Lloyd Walker, un archéologue, commence à se poser de sérieuses questions à propos d'une série d'accidents et de disparitions qui a eu lieu à San Francisco. D'autant qu'un journaliste lui a aussi fait part de ses soupçons sur ces faits étranges. Lloyd pense également trouver du soutien en la personne de Liz Quinlan, une employée de la mairie, qui semble prendre ses inquiétudes au sérieux. Un jour, alors qu'il se trouve dans les sous-sols de la mairie, il réalise que des aliens ont commencé à coloniser la Terre et que, sous la forme d'insectes, ils se sont introduits dans les corps d'humains, devenant ainsi indécelables. Ces extraterrestres s'en prennent prioritairement aux membres du gouvernement.
Un brillant scientifique expérimente un nouveau pesticide sur des guêpes. Celles qui survivent au produit voient leurs forces décuplées et leur agressivité étrangement exacerbée. Les habitants d'une petite ville des États-Unis se retrouvent alors confrontés à un essaim de guêpes mutantes extrêmement dangereuses.
Alors que les insectes font leur récoltes d'hiver, la colonie de fourmis noires des bois se rend dans une épicerie pour y chaparder une boîte de sucre. Mais elles se font attaquer par les fourmis rouges. Dépassée par la situation, l'une d'elles décide de faire appel à son ami la coccinelle pour leur venir en aide. Dans la bataille, le fils de la coccinelle, qui l'a suivi, tombe accidentellement dans un carton à destination de la Guadeloupe. Le père parvient à suivre le paquet et à prendre le même avion. Les deux coccinelles vont se retrouver confrontées à tous les dangers de cet environnement tropical qu'elles ne connaissent pas. Dans le même temps, la fourmi noire va tout mettre en oeuvre pour ramener son amie à la maison.