Le film retrace les grandes lignes de l'affaire des possédées de Loudun. Au 17ème siècle, en France, Richelieu veut convaincre Louis XIII d'en finir avec les gouvernements autonomes des petites villes de province. Loudun est une ville fortifiée du Poitou, dans laquelle catholiques et protestants vivent en bonne entente sous l'autorité bienveillante de l'abbé Grandier, un curé catholique charismatique et progressiste. Sa popularité, ainsi que sa réputation de prêtre libertin et séducteur, lui vaut des inimitiés parmi les notables locaux. La mère supérieure du couvent tout proche développe une attirance obsessionnelle pour le personnage. Les sœurs ursulines sombrent dans une forme d'hystérie collective, se disant possédées par des démons et par l'esprit de Grandier qu'elles accusent d'être en commerce avec le Diable. Ce sera le point de départ d'une cabale, menée par les autorités religieuses et civiles, contre le prêtre qui s'était ouvertement opposé aux projets de Richelieu.
Une belle journée d'été, Maria Rosalia, 16 ans, folâtre avec une amie de 18 ans dans une forêt portugaise. Elles sont surprises par un membre du clergé, le père Vincent. Il culpabilise Maria sur la fornication et va avec elle chez sa mère, une pauvre blanchisseuse. L'âme de la jeune fille ne peut être sauvée qu'en allant dans un certain couvent. Elle lui donne tout son argent au prêtre pour qu'il l'y emmène.
Italie méridionale, vers 1400. Une jeune femme, Flavia Gaetani (Florinda Bolkan), est recluse dans un couvent par son père pour s'être émue du sort d'un guerrier sarrasin, mortellement blessé. Supportant mal les contraintes de la vie monacale, la jeune femme ressent très vite, de façon toujours plus pressante, les élans d'une sensualité qu'elle ne peut assouvir…
Une nonne, sœur Sarah, est témoin de la tuerie occasionnée par une transaction de drogue avortée entre un prêtre et un gang de bikers. Emmenée dans un lupanar, elle y est droguée et violée. Sur le point de succomber à une overdose, la religieuse reçoit un commandement divin : elle doit se venger des pécheurs. Lourdement armée, elle prend en chasse ses bourreaux pour les décimer.
Présenté à la manière d'une conférence, Häxan est un essai filmique sur le sujet de la sorcellerie, de l'antiquité à une période contemporaine du film (1922).
À la recherche de ses origines, une jeune Japonaise entre comme nonne au couvent du Sacré-Cœur dont elle possède une croix, signe que sa mère y était religieuse. Elle découvre un monde hédoniste où archevêque pécheur, mère supérieure lesbienne et autres nonnes doivent se fouetter cruellement en expiation de leurs fautes. Elle apprend que son père est l'archevêque et que pour la punir de ce péché de chair, sa mère a été martyrisée à mort et qu'elle est morte en la mettant au monde.
Des jeunes filles sont maltraitées dans une pension par une nonne sadique qui est tuée par accident et jetée dans un lac. Suite à cela la pension est fermée et une malédiction apparaît.
Angleterre, au XVII siècle. Une vieille sorcière, brûlée sur le bûcher, lance un anathème sur ses bourreaux : le juge Jeffries, la sadique Lady de Winter et son amant Renfield. Avant de mourir, elle leur déclare que ses deux filles la vengeront.
La paix d'un couvent est troublé par une série de phénomènes étranges, inexplicables voire meurtriers. Selon l'une des nonnes, Satan en personne a pris possession du lieu. La mère supérieure, sœur Vincenza, fait appel à un exorciste, afin d'enquêter sur ces mystères mais sans aucun succès. L'arrivée d'un nouveau et jeune prêtre, père Valerio, spécialiste en parapsychologie, dévoile les inavouables secrets qui hantent le couvent et ses occupants. Il découvre que sœur Vincenza cache une fille illégitime, horriblement défigurée par le feu, et que celle-ci est dotée de pouvoirs surnaturels utilisés par sa mère à des fins meurtrières.
Pour ne pas être corrompue par son oncle pervers et libidineux, la comtesse Isabella de Lignate rentre dans le couvent de Santa Fiora, au fin fond de la province de Grosseto, en Toscane, afin de lui échapper. Dès son arrivée, des événements étranges s'y produisent. Dans le jardin trône notamment une statue du diable qui semble régir des pulsions lubriques chez les nonnes. La nuit, au risque d'être découvertes par leur mère supérieure, elles entremêlent leurs chairs dans des accès de crise sexuelle blasphématoires et goûtent au plaisir du sado-masochisme et du lesbianisme. Alors que le couvent se transforme en lupanar, un beau jeune homme, Carlo, est retrouvé blessé devant l'établissement religieux et il est aussitôt recueilli pour être soigné. Mais sa présence perturbe les religieuses, toutes excitées sexuellement par sa présence, et surtout la mère supérieure qui, croyant qu'il est l'incarnation du Diable car il charme toutes les filles, demande à un exorciste de le purifier. Elle demande à une nonne, Marta, de le quérir chez lui mais elle est violée dans la forêt par deux braconniers. Parvenant à s'enfuir, elle est sauvée par l'exorciseur qui la ramène au couvent. Alors qu'il tente de chasser les forces démoniaques tapies dans le maison religieuse, amenées par Carlo selon la mère supérieure, la statue du Diable se met à saigner puis se balade partout. Dès lors, toutes les religieuses possédées par lui se jettent les unes sur les autres dans un sabbat saphique incontrôlable.
Suzanne (Eva Grimaldi), une jeune fille violée par son propre père, est envoyée au couvent pour ses péchés. Là, elle tombe amoureuse d'un prêtre, malheureusement, les religieuses qui la désirent également, sont jalouses et en colère. Alors, elles l'accusent d'être possédée par le diable.