Dans l'étable avoisinante de Jésus de Nazareth, naît Brian Cohen. Les rois mages d'Orient qui suivent l'étoile se trompent et commencent à rendre hommage à Brian. Sa mère les accueille très discourtoisement et essaie de les flanquer à la porte. Son comportement change quand elle aperçoit les cadeaux précieux (de l'or, de l'encens, de la myrrhe) que les hommes apportent. Mais les rois mages comprennent leur erreur, reprennent les cadeaux et quittent l'étable pour aller rendre hommage au « vrai messie », Jésus-Christ.
L'histoire se déroule en Judée (province romaine) au I siècle. Le quotidien d'une bande d'animaux est troublé par l'arrivée d'un agneau qui se prend pour un lion, et qui est destiné à être sacrifié pour la Pâque juive. Ses amis se mettent en devoir de le sauver. Leur chemin croise la route de Jésus peu avant sa crucifixion.
En 63 av. J.-C., Pompée conquiert Jérusalem et met la ville à sac. À peine entré, le conquérant se rend au temple pour s'emparer du trésor de Salomon et fait massacrer les prêtres. Il découvre alors que le trésor n'est rien d'autre que la collection des rouleaux de la Torah. Déçu, il est sur le point de les jeter au feu lorsqu'un prêtre survivant se les fait remettre et les place en lieu sûr. Bien des années plus tard éclate une série de rébellions contre l'autorité de Rome que les Romains matent en crucifiant les meneurs et en installant leur homme sur le trône de Judée : Hérode le Grand.
Jérusalem, au I siècle. Judah Ben-Hur est condamné, ainsi que sa famille, par son ami Messala, pour avoir refusé de collaborer avec l'occupant romain. Il sera adopté par un soldat romain, Quintus Arrius.
Comme tous les hommes, Jésus vit dans le péché et dans la peur. Il veut vivre la vie d'un homme normal et désire Marie Madeleine. Mais Dieu l'a choisi pour être le Messie, pour être le Sauveur de l'humanité. Après avoir découvert sa vraie nature lors d'un voyage dans le désert, il commence à prêcher la bonne parole et à accomplir des miracles. Il compte de plus en plus de disciples, dont le premier d'entre eux, Judas, et s'oppose aux prêtres juifs.
Jésus de Nazareth, âgé de 7 ans, a déjà accompli plusieurs miracles. Les gens de son village en Égypte en sont effrayés. Ses parents et lui prennent donc le chemin du retour vers Nazareth. Ayant appris l'existence d'un messie, Hérode envoie Severus le pourchasser.
Un professeur d'art dramatique, acteur raté dont le sommet de la carrière est une publicité pour un médicament, est ridiculisé par ses étudiants. Il se lance dans l'écriture et la mise en scène de la suite de Hamlet, sous forme d'un spectacle musical contemporain.
Sous le règne de l'empereur Tibère, le prophète galiléen Jean le Baptiste prêche contre le roi Hérode Antipas et son épouse, ex-femme de son demi-frère, la reine Hérodiade (Herodias, en anglais). Celle-ci souhaite la mort du prêcheur, mais Hérode craint de lui nuire en raison d'une prophétie affirmant que la mort de Jean le Baptiste entraînerait la sienne.
En 70 av. J.-C., le juif Micah rencontre la prêtresse d'Astarté, Samarra. Il s'en éprend et quitte sa famille pour la vie de débauche de Damas. Micah se soumet à tous les caprices de la prêtresse ce qui lui vaut d’être réduit en esclavage par Nahreeb, le grand prêtre de Baal. Samarra lui demande alors d'abjurer publiquement sa foi. Il refuse et s'enfuit. Il participe à une révolte au cours de laquelle Nahreeb sera pendu par le peuple et Samarra périra dans un brasier destiné aux sacrifices humains. Micah rentre dans son village où le père de Micah saura pardonner.
Le cinéaste anglais Philip Saville dirige le récit religieux "l'Évangile de Jean", une production de la compagnie canadienne Visual Bible International. Ce drame de trois heures essaye de suivre avec précision l'Évangile tel que Jean l'a écrit, au cours du premier siècle.
Après la mort de sa mère, Fara veut tuer son père Hérode Antipas, tétrarque de Galilée, qui l'avait abandonnée. Fara est hébergée par Simon (le futur Saint Pierre), et ils font ensemble la connaissance de Jésus de Nazareth. Simon se convertit, mais Fara continue son but, mais sur le point de le réaliser, elle se convertit à son tour.