Quelque part en Antarctique, vit une colonie de manchots ; le roi Calvin et la reine Pénélope, qui dirigent cette colonie, ont deux filles : Crystal et Lucinda. En raison du droit d'aînesse, Crystal doit hériter du pouvoir royal, ce qui lui attire la jalousie de sa sœur. Un jour, jouant avec son ami Eugène, Crystal reçoit un grelot sur la tête.
En plein pôle sud, nous voyons tout un attirail de plage sortir du trou percé par Bugs dans la glace, puis Bugs lui-même. En vacances de deux semaines (accordées par « Monsieur Warner »), et se croyant sur la plage de Miami, Bugs saute la tête la première dans l'eau de mer, mais en ressort aussitôt bleu de froid. Il est ensuite renversé à deux reprises : par un pingouin (« Playboy Penguin », un manchot, en réalité) puis par un chasseur Inuit. Bugs évince ce dernier et cherche à repartir. Le petit pingouin revient auprès de lui pour implorer son aide. Bugs l'écarte en lui mettant un chapeau haut de forme et un nœud papillon, comme s'il était une personne en smocking. Bugs finit cependant par rester devant la mine triste du pingouin. Mais espérant s'en débarrasser, il pousse discrètement ce dernier dans une descente. Il voit alors le chasseur Inuit capturer Playboy dans un sac. Après avoir essayé de se convaincre que ce n'était pas son affaire, Bugs se reprend et aide playboy à s'échapper en roulant le chasseur. Pour ce faire, il se déguise en femme Inuit et aguiche le chasseur (qui tombe amoureux et lui offre un poisson). Lorsque Bugs est découvert, il s'ensuit une course poursuite en glissade sur la banquise, qui se termine par l'équilibre précaire de l'Inuit et de bugs sur une langue de glace en surplomb d'un précipice. Ils sont sauvés par Playboy qui jette un seau sur la partie de glace qui tombe, arrêtant leur chute quand l'eau se fige en glace. Le lapin descend calmement mais l'Inuit saute de plus haut et traverse le sol, sol qui s'avère être une deuxième langue de glace au-dessus d'un autre précipice ! Le chasseur atterrit sur une baleine de passage, qui l'emmène au large. S'apercevant qu'il n'a plus que 4 jours de vacances, Bugs décide de rentrer chez lui. Mais au grand bonheur de Playboy, Bugs reste finalement avec plaisir lorsqu'il apprend que les « jours » durent 6 mois au pôle sud. Il se déguise lui aussi en « pingouin » avec smocking et chapeau claque, et accompagne Playboy Penguin en se dandinant.
À l'âge de 9 ans, le petit Yves-Marie avait demandé à Jacqueline, du même âge : « Épouse-moi ». Elle lui avait répondu : « Je t'épouserai le jour où tu iras dans les étoiles ». Vingt-quatre ans plus tard, Yves-Marie est devenu cosmonaute. Il se présente à Jacqueline pour lui rappeler sa promesse. Devant l'embarras de Jacqueline, qui s'apprête à épouser un autre homme, Yves-Marie lui propose : « Essaye-moi une journée avant de dire non... »
Le film, parodiant La Marche de l'empereur, raconte l'histoire en Antarctique d'un groupe de manchots empereurs mâles qui parcourent une distance de soixante-dix kilomètres pour se rendre sur leur lieu de reproduction pour avoir des relations sexuelles avec des femelles qui les y attendent. Parmi ces manchots, Carl (interprété par Bob Saget) et Jimmy (interprété par Lewis Black), ainsi que Marcus (Tracy Morgan) et enfin Steve, un harfang des neiges interprété par Jonathan Katz, sont des amis qui discutent. Ils conseillent leur ami Carl grâce à Freud, en le facturant d'ailleurs pour les deux séances rapides qu'il vient de recevoir. En ce moment même, Melissa (Christina Applegate) et Vicky (Mo'Nique), également amies, se disputent au sujet des mâles tout en laissant également éclater leur colère vis-à-vis des autres femelles présentent qui les dérangent et ce, tandis qu'elles attendent toutes l'arrivée des mâles pour la reproduction.
Né dans une colonie de manchots qui trouvent l'âme sœur en chantant, Mumble a un handicap : il ne peut sortir une note juste. Il fait en revanche des claquettes comme personne. Banni par les siens à cause de sa différence, Mumble part en Terre Adélie.
Pendant le générique de début, une voix off explique que toute chose dans le monde, peu importe sa taille (infiniment petite ou grande) est connectée. Ce film est la suite du premier opus : on retrouve les mêmes personnages plus tard. Mumble et Gloria ont désormais un fils, Erik, qui comme son père avant lui, ne parvient pas à s'adapter dans cette colonie de manchots, n'ayant quasiment aucun rythme et aucun sens de la musique ou de la danse. L'aventure à proprement parler commence lorsque Ramon, en mal d'amour, décide de rentrer chez lui, en Terre Adélie. Il est suivie par Erik, Atticus et Boadicea, trois enfants manchots. Découvrant leur disparition, Mumble part à leur recherche.
Un couple de manchots de l'Antarctique, Peter et Polly, se retrouvent séparés. La femelle Polly est prise au piège sur un morceau de glace qui dérive tandis qu'un requin tente de la dévorer. Peter se lance à son secours et seules la chance et la perspicacité arriveront à réunir le couple sous les aurores australes.
Un tout jeune manchot empereur apprend à vivre dans l'environnement hostile de l'Antarctique, sous le regard de son père qui veille sur les premiers mois de sa vie.
Les manchots empereurs vivent en colonie en Antarctique. Au milieu de leurs congénères, chaque couple de manchots lutte contre les conditions extrêmes pour perpétuer l'espèce et protéger leur petit des nombreux obstacles et dangers qui les guettent. Chaque année est un cycle qui voit la naissance d'un seul petit manchot par couple, dont beaucoup n'atteindront pas l'âge adulte, voire n'auront pas la chance de naître. Outre le grand froid, le vent et les tempêtes, ils affrontent des prédateurs tels que le léopard de mer et le pétrel géant. Les parents alternent entre protection de l'œuf puis du petit dans l'intérieur des terres (plus stable et protégé que la banquise) et pêche sur le littoral. Des kilomètres de marche sont alors nécessaires pour utiliser les avantages de ces deux territoires alors que le manchot, bien plus à l'aise dans l'eau, est incapable de voler et se déplace avec difficulté sur le continent.
Un petit manchot, Playboy Penguin, patineur sur glace à Brooklyn, est oublié après une de ses représentations. En courant après les camions de la tournée, il tombe dans le terrier de Bugs. Le lapin est attendri par le manchot perdu. Il lui promet de le ramener chez lui. En feuilletant son encyclopédie, il découvre que cet oiseau vit d'ordinaire en Antarctique. Ils embarquent dans un wagon de marchandises pour le « lointain Sud ». Un clochard veut les dévorer. Bugs esquive les charges de l'affamé furieux avec sa désinvolture habituelle et le met dehors. Arrivé en Louisiane, Bugs croit ses ennuis finis après avoir envoyé Playboy Penguin par bateau. Mais il s'aperçoit qu'il ne va pas vers la bonne destination. Il récupère à la nage le manchot, et poursuit le chemin avec lui à travers mille dangers : en naufragé à la Martinique, dans la marmite des sauvages de l'Amérique du Sud, en lutte contre les tempêtes proches de l'Antarctique. Alors qu'ils arrivent enfin au but, Playboy Penguin le détrompe. C'en est trop pour Bugs Bunny, qui devient fou.
Il était une fois aux confins du monde, en Antarctique, une colonie de manchots venue reprendre possession de leur territoire après l'hiver. Les bébés manchots vont comme tous les enfants à l'école, le maître Papigato leur apprend les dangers qui les guettent. Lolo est déjà un bébé hardi et intrépide, il part souvent à l'aventure seul ou avec sa meilleure amie Pépé. Mais un jour, ils vont un peu trop loin...
Les pingouins Commandant, Kowalski, Rico et Soldat sont capturés par la pieuvre Dave dans son repaire secret. Dave dit vouloir se venger des pingouins qui, lorsqu'ils sont arrivés au zoo de Central Park à New York, ont accaparé toute l'attention. Délaissé, Dave qui avait l'habitude de plaire aux enfants par des tours et grimaces erra de zoo en zoo toujours rejeté par les visiteurs et les gardiens. Dave décide alors de se venger et créé une machine qui permet de transformer en monstre hideux les êtres mignons que sont les pingouins. Les pingouins arrivent à s'échapper via une course poursuite endiablée à Venise. Alors qu'ils sont piégés, les pingouins sont sauvés de justesse par Le Vent du Nord, une organisation secrète composée de Eva, la chouette des neiges; Dynamite, le petit phoque; Caporal, l'ours polaire et Confidentiel, le loup, leader du groupe. Le Vent du Nord a pour but d'aider des animaux qui ne peuvent pas s'aider eux-mêmes. Les pingouins doivent unir leurs forces avec le loup Confidentiel et son équipe pour arrêter Dave qui projette de capturer tous les pingouins de zoo sur Terre pour les transformer en d'atroces créatures afin qu'ils subissent le même rejet que Dave a enduré.
C’est bientôt Noël ! Le zoo se prépare aux festivités . Les pingouins décorent leur repère afin de faire la fête tous les quatre. Mais quand il regarde par leur télescope, Soldat, le plus jeune, voit Ted l’ours polaire s’ennuyer tristement, seul dans son enclos. Il décide d’aller lui acheter un cadeau. Mais Commandant et les autres ne sont pas de cet avis, il sort donc discrètement de leur cachette pour se rendre en ville, seul. Cependant, son plan ne se passe pas tout à fait comme prévu. Alors qu'il avait trouvé le cadeau idéal, le jeune pingouin se fait kidnapper par une grand-mère déchaînée qui le prend pour un jouet. Elle lui met un joli ruban et le glisse dans la chaussette de Noël à destination de son chien. Alors que le chien s'apprête à attraper le jeune pingouin, le Commandant, Kowalski et Rico arrivent à la rescousse. Après avoir triomphé de cette épreuve, les pingouins invitent Ted l'ours polaire à célébrer Noël avec eux.