The story opens on Skeleton Island, an uncharted island somewhere in the Falkland Islands chain, where Long John Silver (Lance Henriksen) and Billy Bones (Justin Jones) have staged a successful mutiny against Captain Flint (Chriss Anglin). The group is attacked by gigantic insects, and retreats back to the ship. In the chaos, Long John has one of his legs torn off by a giant beetle.
Le capitaine Harley (John Davis Lodge), commandant d'un navire britannique en route pour Singapour, où il a été chargé par le propriétaire du bateau d'amener une perle de grande valeur, est confronté à un équipage rebelle. Une mutinerie éclate à bord, peu avant que le navire soit attaqué par des pirates ...