Grâce à la carte codée envoyée du grand-père de Sean (Josh Hutcherson), Alexander Anderson (Michael Caine), qui indiquait trois auteurs sur des histoires d'îles (voir plus bas), à recréer une unique carte qui indique la position exacte (latitude et longitude) d'une île mythique, dont Jules Verne fait mention dans un de ses romans. Sean et le petit ami de sa mère Élizabeth Anderson (Kristin Davis), Hank Parson (Dwayne Johnson), partent en mission pour retrouver le grand-père, qui aurait disparu sur cette île.
En possession d'une carte menant à un fabuleux trésor, le jeune Jim Hawkins embarque comme matelot sur un galion. À bord, une mutinerie éclate, menée par Long John Silver, un cruel pirate entouré d'ignobles barbares. Désormais maîtres du navire, ils partent à la recherche du magot et Jim Hawkins se retrouve seul pour braver tous les dangers et trouver le fameux trésor convoité par tous.
Deux pêcheurs repêchent un vieillard. Amené devant le gouverneur de Cadix en Espagne, celui-ci révèle la position de la fontaine de Jouvence. Les Espagnols appareillent donc en direction de la fontaine. À Londres, le capitaine Jack Sparrow réussit à libérer Joshamee Gibbs, son bras droit, d'un procès où il aurait été certainement condamné à mort. Mais ils sont capturés à nouveau et Jack est conduit devant le roi George. Là, il est accusé de vouloir monter une expédition pour trouver la légendaire fontaine de Jouvence. Un autre personnage entre alors dans la pièce : son rival de toujours, l'impétueux capitaine Hector Barbossa, devenu corsaire du roi et unijambiste après une bataille où le Black Pearl, ancien navire de Jack, fut coulé. Jack s'évade à nouveau et retrouve son père qui lui donne quelques conseils pour retrouver la fontaine : trouver deux calices ayant appartenu à Juan Ponce de León, capitaine espagnol qui chercha la fontaine. Mais Jack ne possède aucun navire.
L'histoire se déroule lors du Tournoi des fées, une compétition sportive lors de laquelle chaque classe de fées est représentée par une équipe de deux fées. Tous les ans, les Fées des Jardins finissent bonnes dernière. Cette fois, c'est Rosélia qui est tirée au sort pour les représenter et elle n'a pas l'intention de fournir le moindre effort pour gagner. Mais c'est sans compter sur son équipière, Chloé, qui compte bien montrer que les Fées des Jardins ont elles aussi l'esprit de compétition.
La Vallée des fées a décidé de passer tout un été dans l'autre monde, pas loin d'une maison d'humains. Quand Clochette décide de s'y aventurer, elle se fait capturer par une humaine du nom d'Elizabeth -dite Lizzy- dans une maison de fées créée par Lizzy elle-même. Lizzy étant une passionnée des fées, elle demande à Clochette de rester avec elle. Décidée à partir, Clochette se retourne au dernier moment et s'apercevant que Lizzy se sent bien seule, elle décide de rester. Le père de Lizzy étant scientifique, il ne s'amuse que très rarement avec sa fille et ne supporte pas l'attention que Lizzy porte aux fées, qu'il juge imaginaires. Pendant tout le temps d'une tempête, Clochette raconte l'existence et le travail des fées tout au long de l'année à Lizzy. Pendant ce temps, Vidia, la fée voltigeuse, est retournée au campement des fées pour avertir ses amis que Clochette a été enlevée. Mais arrivées là-bas elles découvrent que Clochette a appris à Lizzy à voler et qu'elle s'est montrée au père de Lizzy qui décide de la capturer pour la montrer au musée de Londres. Vidia la sauvera juste à temps mais c'est elle qui se fera enfermer à la place de Clochette. Rosélia, Noa, Ondine, Clark, Gubble, Clochette et Iridessa vont se lier avec Lizzy pour rattraper son père déjà parti et libérer Vidia.
Des évadés de la Guerre de Sécession, des touristes du 21è siècle, un étrange capitaine surgi du passé... À la suite d'un accident spatio-temporel, plusieurs personnes appartenant à différentes époques se retrouvent perdues sur une île inconnue. Elles devront y affronter des créatures monstrueuses, de mystérieux pirates, et un volcan en éruption. Pour tous, une seule question compte : comment quitter l'île ?
Pendant l'automne, la fée Clochette se voit confier le soin de créer un trésor capable de régénérer le Lutin de l'Arbre à poussière. Mais quand son ami Terence lui offre son aide, son tempérament et son obstination ont raison d'elle, au point de démolir sa création et son amitié pour lui. Pour réparer cela, elle entame un périple vers le nord du Pays Imaginaire, où elle découvrira un trésor bien plus important encore.
1390. Le Corsaire Rouge, son second et leur équipage règnent en maîtres sur la mer Baltique. Rapides et furtifs, ils pillent sans relâche les navires de la Hanse, la ligue des marchands de Hambourg. Excédé, le leader de ces derniers décide de contre-attaquer. Il arme une flotte immense, et la dote d'une invention inconnue à l'époque : le canon. La bataille s'annonce terrible...
Envolez-vous vers un pays de légende ou les enfants perdu ont guidés par Peter Pan. Rejoignez Wendy et ses deux frères cheris qui s'envolent aux cotés de Peter et la fée Clochette vers leur île lointaine. Là vous rencontrerez Lili la Tigresse et ses copains les Indiens, confrontés à d'effrayants pirates conduits par l'un des plus méchants de tous les temps... Le Capitaine Crochet !
Dans la Vallée des fées (Pixie Hollow en VO) que dirige la reine Clarion, naît la Fée Clochette. Désignée par la magie des lieux comme une fée « bricoleuse », elle souhaite aller dans l'autre monde, celui des humains. Mais la règle de la vallée n'autorise à s'y rendre que les fées de la nature : les fées des eaux, des jardins, des animaux, de la lumière et voltigeuses. À l'image de ses amies Rosélia (Rosetta en VO), fée des jardins, Iridessa, fée de la lumière, Ondine (Silvermist en VO), fée de l'eau et Noa (Fawn en VO), fée des animaux, Clochette tente de devenir une fée de la nature mais crée beaucoup trop de problèmes et saccage la préparation du printemps. Mais elle se rappelle qu'elle est bricoleuse et fabrique des machines qui permettent de travailler plus vite et de tout réparer. Elle va alors aider ses amies et sauver la préparation du printemps. Grâce à cette aide précieuse sans laquelle le printemps dans l'autre monde aurait été retardé, la Reine Clarion donne l'autorisation exceptionnelle à Clochette de se rendre dans l'autre monde pour le printemps.
Il y a 400 ans, la péninsule malaise (Sud de la Thaïlande et Malaisie) est constituée de plusieurs cités-états qui se font la guerre; le golfe du Siam (golfe de Thaïlande) est infesté de pirates.
Vainqueur du pirate Victor Stagnetti dans le précédent film, le capitaine Edward Reynolds réunit avec sa seconde Jules un nouvel équipage, auquel participe la jeune pirate Olivia. Jules et la nouvelle venue sont d'abord rivales, avant d'entamer une relation lesbienne. Par la suite, Jules est capturée par la reine pirate chinoise Xifeng, qui la réduit en esclavage à l'aide d'une potion, puis se sert d'elle pour séduire et capturer Edward. Ce dernier est ensuite contraint d'affronter un dragon, mais il est sauvé par Olivia. Stagnetti, revenu d'entre les morts, s'allie à Xifeng pour abuser sexuellement de Jules, et pour affronter Edward et Olivia venus délivrer leur amie.
Après avoir attaqué et embarqué sur l'un des navires du royaume de Monterria, le pirate Robert le Terrible capture le prince Alexandre et envoie ses hommes à la recherche de la princesse Héloïse. Éludant les pirates, Héloïse et son serviteur Willory émergent et envoient un appareil que le roi fit, appelé un « Chercheur », pour trouver des héros pour sauver Alexandre.