Po est un jeune panda serveur de restaurant où il travaille sous les ordres de M. Ping, son père adoptif. Il est aussi un fan des arts martiaux et idolâtre les Cinq Cyclones, cinq combattants de Kung Fu qui protègent la vallée de la Paix, où il vit. Son rêve est de devenir un combattant aussi incroyable qu'eux, en dépit de sa carrure : il est faible, obèse et maladroit.
L'histoire démarre dans l'univers de la série de 2003. Lors d'une opération, le Gang des Dragons Pourpres dirigé par Hun est assailli par quatre créatures rappelant les Tortues Ninja. Ces dernières sont capturées, mais la bagarre est filmée par des reporters et diffusée à la télévision.
Un naufragé se retrouve sur une île déserte suffisamment pourvue pour l'accueillir. Il décide cependant de quitter l'endroit, mais en empêché par une grande tortue marine à la carapace rouge. Après avoir tenté de la tuer, le naufragé connaît une aventure merveilleuse et reste vivre sur l'île.
Le très jeune orphelin Mowgli a été découvert dans la jungle par la panthère noire Bagheera. Confié au clan des loups dirigé par Akela, le petit homme a été élevé par la louve Raksha. Quelques années plus tard, une période de sécheresse exceptionnelle oblige les animaux à se retrouver près de l'unique point d'eau, où la trêve de l'eau les empêche d'y attaquer qui que ce soit, jusqu'au retour de la pluie. Là, arrive le redoutable tigre Shere Khan, porteur de cicatrices des hommes, revenu après une longue période de chasse sur un territoire lointain. Considérant Mowgli comme une menace, Shere Khan promet de l'éliminer dès la fin de la trêve. Celle-ci terminée, Mowgli choisit d'abandonner son seul foyer pour éviter le pire à sa famille adoptive et se lance dans un voyage vers le village des hommes, guidé par Bagheera.
1869. Deux jeunes garçons enterrent dans une forêt une malle contenant un mystérieux objet qui semble hanté. Le plus grand des deux espère qu'elle ne sera jamais découverte.
Trois ans ont passé depuis l'attaque de la Légion et le monde est de nouveau tourmenté par des attaques de Gyaos. Les monstres volants réapparaissent en nombre croissant à travers le monde. Ce troisième volet de la série consacrée au monstre géant Gamera voit celui-ci confronté à l'éveil d'Iris, qui revèlera au monde sa véritable nature.
Batman, Batgirl et Robin forment une alliance avec les Tortues Ninja pour affronter Shredder qui s'est apparemment joint à Ra's al Ghul et sa Ligue des Assassins, afin de pouvoir prendre le contrôle de la ville.
Un météore s’écrase au Japon, déversant des centaines de créatures arachnides extraterrestres dans Tokyo. L’armée, impuissante face à un tel phénomène, tente de résister autant que possible à l’envahisseur. Mais alors que la panique s’installe, et que ces créatures semblent vouloir installer leur...
Momo, une petite fille, vit une vie paisible avec ses amis. Mais lorsque d'étranges hommes en gris arrivent en ville et proposent aux habitants de placer leur temps en épargne à la Banque du Temps pour l'utiliser plus tard, une étrange frénésie s'empare de la cité, obsédée par l'idée de ne plus gaspiller la moindre seconde. Pour déjouer les plans des Hommes en gris, qui utilisent le temps des habitants sans jamais le leur rendre, Momo doit partir à la recherche du professeur Secundus Minutus Hora et de la tortue Cassiopée.
Dans l'Amérique profonde des chercheurs d'or, un homme épris d'un sentiment de vengeance part à la recherche des trois criminels qui ont tué ses parents.
Un clan de voleurs silencieux sévit au cœur de New York. En pleine enquête sur ces mystérieux méfaits, la journaliste April O'Neil est sauvée d'une agression par Raphael, l'une des quatre tortues humanoïdes vivant dans les égouts avec Splinter, un rat expert en arts martiaux. Avec l'aide d'April et de Casey Jones, un justicier auto-proclamé aux méthodes douteuses, les tortues Ninja devront affronter le clan d'Oroku Saki alias Shredder, un vieil ennemi de leur maître...
En mer de Béring, une petite île est la proie d’étranges oiseaux carnivores se nourrissant de ses habitants. Lorsque l’un de ces "Gyaos" subit une mutation physique au contact de la matière radioactive, la situation dégénère. Tokyo se retrouve alors la proie de la créature gigantesque qui cherche un nouveau territoire de chasse. Face à cette menace, le gouvernement va devoir se résoudre à s’allier avec le prédateur ancestral de l’oiseau : le Gamera. Mais une alliance est-elle vraiment possible ?
Dans un village de l'Inde britannique, une jeune memsahib anglaise entend par hasard un vieux conteur, Buldeo, parler des dangers de la jungle. Elle lui demande de lui raconter une histoire et il raconte alors celle de Mowgli... Alors que Buldeo était plus jeune, les hommes décident de construire un village dans la jungle, empiétant sur la vie sauvage. Shere Khan, le tigre redouté, revenant sur ses terres de prédilection, rôde autour du village. Pendant ce temps, Mowgli échappe à la surveillance de ses parents pour se perdre dans la jungle. Son père part à sa recherche mais rencontrant Shere Khan, ce dernier le tue. Mowgli est recueilli par les loups qui le protègent du tigre, l’élèvent et lui apprennent le langage des animaux. Quelques années après, Mowgli, adolescent, est trouvé par des habitants du village. Ils se divisent en deux clans quant à leur opinion au sujet de l'avenir de l'enfant sauvage. Certains, dont Buldeo, le considèrent comme un mauvais signe qui risque d'attirer les animaux sauvages dans le village. D'autres préfèrent l’accueillir comme un homme. Messua, la mère de Mowgli, bien qu'elle ne reconnaisse pas son fils, décide de recueillir l'enfant. Bientôt, ce dernier veut faire découvrir la jungle à Mahala, la fille de Buldeo, avec laquelle il avait sympathisé... Mowgli va découvrir peu à peu la cupidité des hommes et devra choisir entre la civilisation et la jungle.