À l'occasion de la visite de tante Lucie, une redoutable exploratrice, la grand-mère de Franklin se souvient de son passé, et en particulier d'une mystérieuse boîte qu'elle avait cachée lors d'un incendie qui coûta la vie à ses propres parents. Une chasse au trésor s'engage alors, avec l'aide de la petite tortue Samantha qui ne laisse pas Franklin indifférent.
New York subit depuis quelque temps la criminalité causée par le Clan des Foot, dirigé par le terrible Shredder. Ce dernier contrôle toute la ville, de la police jusqu'aux politiques. Quatre Tortues Ninja sortent alors des entrailles de la Terre pour l’affronter. Ces quatre frères pourront compter sur le soutien de la jeune reporter April O'Neil et de son cameraman Vernon Fenwick…
Sammy et Ray sont amis depuis toujours. Les deux tortues de mer vivent paisiblement sur une plage de sable fin. Ils aident les nouveau-nés, Ricky et Ella, à se jeter à l'eau pour la première fois. Mais les braconniers rôdent et cherchent de nouvelles attractions pour un aquarium géant à Dubaï. Capturés et emmenés, Sammy et Ray vont tout faire pour retrouver la liberté.
La tortue Manuelita part en voyage en ballon, mais son ballon est détourné de son chemin. Parvenue à Paris, elle y tombe amoureux d'une jeune tortue mâle.
La ville d'Osaka va bientôt accueillir l'exposition universelle de 1970. Féru de civilisations anciennes, et désireux d'enrichir l'éventail des prestations de cet évènement planétaire, le professeur Williams a décidé d'emprunter une des statues de l'île de Pâques, centre de tous les mystères. Mais en faisant cela, il libère sans le savoir un terrible monstre : Jiger. Heureusement, Gamera, la tortue géante amie des enfants, intervient.
Des avions militaires russes chargés de bombes nucléaires s'écrasent au Pôle Nord. L'explosion atomique réveille Gamera, un monstre préhistorique ressemblant à une tortue qui se nourrit de chaleur et commence à attaquer les villes pour se recharger. L'armée tente désespérément de trouver une solution pour en venir à bout.
Une éruption volcanique réveille un monstre ailé assoiffé de sang nommé Gyaos. Alors que tous les plans de l'armée - qui utilisaient la lumière du soleil comme arme pour détruire la bête - tombent à l'eau, Gamera tente une fois de plus de défendre le Japon.
Des chasseurs de trésor trouvent une opale géante, mais il se trouve que l'opale n'est autre qu'un œuf géant de Barugon, un lézard géant. Quand l'œuf éclot, le monstre fait des ravages mais Gamera (qui s'échappe de sa prison spatiale) va attaquer la bête afin de protéger le Japon et ses habitants.
L'homme ne respecte pas la planète, et tous les plus beaux endroits du globe sont pollués, chassant les animaux qui y vivent, comme les ours sur la banquise, les kangourous dans le bush australien. Seul le delta de l'Okavango reste un havre de paix, où ces animaux chassés de chez eux vont se réfugier. Dans la plaine de l'Okavango, Billy le suricate, Socrate son ami le lion, et bien d'autres attendent les crues du fleuve et l'eau salvatrice après la sècheresse. Mais voilà, l'eau cette année n'arrive pas. Billy, Socrate, aidés du coq, du kangourou, du diable de Tasmanie, et d'un couple de tortues multi-centenaires, partent pour trouver l'eau. Ils découvriront que celle-ci est retenue en amont par un barrage construit par les hommes pour l'alimentation d'un complexe hôtelier de luxe. Il n'y a donc plus qu'une solution, que tous les animaux se liguent et combattent pour que l'eau leur soit rendue.
Au Japon, au XVII siècle. Quatre samouraïs poursuivent le prince Kenshin qui s'est révolté contre son père. Arrêté et emprisonné, Kenshin saisit un sceptre. De nos jours, à New York, la journaliste April O'Neil, est venu offrir à ses amis Leonardo, Donatello, Raphael, Michelangelo et Splinter le même sceptre qu'elle a trouvé chez un antiquaire. Alors qu'elle en lit l'inscription, elle disparaît et Kenshin apparaît à sa place. Les quatre tortues Ninja reviennent au XVII siècle pour délivrer April et aider la princesse Mitsu à résister à l'invasion des troupes du roi Norinaga. Elles seront aidées par un jeune pirate, Whit Whitley, l'ancêtre de Casey Jones…
Des aliens appelés Virans essayent de conquérir la Terre. Gamera déjoue leur première attaque, en détruisant le vaisseau spatial des Virans. Cependant, la deuxième fois, les Virans prennent le contrôle de Gamera, l'envoyant détruire Tokyo. Ils enlèvent aussi deux enfants, Jim et Masao. Cependant, après l'inversion des commandes qui font fonctionner le rayon d'enlèvement, ils s'échappent. Les Virans ordonnent à Gamera de les tuer, mais Gamera réussi à s'échapper de leur emprise et attaque leur vaisseau spatial. En dernier ressort, tout les Virans s'assemble pour former un monstre ressemblant à un calamar géant, Viras. Viras affronte alors Gamera, mais Gamera réussit à s'envoler jusque dans la stratosphère, faisant suffoquer Viras.
Dans les années 1970, accompagné de ses parents dans les coulisses de la S.P.A., Boule, un petit garçon roux, découvre un Cocker spaniel anglais dont personne ne veut, et demande à ses parents de l'adopter. Sa mère accepte, mais son père refuse de s'en occuper. Boule va nommer le cocker Bill, en référence à "Bill l'Éclair" (selon lui). À peine rentré, Bill met la maison sens-dessus-dessous en essayant d'échapper à son bain.
Deux garçons, Akio et Tom, se font enlever par des aliens. Les deux enfants découvrent sur la planète de glace Terra, deux belles femmes aliens ainsi que le monstre Guiron. Gamera retrouve la piste des deux garçons sur Terra et combat Gurion, tandis que les garçons tentent d'échapper aux deux aliens.
La famille de Boule mène une existence aussi heureuse que paisible. Bill est parfaitement intégré dans cette petite famille, Boule travaille bien à l'école, sa maman donne des cours de piano à domicile tandis que son père est un dessinateur reconnu. Tout bascule lorsque l'éditrice de ses bandes dessinées, bourrue et acariâtre, rejette le travail du père de Boule.