La terre a été ravagée par les Guerres de Neutron, la rendant semblable un gigantesque désert. Pour survivre, les humains se sont construits d'immenses mégapoles à l'abri des radiations sévissant dans les étendues tannées par un soleil qui semble briller éternellement. Helix, l'une de ces cités, est dirigée par Lord Zirpola, un cruel dictateur.
Une nonne, sœur Sarah, est témoin de la tuerie occasionnée par une transaction de drogue avortée entre un prêtre et un gang de bikers. Emmenée dans un lupanar, elle y est droguée et violée. Sur le point de succomber à une overdose, la religieuse reçoit un commandement divin : elle doit se venger des pécheurs. Lourdement armée, elle prend en chasse ses bourreaux pour les décimer.
Huit ans après le massacre de sa famille, Bobby Carter est traumatisé. Il a cependant réussi à s'en sortir en créant un groupe de motards avec Ruby, la fille de Jupiter, qui se fait désormais appeler Rachel. Le groupe souhaite alors participer à une course dans le désert, non loin de là où la famille Carter a eu son accident. Bobby a alors un très mauvais pressentiment et malgré le conseil de son psychiatre, refuse d'y aller. Ruby s'y rend alors avec Cass, Roy, Harry, Hulk, Foster, Sue et Jane. En retard, la bande décide de prendre un raccourci par le désert, mais leur bus tombe en panne en plein milieu du désert...
King Cymbeline est le leader d'un gang de bikers hors-la-loi qu'il dirige d'une main de fer. Il est engagé dans une guerre sans merci contre la police de la ville pour défendre son territoire, La jalousie et l'ambition de ses proches vont déclencher une succession de trahisons appelant la vengeance...
Un gourou, qui se fait appeler "Satan", domine plusieurs femmes qui lui sont entierement devouées, et fait subir un rite de passage à sa dernière recrue, Angelica. Celle-ci doit rester en contact avec le fils d'un milliardaire, Horst, vivant dans une splendide villa, et qui va recevoir la visite d'une actrice, Terry London, avec qui il a dejà eu une liaison. Le but étant de savoir si l'actrice est enceinte afin d'offrir le nouveau-né en sacrifice.
Rommel est un mécanicien qui conduit aussi des side-cars en compétition. Il se fait approcher par un certain J.C. qui voudrait l'embaucher pour un spectacle de cascadeurs. Rommel refuse et J.C en garde une certaine rancœur. Mais, dans le même, Paisley, la petite amie de J.C. en pince pour Rommel, lui fait des avances mais celui-ci l'éconduit. La jeune femme, très attristée, se saoule et est retrouvée ivre morte et délirante par J.C., convaincu que Rommel vient de la violer. Il décide alors de la venger. Il retrouve alors Rita, la petite amie de Rommel, la viole et la tue.
Il n'y a pas d'histoire dans Ouagadougou, Ouaga deux roues mais un protagoniste: le "deux-roues" sous toutes ses formes. Le film le met en scène dans son quotidien le plus divers: la circulation, les embouteillages, les pannes, les accidents, ses multiples façons de l'utiliser. Le "deux-roues" ouagalais s'expose, se fait entendre à peine couvert par la musique d'Augé kaboré et finalement s'impose comme le maître des rues Ouagalaises.