Longue méditation douloureuse sur la singularité des crimes nazis et la douleur de l'Homme survivant, le film prend le parti de n'utiliser aucune image d'archives. Seuls des témoignages de rescapés, de contemporains ou d'assassins sont montrés. Quelques séquences ont été rejouées ou préparées (ainsi le récit poignant d'un coiffeur, Abraham Bomba) mais la plupart ont été tournées en caméra directe, traduites à la volée par l'un ou l'une des protagonistes.
À Cracovie, durant la Seconde Guerre mondiale, les soldats allemands forcent les juifs à être parqués dans le ghetto de Cracovie. Oskar Schindler est un industriel allemand, membre du parti nazi. Ne pensant tout d'abord qu'à son profit, il corrompt des membres de la Wehrmacht et des officiers SS pour acquérir une usine de métal émaillé. Dès lors, pour l'aider dans la direction de son entreprise, il engage un comptable juif, Itzhak Stern. Celui-ci est par ailleurs un représentant local de la communauté juive et a des contacts parmi le marché noir et la communauté juive des affaires. Stern aide alors Schindler à trouver des financements pour lancer son entreprise. Schindler entretient des relations amicales avec les nazis, profite de sa fortune, de son statut de « Herr Direktor » et a Stern comme bras droit. Il emploie une main d'œuvre juive bon marché dans son usine. De son côté, Stern assure à Schindler qu'ils engagent le plus d'employés possible essentiels à l'effort de guerre allemand, alors qu'en fait, ils les sauvent de la déportation dans les camps de concentration ou d'une exécution sommaire.
En 1938, à Arezzo, Guido Orefice, un jeune Italien plein de gaieté, rêve d'ouvrir une librairie, malgré les tracasseries de l'administration fasciste. Il tombe amoureux de Dora, institutrice étouffée par le conformisme familial et l'enlève le jour de ses fiançailles avec un bureaucrate du régime fasciste. Cinq ans plus tard, Guido et Dora ont un fils : Giosué. Mais les lois raciales sont entrées en vigueur et, en tant que Juifs, Guido et son fils sont déportés vers un camp de concentration allemand (sans référence précise). Par amour pour eux, Dora monte de son plein gré dans le train qui les emmène au camp. Là, Guido veut tout faire pour éviter l'horreur à son fils. Il lui fait alors croire que les occupations dans le camp sont en réalité un jeu dont le but serait de gagner un char d'assaut, un vrai.
1955 : Alain Resnais, à la demande du comité d'histoire de la Seconde Guerre mondiale, se rend sur les lieux où des milliers d'hommes, de femmes et d'enfants ont perdu la vie. Il s'agit d'Orianenbourg, Auschwitz, Dachau, Ravensbruck, Belsen, Neuengamme, Struthof. Avec Jean Cayrol et l'aide de documents d'archives, il retrace le lent calvaire des déportés.
Le film raconte l'histoire du pianiste polonais juif Władysław Szpilman, dit aussi Wladek. L'histoire se déroule à Varsovie en Pologne pendant la Seconde Guerre mondiale. W. Szpilman est alors le pianiste officiel de la Radio polonaise et une figure connue du milieu culturel polonais. Lorsque les nazis s'emparent de la ville, ils suppriment progressivement les droits des Juifs, puis les parquent dans le ghetto créé pour les regrouper en vue de leur extermination.
L'intrigue du film ne suit pas un ordre chronologique linéaire, mais alterne au niveau de la diégèse entre trois phases de la vie du protagoniste principal, David Aaronson, dit Noodles (« Nouilles ») : son adolescence en 1922 où il côtoie le milieu des petits voyous du Lower East Side, quartier juif de New York, qu'il habite avec sa famille, à l'âge adulte en 1933 et sa vieillesse en 1968.
En 1948, le juge Haywood est envoyé à Nuremberg pour présider le procès de quatre magistrats allemands accusés de trop de complaisance à l'égard du régime Nazi. L'un d'eux, Janning, se renferme dans un silence méprisant et, en écartant les témoignages et les films sur les camps de concentration, dit qu'il n'a fait qu'appliquer la loi en vigueur...
Ce film documentaire donne la parole à sept enfants juifs et palestiniens, âgés entre 9 et 13 ans. Ils donnent leur vision sur le conflit israélo-palestinien.
L'histoire se déroule en Afrique, dans une contrée nommée la Terre des Lions, où les lions dirigent le monde animal du haut du Rocher de la Fierté. Le roi Mufasa et la reine Sarabi, aidés du mandrill Rafiki, chaman et conseiller du royaume, présentent leur nouveau-né Simba aux animaux. Mufasa montre à Simba la Terre des Lions et lui présente les responsabilités qu'engagent la royauté et "l'histoire de la vie", qui connecte tous les êtres vivants. Scar, le frère de Mufasa, convoite le trône et prévoit d'éliminer Mufasa ainsi que Simba afin de devenir roi. Il piège Simba et sa meilleure amie Nala en les guidant vers un cimetière des éléphants, où ils sont attaqués par trois hyènes tachetées, Shenzi, Banzai et Ed, qui sont de mèche avec Scar. Zazu, un calao à bec rouge, majordome de Mufasa, alerte ce dernier qui part sauver les lionceaux. Même s'il est énervé contre Simba pour lui avoir désobéi, Mufasa lui pardonne et explique à Simba que les grands rois du passé les surveillent dans le ciel étoilé, et qu'un jour il les rejoindra pour veiller sur son fils.
Dans la France occupée, Shosanna Dreyfus, une jeune Juive française, assiste à l’exécution de sa famille par le colonel SS Hans Landa. Mais elle parvient à s’échapper et s’enfuit à Paris où elle se construit une nouvelle identité, devenant propriétaire d’un cinéma de quartier.
Dans une petite ville slovaque à l'époque de la première république slovaque, en 1942, les commerces juifs sont tous placés sous gérance "aryenne". Tono Brtko, menuisier sans fortune, se retrouve à la tête d'un de ces commerces. La propriétaire, la vieille madame Lautmann, n'est pas au courant des nouvelles lois raciales et est sourde. Elle prend Tono pour un nouveau commis. Celui-ci finit par la protéger, tandis que les miliciens paradent.
En partant de l'étude du cas de Clermont-Ferrand, le film dresse la chronique de la vie d'une ville française entre 1940 et 1944. Le film élargit son propos factuel à toute l'Auvergne mais comporte aussi des témoignages de personnalités ayant joué un rôle important pendant la guerre (militaires, hommes d'état, témoins-clés) ou ayant participé activement à celle-ci, pas forcément à Clermont-Ferrand ni même en Auvergne.
Partez à la rencontre de Nicholas Winton, véritable héros d'avant-guerre. Jamais considéré comme tel, cet homme a pourtant sauvé 669 enfants à la veille de la Seconde Guerre mondiale. Dans la capitale tchécoslovaque, alors qu´il se préparait pour des vacances au ski, le jeune Nicholas Winton va organiser une extraordinaire opération de sauvetage d'enfants juifs menacés par les nazis.