Le documentaire se concentre sur la captivité de l'orque Tilikum, responsable de la mort de trois personnes, et des conséquences de la captivité sur ces cétacés.
Pendant l'été 1974 ( le 1er juillet ), sur l'île d'Amity, un groupe d'étudiants fait la fête sur la plage. Une jeune femme s'éloigne du groupe pour un bain de minuit alors que son flirt s'endort sur la plage, ivre. Après quelques brasses, la jeune femme est attaquée par une force mystérieuse, elle tente de résister mais est happée et disparaît dans l'eau en poussant des cris de terreur. Quelques secondes après, la mer retrouve son calme nocturne. Personne ne sait ce qui vient de se dérouler.
Alors que l'on célèbre le mariage de son fils William, Edward Bloom raconte, pour la énième fois, mais avec talent, comment, le jour de la naissance de Will, il a attrapé un énorme poisson en utilisant comme appât sa propre alliance. Will est embarrassé et explique à son épouse, Joséphine, qu'à cause des mensonges que raconte son père sur tous les sujets, il ne peut lui faire confiance. Par la suite, les relations entre le père et le fils deviennent si tendues qu'ils ne se parlent pas durant trois ans. Mais, quand il apprend que son père est mourant, Will vient le voir en compagnie de Joséphine, enceinte. Dans l'avion qui le mène en Alabama, Will se remémore une histoire de son père où il prétendait qu'étant enfant il s'était aventuré dans un marais et avait rencontré une sorcière qui lui avait dévoilé l'instant de sa mort dans son œil de verre.
L'intrigue se déroule à Cuba, au XX siècle, dans un petit port. Un vieil homme, Santiago, gagne sa vie grâce à la pêche. Un jour, au large, dans les eaux du Gulf Stream, un énorme espadon mord à l'un de ses hameçons. Le poisson est si gros qu'il entraîne la barque derrière lui et met le pêcheur en danger à plusieurs reprises, mais le vieil homme s'acharne. Pendant des jours, le poisson et le pêcheur s'affrontent dans une lutte d'endurance éprouvante. Finalement, Santiago parvient à harponner l'espadon et arrime sa prise à la coque de sa barque. Mais tandis qu'il rame péniblement pour rentrer au port, des requins encerclent la barque et commencent à dévorer le poisson. Lorsque le pêcheur arrive en vue du port, il ne reste plus rien de la pêche miraculeuse qu'il a si péniblement accomplie.
Depuis l'enfance, Rob Stewart se passionne pour les requins. À tel point qu'il est devenu biologiste et photographe sous-marin afin de pouvoir nager avec eux, décrypter leur mystère et déconstruire le mythe du requin mangeur d'hommes. Ce mythe, entièrement fabriqué, serait selon lui responsable de l'indifférence qui entoure, un peu partout dans le monde, le massacre de la population de requins à des fins commerciales. Du Costa Rica aux Îles Galapagos en passant par le Guatemala, Stewart et l'équipage de l'activiste des mers Paul Watson tentent de dénoncer et de mettre en échec les braconniers à la solde de mafias asiatiques soutenues par des gouvernements corrompus. Il y va de l'équilibre écologique de la planète.
Après la mort de sa compagne Corail et du reste de la couvée à la suite de l'attaque d'un barracuda, le poisson-clown Marin doit prendre soin de son fils unique, Nemo, handicapé par une nageoire atrophiée. Lors de son premier jour d'école, Marin, inquiet, décide de le suivre à l'occasion d'une sortie scolaire. Afin de prouver sa valeur à ses copains, Nemo décide de nager jusqu'à la surface pour toucher un mystérieux bateau. C'est alors qu'il se fait enlever par un plongeur.
Quatre malfrats (trois hommes, une femme) font une attaque à main armée et dérobent des diamants. Tandis que le chef du groupe est arrêté, deux de ses complices tentent de s'emparer des diamants volés.
Les rives du plus grand lac tropical du monde, considéré comme le berceau de l'humanité, sont aujourd'hui le théâtre du pire cauchemar de la mondialisation.En Tanzanie, dans les années 60, la Perche du Nil, un prédateur vorace, fut introduite dans le lac Victoria à titre d'expérience scientifique. Depuis, pratiquement toutes les populations de poissons indigènes ont été décimées. De cette catastrophe écologique est née une industrie fructueuse, puisque la chair blanche de l'énorme poisson est exportée avec succès dans tout l'hémisphère nord.Pêcheurs, politiciens, pilotes russes, industriels et commissaires européens y sont les acteurs d'un drame qui dépasse les frontières du pays africain. Dans le ciel, en effet, d'immenses avions-cargos de l'ex-URSS forment un ballet incessant au-dessus du lac, ouvrant ainsi la porte à un tout autre commerce vers le sud : celui des armes.
Dory, un poisson chirurgien bleu, est séparée de ses parents alors qu'elle n'est encore qu'une enfant. En grandissant, Dory les cherche en vain, puis les oublie à cause de ses troubles de la mémoire immédiate. Dans un flashback du Monde de Nemo, elle rencontre accidentellement Marin, un poisson-clown qui cherche son fils Nemo.
Bethany Hamilton est une adolescente qui vit à Kauai, à Hawaï avec ses parents, Tom et Cheri, et deux frères plus âgés. Tous sont des surfeurs, mais Bethany et sa meilleure amie Alana sont les plus douées et se prédestinent à une carrière professionnelle. Tout bascule lorsqu'à un entrainement avec le père et le frère d'Alana, Bethany est attaquée par un requin. Elle survit mais perd un bras, elle pense alors ne plus jamais pouvoir surfer.
Un vieux pêcheur, n'ayant rien pris pendant des jours, prend la mer encore une fois. Alors qu'il dérive au large, il sent une violente secousse au bout de sa ligne. L'énorme bête ne veut pas se rendre ; lui s'obstine de plus en plus à ne plus lâcher. Ce duel l'éloigne considérablement vers la haute mer. Soudain, l'énorme poisson, dans une ultime convulsion, jaillit de toute sa taille et rend l'âme. Quel monstre ! Il est plus grand que la barque ! Le vieil homme ne peut pas rentrer sans lui ! Son orgueil ne le lui permet pas. Alors il l'attache à sa barque et met le cap vers la côte. Les requins entrent en scène, et, après un combat inégal, ont raison de l'animal.
Par une journée d'hiver, Yemelia capture un brochet qui le supplie de le relâcher afin qu'il puisse revenir auprès de ses enfants. Pris de pitié Yemelia le remet à l'eau. Il regrette aussitôt sa faiblesse lorsque le poisson réapparait et lui déclare que pour le remercier il s'apprête à accomplir toutes ses volontés. La vie du jeune homme change, il lui suffit désormais de prononcer « de par la volonté du Brochet » pour que les objets inanimés lui obéissent. Un jour, il apprend que le tsar Gorokh, promet de donner en mariage sa fille, la triste princesse Nesmeïana, à celui qui la fera rire. Fort de ses pouvoirs Yemelia relève le défi, mais le tsar revient sur sa parole. Qu'à cela ne tienne, Nesmeïana est conquise et s'enfuit avec Yemelia.
Mike Mascarenhas est un pêcheur de San Diego, parmi les plus réputés. Avec son ami Pipes Boley, auquel il a autrefois sauvé la vie, il dirige un bateau et fait le commerce du thon. Un jour, un des marins, Manuel Silva, meurt durant la campagne. Au retour, Mike se rend chez sa fille, Quita, pour lui annoncer la nouvelle. Il tombe sous le charme de cette dernière et décide de l'épouser...
Un couple de manchots de l'Antarctique, Peter et Polly, se retrouvent séparés. La femelle Polly est prise au piège sur un morceau de glace qui dérive tandis qu'un requin tente de la dévorer. Peter se lance à son secours et seules la chance et la perspicacité arriveront à réunir le couple sous les aurores australes.
Partie surfer sur une plage déserte, Nancy se retrouve coincée sur un rocher à quelques mètres du rivage. Un grand requin blanc rôde dans les parages...