Jafar, le vizir royal de la ville fictive d'Agrabah, en Arabie, près du Jourdain, et son perroquet Iago, cherchent une lampe magique cachée dans la Caverne aux Merveilles. Ils apprennent qu'une seule personne est digne d'y entrer : « le diamant d'innocence », qui se révèle être Aladdin, un jeune homme orphelin qui vit en volant de la nourriture aux marchands des souks. La princesse Jasmine d'Agrabah, contrainte par la loi à devoir épouser un prince plutôt qu'un homme qu'elle aime, s'échappe du palais et rencontre Aladdin ainsi que son singe de compagnie, Abu. Les gardes du palais capturent Aladdin sous les ordres de Jafar. Jasmine fait alors face à Jafar et demande à ce qu'on libère Aladdin, mais Jafar ment et lui annonce qu'Aladdin a été exécuté par décapitation.
Au Canada, l'écrivain Yann Martel écoute les confessions d'un Indien qui lui raconte l'histoire extraordinaire qu'il a vécue lorsqu'il était adolescent. Cet homme se nomme Piscine Molitor Patel (d'après la piscine Molitor) et est le fils du directeur d'un parc zoologique à Pondichéry. Durant son enfance, Piscine, qui était le souffre-douleur de son école à cause de son prénom, a décidé de se présenter comme étant « Pi ». Sa famille, ne pouvant plus tenir le zoo, décide de déménager au Canada et de vendre leurs animaux. Pour ce faire, ils embarquent à bord d'un cargo pour traverser l'océan Pacifique, mais celui-ci fait naufrage. Pi se retrouve à la dérive dans l'océan à bord d'un canot de sauvetage accompagné d'un zèbre, d'une hyène, d'un orang-outan, d'un rat et d'un tigre du Bengale appelé Richard Parker. La hyène, agressive, tue le zèbre, puis l'orang-outan. À son réveil, le tigre tue la hyène. Seul à bord avec Richard Parker, Pi va tout faire pour essayer de survivre et maintenir une bonne entente avec l'animal.
L'Automne est venu et Tigrou s'amuse à bondir sur tout le monde principalement Coco Lapin qui jardine. Coco Lapin est tellement énervé qu'il convoque Winnie et Porcinet pour leur proposer d'abandonner Tigrou dans les bois toute une nuit et d'aller le chercher le lendemain. Le plan se déroule bien au début mais le trio se perd dans la forêt. Winnie propose de suivre un chemin ensablé pour rentrer chez eux mais Coco Lapin refuse. Winnie et Porcinet s'endorment sous les arbres mais ils sont réveillés par les gargouillis du ventre vide de Winnie. Il explique à Porcinet que ses pots de miel appellent son bidon depuis sa maison et qu'il peut les entendre par-dessus la voix de Coco Lapin. Winnie et Porcinet arrivent à sortir de la forêt et sont accueillis par Tigrou qui leur bondit dessus. Porcinet réalise que Tigrou est sorti seul de la forêt, que leur plan a échoué et informe Tigrou de ce qu'ils ont fait. Tigrou part dans la forêt à la recherche de Coco Lapin. Ce dernier marche dans les bois, effrayé par les nombreux bruits comme celui d'une chenille mangeant une feuille ou des grenouilles coassant. Pris de panique Coco Lapin court droit devant lui avant d'être percuté par Tigrou. Humilié, Coco Lapin déclare que son plan a échoué à quoi Tigrou réponds que les tigres ne se perdent jamais avant de l'aider à rentrer chez eux.
Po est un jeune panda serveur de restaurant où il travaille sous les ordres de M. Ping, son père adoptif. Il est aussi un fan des arts martiaux et idolâtre les Cinq Cyclones, cinq combattants de Kung Fu qui protègent la vallée de la Paix, où il vit. Son rêve est de devenir un combattant aussi incroyable qu'eux, en dépit de sa carrure : il est faible, obèse et maladroit.
Un jour, la panthère noire Bagheera trouve un bébé abandonné dans un panier au fin fond de la jungle indienne. Bagheera s'empresse d'apporter le bébé à une louve qui vient d'avoir des petits et qui accepte de l'élever. Pendant dix ans, le « petit d'homme » baptisé Mowgli grandit paisiblement parmi ses frères louveteaux. Mais une nuit, la meute de loups apprend le retour dans la jungle du tigre mangeur d'hommes Shere Khan. Pour protéger Mowgli, le conseil de la meute décide de le renvoyer au village humain le plus proche, Bagheera acceptant de l'escorter. La panthère et l'enfant quittent les loups le soir même, mais l'enfant refuse de partir de la jungle. Le chemin restant à parcourir étant long, ils s'endorment dans un arbre pour le reste de la nuit. Durant leur sommeil, un python affamé, nommé Kaa surgit, hypnotise Mowgli et l'enserre dans ses anneaux. Le serpent tente de dévorer l'enfant mais Bagheera intervient et le sauve.
Le film est composé de trois histoires narrant les aventures de Winnie l'ourson et de ses amis de la Forêt des rêves bleus. Les transitions entre chaque histoire se présentent sous la forme des pages d'un livre qui se tournent avec un élément animé. L'édition en DVD comporte une quatrième histoire en bonus.
Le très jeune orphelin Mowgli a été découvert dans la jungle par la panthère noire Bagheera. Confié au clan des loups dirigé par Akela, le petit homme a été élevé par la louve Raksha. Quelques années plus tard, une période de sécheresse exceptionnelle oblige les animaux à se retrouver près de l'unique point d'eau, où la trêve de l'eau les empêche d'y attaquer qui que ce soit, jusqu'au retour de la pluie. Là, arrive le redoutable tigre Shere Khan, porteur de cicatrices des hommes, revenu après une longue période de chasse sur un territoire lointain. Considérant Mowgli comme une menace, Shere Khan promet de l'éliminer dès la fin de la trêve. Celle-ci terminée, Mowgli choisit d'abandonner son seul foyer pour éviter le pire à sa famille adoptive et se lance dans un voyage vers le village des hommes, guidé par Bagheera.
Winnie est tellement occupé à rassembler les lettres de ses amis pour le Père Noël qu'il oublie d'inclure la sienne. Après avoir écrit sa lettre, il se rend compte qu'il est trop tard pour l'envoyer. Il se rend au pôle Nord la veille de Noël, avec ses copains Bourriquet, Tigrou, Porcinet, et Coco Lapin.
Winnie l'ourson évoque une invention, un jeu de course qui consiste pour chaque joueur à lancer un bâton en amont d'un pont et de voir lequel arrive le premier de l'autre côté. Winnie marchait vers un pont de bois où il a l'habitude de ne rien faire de particulier. Ce jour là, il avait trouvé une pomme de pin et l'avait ramassée. Cherchant une rime avec « pomme de pin », il a trébuché accidentellement sur une racine d'arbre et était tombé dans la rivière. Constatant que le courant emportait la pomme de pin sous le pont, il eut l'idée d'utiliser des bâtons pour faire un jeu de course et lui donna un nom.
Vingt ans avant les événements du premier film, lord Shen, fils unique du dirigeant du clan des Paons, cherche à maitriser la poudre des feux d’artifices pour en faire une arme redoutable. Sachant par une divinatrice qu’il sera vaincu par un guerrier noir et blanc s'il poursuit sur la mauvaise voie, il ordonne le massacre de tous les villages panda de Chine. Les parents de Shen prennent alors la décision de rejeter leur fils et de l’envoyer en exil pour toujours.
Dans le monde des Esprits où il a trouvé sa place après sa mort, le Grand Maître Oogway est confronté à Kai, un ancien compagnon d’armes. Kai pourchasse depuis des siècles les maîtres du Kung Fu afin de les vaincre et de s’emparer de leur Chi, les réduisant à l’état de marionnettes de jade. Oogway ne lutte pas et se laisse capturer, assurant à Kai que son rôle n’a jamais été de le battre mais de permettre au Guerrier Dragon de le faire. Étant devenu assez puissant pour le faire, Kai retourne dans le monde des vivants où il constate avec dépit que tout le monde l’a oublié. Kai envoie des zombies de jade dans toutes les directions pour rechercher le Guerrier Dragon.
Dans les années 1920 en Indochine, dans les forêts du Nord du Cambodge, deux jeunes frères tigres naissent loin de toute civilisation, dans les ruines d'un temple khmer à la splendeur passée.
Dans un village de l'Inde britannique, une jeune memsahib anglaise entend par hasard un vieux conteur, Buldeo, parler des dangers de la jungle. Elle lui demande de lui raconter une histoire et il raconte alors celle de Mowgli... Alors que Buldeo était plus jeune, les hommes décident de construire un village dans la jungle, empiétant sur la vie sauvage. Shere Khan, le tigre redouté, revenant sur ses terres de prédilection, rôde autour du village. Pendant ce temps, Mowgli échappe à la surveillance de ses parents pour se perdre dans la jungle. Son père part à sa recherche mais rencontrant Shere Khan, ce dernier le tue. Mowgli est recueilli par les loups qui le protègent du tigre, l’élèvent et lui apprennent le langage des animaux. Quelques années après, Mowgli, adolescent, est trouvé par des habitants du village. Ils se divisent en deux clans quant à leur opinion au sujet de l'avenir de l'enfant sauvage. Certains, dont Buldeo, le considèrent comme un mauvais signe qui risque d'attirer les animaux sauvages dans le village. D'autres préfèrent l’accueillir comme un homme. Messua, la mère de Mowgli, bien qu'elle ne reconnaisse pas son fils, décide de recueillir l'enfant. Bientôt, ce dernier veut faire découvrir la jungle à Mahala, la fille de Buldeo, avec laquelle il avait sympathisé... Mowgli va découvrir peu à peu la cupidité des hommes et devra choisir entre la civilisation et la jungle.