et assassiner pour de l'argent. L'un de ses ninjas, Mumon, reconnu comme un assassin exceptionnel et qui n'a pas d'égal au combat, a gagné le surnom de « ninja le plus fort d'Iga ». Il est cependant également paresseux et cherche seulement à gagner de l'argent pour plaire à sa femme, Okuni. Dans le même temps, un ninja nommé Heibee Shimoyama devient désabusé par la manière de vivre de son peuple.
Un samouraï du nom de Daiemon qui détenait le record du nombre de flèches tirées sur une cible en une journée avec 6200 flèches, lors du tournoi annuel qui se déroule au temple Sanjūsangen-dō de Kyoto, est détrôné l'année suivante par Kanzaemon Hoshino qui parvient à toucher 8000 fois la cible. Un panneau au nom de sa famille célébrant l'événement est apposé sur le temple en remplacement de celui de Daiemon, apportant un grand prestige à la famille Hoshino. Lors du concours suivant, Daiemon échoue à retrouver son bien avec « seulement » 7300 flèches ayant touché la cible et se suicide par seppuku.
La prière adressée en début d'épisode par Zatoichi de ne plus avoir à tuer ne semble pas arriver aux oreilles des Dieux, un inconnu confrontant le bretteur en un duel à la vie et à la mort. En suivant le cheval de son adversaire défait, Zatoichi arrive dans un village sous l'emprise d'un gang de yakuzas. Le chef, un habile archer, avait sciemment envoyé un homme lui devant de l'argent pour affronter Zatoichi, sachant qu'il n'allait pas faire le poids face au légendaire bretteur. Blessé par la sœur de l'homme défait, Ichi va se reposer quelque temps auprès d'elle – et finit par confronter le chef de gang, avide de prendre l'entier contrôle des champs du village. En revanche, le bretteur ne saura – une fois de plus – compter que sur sa seule personne pour faire face à l'ennemi, la lâcheté des hommes les empêchant de faire face à la menace.
Des paysans, endettés jusqu'au cou, sont dans l'impossibilité de rembourser le chef yakuza d'une maison de jeu. Ce dernier les fait kidnapper et demande à Zatoïchi de servir d'intermédiaire pour collecter la somme exigée auprès du propriétaire de la maison de jeu rivale. Quand Zato se rend compte qu'il a été manipulé dans une guerre pour le contrôle des tripots, il est trop tard : son commanditaire élimine l'autre, et accroît son pouvoir. Désormais, Zato a deux objectifs : rétablir l'injustice qu'il a contribué à provoquer, et venir en aide à la femme qu'il a involontairement condamnée à la prostitution en tuant son mari lors d'une embuscade…
De passage dans une auberge, Zatoïchi se trouve fortuitement au chevet d'une femme à l'agonie et recueille ses dernières volontés: retrouver le géniteur de son enfant, un nommé Shokichi, artiste peintre au village de Maébara. Arrivé à destination, le masseur découvre bientôt que le père est mêlé contre son gré à un trafic d'œuvres d'art érotiques dirigé par le gouverneur local. Dès lors, deux défis attendent notre justicier aveugle : arracher Shokichi des griffes du clan yakuza à la solde de l'officier corrompu; et convaincre l'espion shogunal Jushiro Akatsuka, dépêché sur place pour étouffer l'affaire, de l'innocence de son protégé.
Zatoïchi est attaqué sur la route par deux brigands qu'il élimine. Puis il se rend dans un village dont le médecin (joué par Takashi Shimura, le chef des Sept Samouraïs) lui propose de masser ses patients ? la clinique. Mais Zatoïchi est ? plusieurs reprises agressé par le frère de l'une de ses deux victimes. Le "vengeur" fait partie d'une bande de criminels fugitifs qui ont trouvé refuge chez le parrain yakuza Matsugoro. Ce dernier accepte de les protéger ? conditions qu'ils l'aident ? se débarrasser de concurrents gênants. D'abord simple observateur, Zatoïchi va progressivement se mêler des affaires de Matsugoro, d'abord en le forçant ? libérer une jeune femme qu'il exploite de force, puis en s'opposant aux fuyards dont le chef, Shizu, n'est autre que le fils du médecin…
Dix années après leur séparation, Ichi rend visite à Hikonoichi, le professeur qui lui apprît l’art du massage. Arrivé en ville, il apprend que ce dernier a été assassiné et que sa fille, Sayo, a été contrainte de se prostituer pour le compte du parrain local, Tatsugoro, afin de payer les dettes de son père. En fait Tatsugoro a trouvé un moyen efficace d’amasser fortune en prêtant de l’argent puis en faisant tuer l’emprunteur, reportant ainsi le remboursement de la dette sur les filles qui vont grossir les rangs des prostituées de ses maisons de passe. Ichi, en fréquentant une maison du jeu du clan yakuza, démasque la tricherie opérée par les croupiers. L’un d’eux, Denroku, est désigné comme bouc émissaire par le parrain avant d’être expulsé du village, devant laisser sa fille Tsuru aux mains du gang.
Enfant, O'Kin est gravement blessée et défigurée par le Seigneur Daizen-dayu qui cherche à mettre la main sur un sabre légendaire détenu par la famille de la jeune file. Devenue adulte et épéiste de talent, O'Kin va recroiser la route de Daizen-dayu...